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Yorodumi- PDB-3v8g: Crystal structure of an asymmetric trimer of a glutamate transpor... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3v8g | ||||||
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Title | Crystal structure of an asymmetric trimer of a glutamate transporter homologue (GltPh) | ||||||
Components | sodium-coupled L-aspartate transporter | ||||||
Keywords | TRANSPORT PROTEIN / sodium ions / L-arpartate / membrane | ||||||
Function / homology | Function and homology information amino acid:sodium symporter activity / L-aspartate transmembrane transport / L-aspartate transmembrane transporter activity / L-aspartate import across plasma membrane / chloride transmembrane transporter activity / protein homotrimerization / chloride transmembrane transport / identical protein binding / metal ion binding / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Pyrococcus horikoshii (archaea) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 4.66 Å | ||||||
Authors | Verdon, G. / Boudker, O. | ||||||
Citation | Journal: Nat.Struct.Mol.Biol. / Year: 2012 Title: Crystal structure of an asymmetric trimer of a bacterial glutamate transporter homolog. Authors: Verdon, G. / Boudker, O. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3v8g.cif.gz | 935.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3v8g.ent.gz | 796.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3v8g.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v8/3v8g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v8/3v8g | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS ensembles :
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-Components
#1: Protein | Mass: 44645.957 Da / Num. of mol.: 6 Mutation: D37H, K40H, K125H, K132H, V198C, K223H, K264H, C321A, A380C, E368H Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pyrococcus horikoshii (archaea) Strain: ATCC 700860 / DSM 12428 / JCM 9974 / NBRC 100139 / OT-3 Gene: O59010, PH1295 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: O59010 #2: Chemical | ChemComp-ASP / #3: Chemical | ChemComp-NA / |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 4.65 Å3/Da / Density % sol: 73.55 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 20 - 25% PEG 350 MME, 0.1 M MES, pH 6.5, 250-450 mM CaCl2, 5% ethylene glycol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSLS / Beamline: X29A |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD |
Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 4.65→89 Å / Num. all: 51604 / Num. obs: 37155 / % possible obs: 72 % |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 4.66→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / SU B: 363.659 / SU ML: 1.8 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R Free: 1.561 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 283.463 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 4.66→15 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS refinement shell | Resolution: 4.664→4.773 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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