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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3uzu | ||||||
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タイトル | The structure of the Ribosomal RNA small subunit methyltransferase A from Burkholderia pseudomallei | ||||||
要素 | Ribosomal RNA small subunit methyltransferase AリボソームRNA | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / RNA (リボ核酸) / SSGCID / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / methyltransferase A | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 16S rRNA (adenine1518-N6/adenine1519-N6)-dimethyltransferase / 16S rRNA (adenine(1518)-N(6)/adenine(1519)-N(6))-dimethyltransferase activity / rRNA (adenine-N6,N6-)-dimethyltransferase activity / RNA binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å | ||||||
データ登録者 | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
引用 | ジャーナル: TO BE PUBLISHED タイトル: The structure of the Ribosomal RNA small subunit methyltransferase A from Burkholderia pseudomallei 著者: Clifton, M.C. / Abendroth, J. / Sankaran, B. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3uzu.cif.gz | 117.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3uzu.ent.gz | 88.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3uzu.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uz/3uzu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uz/3uzu | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1qyrS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30583.057 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌) 遺伝子: rsmA, ksgA, BURPS1710b_0874 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q3JVW6, UniProt: Q63X76*PLUS, 16S rRNA (adenine1518-N6/adenine1519-N6)-dimethyltransferase | ||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.58 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 20% PEG3350, 150mM DL Malic Acid. Cryoprotectant 20% ethylene glycol. 47.14 mg/ml BupsA.01122.a.A1 PS01140, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.97 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月2日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Asymmetric curved crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.75→43.343 Å / Num. obs: 27262 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 21.266 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 13.7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1QYR 解像度: 1.75→43.343 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / WRfactor Rfree: 0.2023 / WRfactor Rwork: 0.1656 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8667 / SU B: 4.182 / SU ML: 0.071 / SU R Cruickshank DPI: 0.1188 / SU Rfree: 0.1151 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.119 / ESU R Free: 0.115 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 40.95 Å2 / Biso mean: 15.3075 Å2 / Biso min: 4.54 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.75→43.343 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.75→1.795 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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