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- PDB-3vc3: Crystal structure of beta-cyanoalanine synthase K95A mutant in soybean -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vc3
タイトルCrystal structure of beta-cyanoalanine synthase K95A mutant in soybean
要素beta-cyanoalnine synthase
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / beta-cyanoalanine synthase
機能・相同性
機能・相同性情報


L-3-cyanoalanine synthase activity / システインシンターゼ / cysteine synthase activity / cysteine biosynthetic process from serine / ミトコンドリア / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Cysteine synthase CysK / システインシンターゼ / Cysteine synthase/cystathionine beta-synthase, pyridoxal-phosphate attachment site / Cysteine synthase/cystathionine beta-synthase P-phosphate attachment site. / Rossmann fold - #1100 / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzyme / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-C6P / システインシンターゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Glycine max (ダイズ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.766 Å
データ登録者Yi, H. / Jez, J.M.
引用ジャーナル: Plant Cell / 年: 2012
タイトル: Structure of Soybean beta-Cyanoalanine Synthase and the Molecular Basis for Cyanide Detoxification in Plants.
著者: Yi, H. / Juergens, M. / Jez, J.M.
履歴
登録2012年1月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年9月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: beta-cyanoalnine synthase
B: beta-cyanoalnine synthase
C: beta-cyanoalnine synthase
D: beta-cyanoalnine synthase
E: beta-cyanoalnine synthase
F: beta-cyanoalnine synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)225,18412
ポリマ－223,0706
非ポリマー2,1146
水32,6251811
1
A: beta-cyanoalnine synthase
B: beta-cyanoalnine synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,0614
ポリマ－74,3572
非ポリマー7052
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6340 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area22120 Å2
手法PISA
2
C: beta-cyanoalnine synthase
D: beta-cyanoalnine synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,0614
ポリマ－74,3572
非ポリマー7052
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6490 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area22320 Å2
手法PISA
3
E: beta-cyanoalnine synthase
ヘテロ分子

F: beta-cyanoalnine synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,0614
ポリマ－74,3572
非ポリマー7052
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_455x-1,y,z1
Buried area6510 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area22290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.092, 154.325, 198.328
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121

-
要素

#1: タンパク質
beta-cyanoalnine synthase


分子量: 37178.402 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Glycine max (ダイズ) / 株: Williams 82 / 遺伝子: GLYMA09G39390, OAS-TL3 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: I1L6I6*PLUS, システインシンターゼ
#2: 化合物
ChemComp-C6P / N-({3-HYDROXY-2-METHYL-5-[(PHOSPHONOOXY)METHYL]PYRIDIN-4-YL}METHYL)-L-CYSTEINE / 4-((1-CARBOXY-2-THIOL-ETHYLAMINO)-METHYL)-3-HYDROXY-2-METHYL-5-PHOSPHONOOXYMETHYL-PYRIDINIUM


分子量: 352.301 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H17N2O7PS
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1811 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細LOCALIZATION PEPTIDE AT THE N-TERMINAL. NCBI SEQUENCE REFERENCE XP_003534555.1, RESIDUES 52-373

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.38 %
結晶化温度: 279 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20% (w/v) PEG-3350, 0.2 M potassium citrate, pH 7.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 279K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月26日
放射モノクロメーター: Rosenbaum-Rock high-resolution double-crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.766→50 Å / Num. obs: 204348 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.12 / Χ2: 1.98 / Net I/σ(I): 7.3
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.766-1.82.70.726102431.973198.2
1.8-1.833.20.783102892.115197.9
1.83-1.873.80.774102782.047197.9
1.87-1.9140.667102311.903197.5
1.91-1.9540.568102241.967197.4
1.95-1.994.10.496102132.157197.4
1.99-2.044.10.427102371.912197.2
2.04-2.14.10.354102351.987197.1
2.1-2.164.10.296101681.876196.9
2.16-2.234.10.251102211.89196.7
2.23-2.314.20.239101361.863196.5
2.31-2.44.20.205101421.854196.2
2.4-2.514.20.178101561.722196
2.51-2.644.20.152101421.725195.7
2.64-2.814.20.127101131.696195.5
2.81-3.034.20.105101771.821195.6
3.03-3.334.30.093102172.196195.8
3.33-3.814.30.079102542.817195.6
3.81-4.84.20.056102522.291195
4.8-504.20.049104201.81193

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.7.1_743精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-3000データ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.766→47.205 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.12 / FOM work R set: 0.8746 / SU ML: 0.39 / σ(F): 0 / 位相誤差: 19.52 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2024 1891 0.94 %
Rwork0.17 --
obs0.1703 201382 94.24 %
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 33.836 Å2 / ksol: 0.356 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 87.84 Å2 / Biso mean: 21.9811 Å2 / Biso min: 5.79 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.7328 Å2-0 Å2-0 Å2
2---2.4694 Å20 Å2
3----0.2635 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.766→47.205 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14564 0 132 1811 16507
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00715083
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.06320481
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.072365
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052650
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.075708
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.766-1.81050.29041070.2857112601136775
1.8105-1.85950.28171110.2563126001271184
1.8595-1.91420.30021290.2208131871331688
1.9142-1.9760.25661310.1944137051383691
1.976-2.04660.23621310.1796139661409793
2.0466-2.12860.19141390.1683143071444695
2.1286-2.22540.19461390.1644146091474897
2.2254-2.34280.19191410.1612147161485798
2.3428-2.48950.19091410.1676148881502999
2.4895-2.68170.23151400.1687149641510499
2.6817-2.95160.2011430.17141510815251100
2.9516-3.37860.20791440.16861518915333100
3.3786-4.25620.16991460.14621532215468100
4.2562-47.22230.1731490.1572156701581999
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -27.1296 Å / Origin y: 33.5823 Å / Origin z: 9.8301 Å
111213212223313233
T0.0625 Å2-0.0013 Å20.0031 Å2-0.0704 Å2-0.0009 Å2--0.0686 Å2
L0.0064 °20.0055 °20.0038 °2-0.0135 °20.0135 °2--0.0137 °2
S0.0097 Å °0.0064 Å °-0.0032 Å °0.0033 Å °-0.0002 Å °-0.0029 Å °-0.005 Å °0.0055 Å °0.0009 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA23 - 501
2X-RAY DIFFRACTION1allB23 - 501
3X-RAY DIFFRACTION1allC23 - 501
4X-RAY DIFFRACTION1allD22 - 501
5X-RAY DIFFRACTION1allE23 - 501
6X-RAY DIFFRACTION1allF23 - 501
7X-RAY DIFFRACTION1allD - C1 - 1866

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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