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- PDB-3v6z: Crystal Structure of Hepatitis B Virus e-antigen -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3v6z
タイトルCrystal Structure of Hepatitis B Virus e-antigen
要素
  • Fab e6 Heavy Chain
  • Fab e6 Light Chain
  • e-antigen
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / dimer inversion / four-helix bundle (ヘリックスバンドル)
機能・相同性
機能・相同性情報


microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards nucleus / T=4 icosahedral viral capsid / viral penetration into host nucleus / host cell cytoplasm / symbiont entry into host cell / virus-mediated perturbation of host defense response / structural molecule activity / DNA binding / RNA binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Hepatitis B viral capsid (hbcag) fold / Viral capsid, core domain supefamily, Hepatitis B virus / Hepatitis B virus, capsid N-terminal / Hepatitis core protein, putative zinc finger / Hepatitis core antigen / Viral capsid core domain supefamily, Hepatitis B virus / Hepatitis core antigen / 抗体 / Immunoglobulin-like / サンドイッチ ...Hepatitis B viral capsid (hbcag) fold / Viral capsid, core domain supefamily, Hepatitis B virus / Hepatitis B virus, capsid N-terminal / Hepatitis core protein, putative zinc finger / Hepatitis core antigen / Viral capsid core domain supefamily, Hepatitis B virus / Hepatitis core antigen / 抗体 / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Hepatitis B virus (B 型肝炎ウイルス)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.34 Å
データ登録者Dimattia, M.A. / Watts, N.R. / Stahl, S.J. / Grimes, J.M. / Steven, A.C. / Stuart, D.I. / Wingfield, P.T.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2013
タイトル: Antigenic switching of hepatitis B virus by alternative dimerization of the capsid protein.
著者: Dimattia, M.A. / Watts, N.R. / Stahl, S.J. / Grimes, J.M. / Steven, A.C. / Stuart, D.I. / Wingfield, P.T.
履歴
登録2011年12月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年2月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年12月21日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fab e6 Heavy Chain
B: Fab e6 Light Chain
C: Fab e6 Heavy Chain
D: Fab e6 Light Chain
E: e-antigen
F: e-antigen


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,9506
ポリマ－131,9506
非ポリマー00
水0
1
A: Fab e6 Heavy Chain
B: Fab e6 Light Chain
F: e-antigen


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,9753
ポリマ－65,9753
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5800 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area27150 Å2
手法PISA
2
C: Fab e6 Heavy Chain
D: Fab e6 Light Chain
E: e-antigen


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,9753
ポリマ－65,9753
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5820 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area27140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.660, 75.760, 88.700
Angle α, β, γ (deg.)96.77, 103.81, 116.04
Int Tables number1
Space group name H-MP1
詳細Hepatitis B virus e-antigen (HBeAg) is comprised of chains E and F / antibody Fab e6 fragment is comprised of two chains, one light (chains B or D) and one heavy (chains A or C). / one HBeAg-Fab complex involves one HBeAg and two Fabs, or the chains A-F of the crystal ASU.

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要素

#1: 抗体 Fab e6 Heavy Chain


分子量: 23765.408 Da / 分子数: 2 / 断片: Fab e6 Heavy Chain / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: 抗体 Fab e6 Light Chain


分子量: 24329.928 Da / 分子数: 2 / 断片: Fab e6 Light Chain / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: タンパク質 e-antigen


分子量: 17879.451 Da / 分子数: 2 / 断片: HBV e-antigen (Cp(-10)149) / Mutation: C48A, C107A, G123A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Hepatitis B virus (B 型肝炎ウイルス)
遺伝子: preC/C / 参照: UniProt: Q9QMH8

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.05 %

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 3.34→46.2 Å / Num. obs: 19664 / % possible obs: 92.6 % / Biso Wilson estimate: 76.24 Å2

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解析

ソフトウェア名称: BUSTER / バージョン: 2.11.2 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.34→46.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8793 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8901 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: THE ROBS, RWORK AND RFREE VALUES ARE VERY CLOSE DUE TO THE USE OF TARGET RESTRAINTS DURING REFINEMENT FOR THE FAB MOLECULES TO A PREVIOUSLY-DETERMINED HIGHER RESOLUTION STRUCTURE (2.3 ...詳細: THE ROBS, RWORK AND RFREE VALUES ARE VERY CLOSE DUE TO THE USE OF TARGET RESTRAINTS DURING REFINEMENT FOR THE FAB MOLECULES TO A PREVIOUSLY-DETERMINED HIGHER RESOLUTION STRUCTURE (2.3 ANGSTROM; PDB ID 3V6F) (SMART ET AL., 2012)
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2333 1004 5.11 %RANDOM
Rwork0.234 ---
obs0.234 19651 92.62 %-
原子変位パラメータBiso mean: 110.97 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.5488 Å2-8.6258 Å2-8.9658 Å2
2---6.3674 Å216.7917 Å2
3---4.8185 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.937 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.34→46.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9082 0 0 0 9082
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0089302HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.1912699HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3005SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes174HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1353HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it9302HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.96
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion21.46
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1242SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact10209SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3.34→3.52 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2781 134 4.84 %
Rwork0.246 2635 -
all0.2475 2769 -
obs--92.62 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.11630.23081.67473.60320.59475.15770.1487-0.2225-0.37280.2763-0.44630.32450.1821-0.13360.2976-0.0565-0.0196-0.0746-0.41740.00790.2337-5.8528-8.054965.6961
25.51-1.26860.82394.9691-3.00231.93240.2379-0.19620.1505-0.312-0.03630.1347-0.6114-0.0333-0.20150.30810.14310.0554-0.244-0.0194-0.191415.647217.093160.6451
38.1033-1.9239-1.75674.23181.38857.79080.23080.02840.1363-0.1734-0.49520.1667-0.0535-0.04730.2644-0.08840.0125-0.0575-0.36380.06830.0152-6.1585-36.3018.6852
47.4969-0.87691.4545.4521-2.38132.61220.14490.104-0.28050.0939-0.0978-0.05190.437-0.4641-0.04710.27530.1045-0.0684-0.26090.0811-0.213115.4538-61.362913.7987
55.2731.8776-2.36563.49470.25045.6164-0.18770.6372-0.2001-0.1502-0.29230.18560.2812-0.10980.48-0.21020.2259-0.1301-0.0697-0.1240.0782-3.5084-10.396644.5177
66.45480.18992.50555.21610.90648.93390.2509-0.0798-0.1085-0.0338-0.3233-0.1464-0.28380.35690.0724-0.0135-0.0450.0961-0.27360.1858-0.120527.352112.397650.9139
73.81720.93012.18943.39990.00128.9825-0.007-0.74820.30270.1362-0.15720.24420.08030.30020.1642-0.2776-0.13570.0594-0.0981-0.04610.0433-3.5894-33.659729.8124
89.5569-1.1865-2.91223.3454-0.11026.89170.1254-0.0251-0.037-0.0534-0.1389-0.22370.09220.5010.0135-0.0170.2462-0.0063-0.15530.192-0.119627.1767-56.617223.3532
95.5111-4.1621-2.36482.95970.81742.48540.1889-0.09980.22910.03820.0059-0.0014-0.1869-0.4332-0.1948-0.410.12250.0318-0.0926-0.16090.2674-35.6645-23.01920.0986
104.44144.41441.32694.08341.60381.18590.08720.0963-0.14980.04960.0168-0.15290.1282-0.5412-0.104-0.42330.03130.0096-0.0582-0.16580.2732-35.5085-21.184954.3545
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{A|1 - 123}A1 - 123
2X-RAY DIFFRACTION2{A|124 - 224}A124 - 224
3X-RAY DIFFRACTION3{C|1 - 123}C1 - 123
4X-RAY DIFFRACTION4{C|124 - 224}C124 - 224
5X-RAY DIFFRACTION5{B|1 - 115}B1 - 115
6X-RAY DIFFRACTION6{B|116 - 219}B116 - 219
7X-RAY DIFFRACTION7{D|1 - 115}D1 - 115
8X-RAY DIFFRACTION8{D|116 - 219}D116 - 219
9X-RAY DIFFRACTION9{E|4 - 151}E4 - 151
10X-RAY DIFFRACTION10{F|4 - 151}F4 - 151

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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