+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3uon | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure of the human M2 muscarinic acetylcholine receptor bound to an antagonist | ||||||
要素 | Human M2 muscarinic acetylcholine, receptor T4 lysozyme fusion protein | ||||||
キーワード | SIGNALING PROTEIN/ANTAGONIST / G protein-coupled receptor (Gタンパク質共役受容体) / GPCR (Gタンパク質共役受容体) / acetylcholine receptor (アセチルコリン受容体) / SIGNALING PROTEIN-ANTAGONIST complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Muscarinic acetylcholine receptors / symmetric synapse / phospholipase C-activating G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / G protein-coupled acetylcholine receptor activity / regulation of smooth muscle contraction / cholinergic synapse / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / G protein-coupled serotonin receptor activity / arrestin family protein binding / regulation of heart contraction ...Muscarinic acetylcholine receptors / symmetric synapse / phospholipase C-activating G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / G protein-coupled acetylcholine receptor activity / regulation of smooth muscle contraction / cholinergic synapse / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / G protein-coupled serotonin receptor activity / arrestin family protein binding / regulation of heart contraction / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / asymmetric synapse / axon terminus / viral release from host cell by cytolysis / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / peptidoglycan catabolic process / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / response to virus / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / cell wall macromolecule catabolic process / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / リゾチーム / Clathrin-mediated endocytosis / presynaptic membrane / lysozyme activity / nervous system development / G alpha (i) signalling events / chemical synaptic transmission / postsynaptic membrane / host cell cytoplasm / defense response to bacterium / G protein-coupled receptor signaling pathway / neuronal cell body / glutamatergic synapse / シナプス / 樹状突起 / 生体膜 / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Enterobacteria phage T4 (ファージ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å | ||||||
データ登録者 | Haga, K. / Kruse, A.C. / Asada, H. / Yurugi-Kobayashi, T. / Shiroishi, M. / Zhang, C. / Weis, W.I. / Okada, T. / Kobilka, B.K. / Haga, T. / Kobayashi, T. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2012 タイトル: Structure of the human M2 muscarinic acetylcholine receptor bound to an antagonist. 著者: Haga, K. / Kruse, A.C. / Asada, H. / Yurugi-Kobayashi, T. / Shiroishi, M. / Zhang, C. / Weis, W.I. / Okada, T. / Kobilka, B.K. / Haga, T. / Kobayashi, T. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3uon.cif.gz | 103.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb3uon.ent.gz | 76.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3uon.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uo/3uon ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uo/3uon | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | 2rh1S S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
詳細 | The biological molecule is equivalent to the contents of the asymmetric unit excluding the T4 lysozyme, which is a non-physiological crystallization aid. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 52694.543 Da / 分子数: 1 断片: UNP RESIDUES 1-217, UNP RESIDUES 2-161, UNP RESIDUES 377-466 変異: N2D, N3D, N6D, N9D, C54T, C97A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ) 遺伝子: CHRM2, E 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P08172, UniProt: P00720, リゾチーム | ||||
---|---|---|---|---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-QNB / ( | ||||
#3: 糖 | ChemComp-BGC / | ||||
#4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | THE STRUCTURE IS AN INTERNAL FUSION PROTEIN WITH LYSOZYME. AN OFFSET 1000 HAS BEEN ADDED TO ...THE STRUCTURE IS AN INTERNAL FUSION PROTEIN WITH LYSOZYME. AN OFFSET 1000 HAS BEEN ADDED TO ORIGINAL SEQUENCE DATABASE RESIDUE NUMBERS (2-161) OF THE LYSOZYME PART IN COORDINATE | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 23 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.7 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / pH: 7.5 詳細: 25 to 35% PEG 300, 100 mM ammonium phosphate, 2% 2-Methyl-2,4-pentanediol, 100 mM HEPES, 10:1 monoolein:cholesterol lipid mix diluted 1.5:1 with protein in detergent buffer, Lipidic cubic ...詳細: 25 to 35% PEG 300, 100 mM ammonium phosphate, 2% 2-Methyl-2,4-pentanediol, 100 mM HEPES, 10:1 monoolein:cholesterol lipid mix diluted 1.5:1 with protein in detergent buffer, Lipidic cubic phase, temperature 293K, pH 7.5 |
-データ収集
回折 |
| ||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射光源 |
| ||||||||||||||||||
検出器 |
| ||||||||||||||||||
放射 |
| ||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.033 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 3→27.5 Å / Num. obs: 11726 / % possible obs: 94.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.185 / Net I/σ(I): 6.1 | ||||||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 3→3.05 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.454 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 79.2 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: Beta2 adrenergic receptor, T4 lysozyme (PDB ENTRY 2RH1) 解像度: 3→27.466 Å / SU ML: 0.7 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.11 / 立体化学のターゲット値: ML
| ||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.16 Å / VDWプローブ半径: 0.5 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 52.88 Å2 / ksol: 0.357 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
| ||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3→27.466 Å
| ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|