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- PDB-3ves: Crystal structure of the O-carbamoyltransferase TobZ in complex w... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3ves | ||||||
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Title | Crystal structure of the O-carbamoyltransferase TobZ in complex with AMPCPP and carbamoyl phosphate | ||||||
![]() | O-carbamoyltransferase TobZ | ||||||
![]() | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Function / homology | ![]() nebramycin 5' synthase / tobramycin biosynthetic process / kanamycin biosynthetic process / carboxyl- or carbamoyltransferase activity / ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Parthier, C. / Stubbs, M.T. / Goerlich, S. / Jaenecke, F. | ||||||
![]() | ![]() Title: The O-Carbamoyltransferase TobZ Catalyzes an Ancient Enzymatic Reaction. Authors: Parthier, C. / Gorlich, S. / Jaenecke, F. / Breithaupt, C. / Brauer, U. / Fandrich, U. / Clausnitzer, D. / Wehmeier, U.F. / Bottcher, C. / Scheel, D. / Stubbs, M.T. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 242.3 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 192.1 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 3venSC ![]() 3veoC ![]() 3verC ![]() 3vetC ![]() 3vewC ![]() 3vexC ![]() 3vezC ![]() 3vf2C ![]() 3vf4C ![]() 4e1bC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
-Protein , 1 types, 1 molecules A
#1: Protein | Mass: 63417.145 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: F35L Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Strain: DSM40770T / Gene: tacA, tobZ / Plasmid: pUWL201PW / Production host: ![]() ![]() References: UniProt: Q70IY1, ![]() |
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-Non-polymers , 7 types, 266 molecules ![](data/chem/img/CP.gif)
![](data/chem/img/APC.gif)
![](data/chem/img/MN.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/FE2.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/APC.gif)
![](data/chem/img/MN.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/FE2.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-CP / ![]() |
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#3: Chemical | ChemComp-APC / |
#4: Chemical | ChemComp-MN / |
#5: Chemical | ChemComp-K / |
#6: Chemical | ChemComp-FE2 / |
#7: Chemical | ChemComp-EDO / ![]() |
#8: Water | ChemComp-HOH / ![]() |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.12 Å3/Da / Density % sol: 60.56 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 1.6 M sodium potassium tartrate, 0.1 M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX-225 / Detector: CCD / Date: Oct 7, 2010 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Double crystal Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.23→33.984 Å / Num. all: 40540 / Num. obs: 40445 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 38.064 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 14.99 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Starting model: PDB ENTRY 3VEN Resolution: 2.23→33.984 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.39 / SU ML: 0.54 / σ(F): 1.99 / Phase error: 20.67 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.98 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 29.662 Å2 / ksol: 0.342 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 111.26 Å2 / Biso mean: 36.1652 Å2 / Biso min: 10.76 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.23→33.984 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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