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万見
- PDB-3vjr: Crystal structure of Peptidyl-tRNA hydrolase from Escherichia col... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vjr
タイトルCrystal structure of Peptidyl-tRNA hydrolase from Escherichia coli in complex with the CCA-acceptor-T[PSI]C domain of tRNA
要素
  • Peptidyl-tRNA hydrolaseAlternative ribosome-rescue factor B
  • tRNA CCA-acceptor
キーワードhydrolase/RNA / Peptidyl-tRNA hydrolase / CCA-acceptor-T[PSI]C domain / seven beta-strands form / hydrolase-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidyl-tRNA hydrolase / aminoacyl-tRNA hydrolase activity / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins / 翻訳 (生物学) / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Peptidyl-tRNA hydrolase / Peptidyl-tRNA hydrolase signature 2. / Peptidyl-tRNA hydrolase signature 1. / Peptidyl-tRNA hydrolase / Peptidyl-tRNA hydrolase, conserved site / Peptidyl-tRNA hydrolase superfamily / Peptidyl-tRNA hydrolase / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
リボ核酸 / RNA (> 10) / Peptidyl-tRNA hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Ito, K. / Murakami, R. / Mochizuki, M. / Qi, H. / Shimizu, Y. / Miura, K.I. / Ueda, T. / Uchiumi, T.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2012
タイトル: Structural basis for the substrate recognition and catalysis of peptidyl-tRNA hydrolase.
著者: Ito, K. / Murakami, R. / Mochizuki, M. / Qi, H. / Shimizu, Y. / Miura, K. / Ueda, T. / Uchiumi, T.
履歴
登録2011年10月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年9月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月26日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peptidyl-tRNA hydrolase
B: tRNA CCA-acceptor
C: Peptidyl-tRNA hydrolase
D: tRNA CCA-acceptor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,8574
ポリマ－65,8574
非ポリマー00
水2,504139
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4000 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area27680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.070, 55.070, 413.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質 Peptidyl-tRNA hydrolase / Alternative ribosome-rescue factor B / PTH


分子量: 21395.588 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: pth, b1204, JW1195 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7D1, peptidyl-tRNA hydrolase
#2: RNA鎖 tRNA CCA-acceptor


分子量: 11532.882 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: RNA WAS REPEATED BY IN VITRO TRANSCRIPTION
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 139 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.2 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.2
詳細: 100mM acetate buffer, 20% (w/v) 1,4-butanediol, 30mM glycyl-glycyl-glycine , pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月22日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. all: 27129 / Num. obs: 27129 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10.9 % / Rmerge(I) obs: 0.056 / Rsym value: 0.059 / Net I/σ(I): 24.94
反射 シェル解像度: 2.4→2.54 Å / 冗長度: 8.1 % / Rmerge(I) obs: 0.187 / Mean I/σ(I) obs: 8.2 / Num. unique all: 4136 / Rsym value: 0.2 / % possible all: 93.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2PTH

2pth


解像度: 2.4→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 15.482 / SU ML: 0.164 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.243 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23657 1390 5 %RANDOM
Rwork0.19251 ---
all0.19472 26216 --
obs0.19472 26216 99.82 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 47.222 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.14 Å21.57 Å20 Å2
2--3.14 Å20 Å2
3----4.72 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2960 1532 0 139 4631
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0214734
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3662.3716752
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4035384
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.9423.333132
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.815504
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.2571522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.2810
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0213046
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4881.51908
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.93623042
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.332826
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.0254.53710
LS精密化 シェル解像度: 2.399→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.341 103 -
Rwork0.258 1865 -
obs-1968 99.14 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.51360.0314-0.13762.1424-0.05232.337-0.1280.0327-0.0498-0.05-0.03280.10250.19580.06410.16080.1583-0.08430.03310.0651-0.02930.1091-22.07679.79091.8265
20.57980.06070.26170.49111.03662.77150.03020.03820.1209-0.0403-0.0637-0.0696-0.2018-0.21910.03350.1711-0.0706-0.03070.1066-0.00340.1483-18.224932.5519-3.273
32.0477-0.1790.2291.74530.09512.2009-0.0381-0.0871-0.0674-0.0041-0.12070.1046-0.1642-0.13660.15880.0214-0.0020.01810.2131-0.04420.1143-30.116423.6566-40.8329
40.560.1822-1.02960.2889-0.25842.4748-0.06760.00380.01790.05410.0151-0.14170.33930.04770.05250.1107-0.00430.01310.22620.01210.1663-8.346415.581-35.8746
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A5 - 197
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 36
3X-RAY DIFFRACTION3C5 - 197
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 36

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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