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万見
- PDB-3ujt: Structure of the Fab fragment of Ab-52, an antibody that binds th... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ujt
タイトルStructure of the Fab fragment of Ab-52, an antibody that binds the O-antigen of Francisella tularensis
要素
  • Ab-52 heavy chain
  • Ab-52 light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / immunoglobulin (抗体) / O-antigen
機能・相同性抗体 / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Rynkiewicz, M.J. / Lu, Z. / Hui, J.H. / Sharon, J. / Seaton, B.A.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2012
タイトル: Structural Analysis of a Protective Epitope of the Francisella tularensis O-Polysaccharide.
著者: Rynkiewicz, M.J. / Lu, Z. / Hui, J.H. / Sharon, J. / Seaton, B.A.
履歴
登録2011年11月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年7月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年10月3日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: Ab-52 heavy chain
L: Ab-52 light chain
I: Ab-52 heavy chain
M: Ab-52 light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,00211
ポリマ－93,2684
非ポリマー7357
水14,484804
1
H: Ab-52 heavy chain
L: Ab-52 light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,0626
ポリマ－46,6342
非ポリマー4284
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3980 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area19100 Å2
手法PISA
2
I: Ab-52 heavy chain
M: Ab-52 light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,9405
ポリマ－46,6342
非ポリマー3063
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4130 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area19140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)35.953, 131.491, 86.805
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.87, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: 抗体 Ab-52 heavy chain


分子量: 22677.324 Da / 分子数: 2 / 断片: Fab fragment / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / Cell: hybridoma / 株: BALB/c
#2: 抗体 Ab-52 light chain


分子量: 23956.498 Da / 分子数: 2 / 断片: Fab fragment / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / Cell: hybridoma / 株: BALB/c
#3: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム / トリスヒドロキシメチルアミノメタン


分子量: 122.143 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 804 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.69 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M tris, 24% w/v PEG 8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

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データ収集

回折平均測定温度: 103 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年9月9日
放射モノクロメーター: Double Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→15 Å / Num. all: 46183 / Num. obs: 46183 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.075
反射 シェル解像度: 2.1→2.17 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.337 / Num. unique all: 4572 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
PHENIX(AutoMR)モデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.6.3_473)精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX(AutoMR)位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1RJL heavy chain, and PDB entry 3GI8 light chain

1rjl

3gi8


解像度: 2.1→14.842 Å / SU ML: 0.27 / σ(F): 0 / 位相誤差: 22.18 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2196 1936 4.33 %RANDOM
Rwork0.1858 ---
obs0.1873 44718 96.07 %-
all-46183 --
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 42.739 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.1438 Å20 Å20.3408 Å2
2--0.5585 Å2-0 Å2
3----1.7023 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→14.842 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6480 0 48 804 7332
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0026685
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6229083
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.4882375
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0411028
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031144
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.17370.28741780.22183949X-RAY DIFFRACTION90
2.1737-2.26040.31051930.22014191X-RAY DIFFRACTION94
2.2604-2.36290.27511930.21584184X-RAY DIFFRACTION94
2.3629-2.48690.26161900.2154215X-RAY DIFFRACTION95
2.4869-2.64190.27251900.20674314X-RAY DIFFRACTION97
2.6419-2.84460.23041930.20374299X-RAY DIFFRACTION97
2.8446-3.12850.241960.19054332X-RAY DIFFRACTION98
3.1285-3.57560.20552000.17454429X-RAY DIFFRACTION99
3.5756-4.48420.1632010.15134441X-RAY DIFFRACTION99
4.4842-14.8420.17072020.16744428X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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