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- PDB-3ux3: Crystal Structure of Domain-Swapped Fam96a minor dimer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ux3
タイトルCrystal Structure of Domain-Swapped Fam96a minor dimer
要素MIP18 family protein FAM96A
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / DUF59 / 3D domain swapping / protein-protein interaction (タンパク質間相互作用) / Alpha and beta protein (a+b) / Cytosolic iron-sulfur protein assembly 1
機能・相同性
機能・相同性情報


cytosolic [4Fe-4S] assembly targeting complex / protein maturation by [4Fe-4S] cluster transfer / protein maturation by iron-sulfur cluster transfer / iron-sulfur cluster assembly / chromosome segregation / 核質 / metal ion binding / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #1280 / MIP18 family / Fe-S cluster assembly (FSCA) / MIP18 family-like / Iron-sulfur cluster assembly protein / Fe-S cluster assembly domain superfamily / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix non-globular / Special ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #1280 / MIP18 family / Fe-S cluster assembly (FSCA) / MIP18 family-like / Iron-sulfur cluster assembly protein / Fe-S cluster assembly domain superfamily / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix non-globular / Special / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
酢酸塩 / Cytosolic iron-sulfur assembly component 2A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Chen, K.-E. / Kobe, B. / Martin, J.L.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2012
タイトル: The mammalian DUF59 protein Fam96a forms two distinct types of domain-swapped dimer.
著者: Chen, K.E. / Richards, A.A. / Ariffin, J.K. / Ross, I.L. / Sweet, M.J. / Kellie, S. / Kobe, B. / Martin, J.L.
履歴
登録2011年12月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年5月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月1日Group: Advisory / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif
Item: _citation.country / _citation.journal_id_CSD ..._citation.country / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.22023年11月8日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MIP18 family protein FAM96A
B: MIP18 family protein FAM96A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,3066
ポリマ－30,0502
非ポリマー2554
水3,261181
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4600 Å2
ΔGint-115 kcal/mol
Surface area13640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.179, 52.246, 65.893
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 104.560, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 MIP18 family protein FAM96A


分子量: 15025.211 Da / 分子数: 2 / 断片: DUF59 Domain, UNP residues 31-157 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FAM96A / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9H5X1
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 181 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.89 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.7
詳細: sodium acetate, sodium malonate, DMSO, PEG3350, zinc zcetate, pH 4.7, VAPOR DIFFUSION, temperature 278K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月29日
放射モノクロメーター: Sagitally focused Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→63.776 Å / Num. all: 30186 / Num. obs: 29996 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 24.3 Å2 / Limit h max: 26 / Limit h min: -27 / Limit k max: 29 / Limit k min: 0 / Limit l max: 36 / Limit l min: 0 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 18.06
Reflection scaleGroup code: 1
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.51 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 2992 / % possible all: 100

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 42.51 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation1.8 Å34.24 Å
Translation1.8 Å34.24 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
PHENIX1.7_650精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
Blu-IceGUIデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3UX2

3ux2


解像度: 1.8→34.241 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.8013 / SU ML: 0.21 / σ(F): 0 / 位相誤差: 26.72 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2459 1474 5.05 %Random
Rwork0.2004 ---
obs0.2027 29178 96.63 %-
all-30186 --
溶媒の処理減衰半径: 0.65 Å / VDWプローブ半径: 0.8 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 55.879 Å2 / ksol: 0.415 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 152.35 Å2 / Biso mean: 40.2992 Å2 / Biso min: 15.37 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-8.8938 Å20 Å2-10.0171 Å2
2---0.1291 Å20 Å2
3----8.7647 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.21 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→34.241 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2096 0 7 181 2284
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0162216
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5283018
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.095360
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007398
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.873897
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.7996-1.85770.29191040.23612252235687
1.8577-1.92410.30641460.23782397254393
1.9241-2.00110.28291250.22992468259395
2.0011-2.09210.27311380.21952484262297
2.0921-2.20240.27851460.21152535268198
2.2024-2.34040.24621380.19762571270999
2.3404-2.5210.25541390.19842576271599
2.521-2.77460.2331300.202926172747100
2.7746-3.17590.2591420.202725852727100
3.1759-4.00030.25891310.18932634276599
4.0003-34.24730.20261350.18992585272097

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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