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万見
- PDB-3uop: Bovine trypsin variant X(triplePhe227) in complex with small mole... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3uop
タイトルBovine trypsin variant X(triplePhe227) in complex with small molecule inhibitor
要素Cationic trypsin
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / Trypsin-like serine protease / HYDROLASE (加水分解酵素) / PROTEIN BINDING (タンパク質) / DUODENUM (十二指腸) / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


トリプシン / serpin family protein binding / serine protease inhibitor complex / 消化 / endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / タンパク質分解 / extracellular space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / トリプシン / Trypsin-like serine proteases ...Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / トリプシン / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Βバレル / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N~2~-(BENZYLSULFONYL)-D-ARGINYL-N-(4-CARBAMIMIDOYLBENZYL)GLYCINAMIDE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Chem-PMJ / Serine protease 1
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.69 Å
データ登録者Tziridis, A. / Neumann, P. / Kolenko, P. / Stubbs, M.T.
引用ジャーナル: Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Correlating structure and ligand affinity in drug discovery: a cautionary tale involving second shell residues.
著者: Tziridis, A. / Rauh, D. / Neumann, P. / Kolenko, P. / Menzel, A. / Brauer, U. / Ursel, C. / Steinmetzer, P. / Sturzebecher, J. / Schweinitz, A. / Steinmetzer, T. / Stubbs, M.T.
履歴
登録2011年11月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年11月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年2月13日Group: Non-polymer description
改定 1.22014年7月16日Group: Database references
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cationic trypsin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,3978
ポリマ－23,4101
非ポリマー9867
水6,161342
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.089, 55.089, 154.868
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1331-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Cationic trypsin / Beta-trypsin / Alpha-trypsin chain 1 / Alpha-trypsin chain 2


分子量: 23410.379 Da / 分子数: 1
変異: N102E, L104Y, Y175S, P176S, G177F, Q178Y, S195A, V228F
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / プラスミド: pET3a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00760, トリプシン

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非ポリマー , 6種, 349分子

#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-PMJ / N~2~-(benzylsulfonyl)-D-arginyl-N-(4-carbamimidoylbenzyl)glycinamide


タイプ: peptide-likeペプチド, Peptide-likeペプチド
クラス: 阻害剤 / 分子量: 516.616 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H32N8O4S
参照: N~2~-(BENZYLSULFONYL)-D-ARGINYL-N-(4-CARBAMIMIDOYLBENZYL)GLYCINAMIDE
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 342 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.55 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 20% PEG8000, 0.1M AMMONIUM SULPHATE, 0.1M IMIDAZOLE, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.542 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.542 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.69→35.04 Å / Num. all: 28059 / Num. obs: 28059 / % possible obs: 88.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3.7 / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 12.6
反射 シェル解像度: 1.69→1.75 Å / 冗長度: 1.5 % / Rmerge(I) obs: 0.282 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 24

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
d*TREKデータスケーリング
d*TREKデータ削減
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
CrystalClearデータ収集
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1V2K

1v2k


解像度: 1.69→35.04 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / WRfactor Rwork: 0.1776 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8967 / SU R Cruickshank DPI: 0.1008 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22001 2210 -RANDOM
Rwork0.18037 ---
all0.1856 28058 --
obs0.1856 28058 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 72.65 Å2 / Biso mean: 23.5569 Å2 / Biso min: 10.49 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.08 Å20.54 Å20 Å2
2--1.08 Å20 Å2
3----1.62 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.69→35.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1636 0 60 342 2038
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0221752
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3491.9712382
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4675230
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.37325.59359
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.76115277
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.267152
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1010.2261
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0211297
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6841.51113
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.20921789
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.9853639
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.9194.5590
LS精密化 シェル解像度: 1.686→1.73 Å / Rfactor Rfree error: 0.418 / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.463 15
Rwork0.424 421
obs-421

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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