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- PDB-3uj4: Crystal structure of the apo-inositol 1,4,5-trisphosphate receptor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3uj4
タイトルCrystal structure of the apo-inositol 1,4,5-trisphosphate receptor
要素Inositol 1,4,5-trisphosphate receptor type 1
キーワードSIGNALING PROTEIN / inositol 1 (イノシトール) / 4 / 5-trisphosphate / apo-state / suppressor domain / IP3-binding core domain
機能・相同性
機能・相同性情報


Effects of PIP2 hydrolysis / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / inositol 1,4,5-trisphosphate receptor activity involved in regulation of postsynaptic cytosolic calcium levels / Elevation of cytosolic Ca2+ levels / cGMP effects / smooth endoplasmic reticulum membrane / platelet dense tubular network / negative regulation of calcium-mediated signaling / calcineurin complex / platelet dense granule membrane ...Effects of PIP2 hydrolysis / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / inositol 1,4,5-trisphosphate receptor activity involved in regulation of postsynaptic cytosolic calcium levels / Elevation of cytosolic Ca2+ levels / cGMP effects / smooth endoplasmic reticulum membrane / platelet dense tubular network / negative regulation of calcium-mediated signaling / calcineurin complex / platelet dense granule membrane / epithelial fluid transport / ion channel modulating, G protein-coupled receptor signaling pathway / phospholipase C-activating G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / inositol 1,4,5-trisphosphate-gated calcium channel activity / regulation of postsynaptic cytosolic calcium ion concentration / voluntary musculoskeletal movement / inositol 1,4,5 trisphosphate binding / positive regulation of calcium ion transport / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / endoplasmic reticulum calcium ion homeostasis / positive regulation of hepatocyte proliferation / nuclear inner membrane / transport vesicle membrane / Ion homeostasis / dendrite development / intracellularly gated calcium channel activity / ligand-gated ion channel signaling pathway / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / GABA-ergic synapse / calcium channel inhibitor activity / cellular response to cAMP / release of sequestered calcium ion into cytosol / phosphatidylinositol binding / post-embryonic development / secretory granule membrane / 筋小胞体 / synaptic membrane / calcium-mediated signaling / liver regeneration / calcium ion transmembrane transport / Schaffer collateral - CA1 synapse / cell morphogenesis / positive regulation of insulin secretion / positive regulation of neuron projection development / calcium ion transport / presynapse / 核膜 / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / cellular response to hypoxia / postsynapse / protein phosphatase binding / transmembrane transporter binding / postsynaptic density / response to hypoxia / positive regulation of apoptotic process / protein domain specific binding / neuronal cell body / シナプス / 樹状突起 / calcium ion binding / protein-containing complex binding / endoplasmic reticulum membrane / 核小体 / negative regulation of apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / 小胞体 / protein-containing complex / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
IP3 receptor type 1 binding core, RIH domain / Inositol 1,4,5-trisphosphate receptor / RyR/IP3 receptor binding core, RIH domain superfamily / : / RyR/IP3R Homology associated domain / Inositol 1,4,5-trisphosphate/ryanodine receptor / RIH domain / RyR and IP3R Homology associated / Inositol 1,4,5-trisphosphate/ryanodine receptor / RIH domain ...IP3 receptor type 1 binding core, RIH domain / Inositol 1,4,5-trisphosphate receptor / RyR/IP3 receptor binding core, RIH domain superfamily / : / RyR/IP3R Homology associated domain / Inositol 1,4,5-trisphosphate/ryanodine receptor / RIH domain / RyR and IP3R Homology associated / Inositol 1,4,5-trisphosphate/ryanodine receptor / RIH domain / MIR motif / MIR domain / MIR domain profile. / Domain in ryanodine and inositol trisphosphate receptors and protein O-mannosyltransferases / Mir domain superfamily / Leucine-rich Repeat Variant / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Ion transport domain / Ion transport protein / Αソレノイド / Armadillo-type fold / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Inositol 1,4,5-trisphosphate-gated calcium channel ITPR1
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Ikura, M. / Seo, M.D. / Ishiyama, N. / Stathopulos, P.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2012
タイトル: Structural and functional conservation of key domains in InsP3 and ryanodine receptors.
著者: Seo, M.D. / Velamakanni, S. / Ishiyama, N. / Stathopulos, P.B. / Rossi, A.M. / Khan, S.A. / Dale, P. / Li, C. / Ames, J.B. / Ikura, M. / Taylor, C.W.
履歴
登録2011年11月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年2月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年1月9日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Inositol 1,4,5-trisphosphate receptor type 1
B: Inositol 1,4,5-trisphosphate receptor type 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,0803
ポリマ－135,9832
非ポリマー961
水50428
1
A: Inositol 1,4,5-trisphosphate receptor type 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,9921
ポリマ－67,9921
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Inositol 1,4,5-trisphosphate receptor type 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,0882
ポリマ－67,9921
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.108, 77.191, 101.509
Angle α, β, γ (deg.)105.360, 99.980, 101.040
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Inositol 1,4,5-trisphosphate receptor type 1 / IP-3-R / IP3R 1 / InsP3R1 / Type 1 inositol 1 / 4 / 5-trisphosphate receptor / Type 1 InsP3 receptor


分子量: 67991.727 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Itpr1, Insp3r / プラスミド: pGEX-6P-2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3) / 参照: UniProt: P29994
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.22 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.4
詳細: 0.1 M Hepes, (NH4)2SO4), trimethylamine N-oxide, pH 8.4, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. obs: 133458

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.6.0117精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
PHASES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.89 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 31.007 / SU ML: 0.275 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.374 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2564 1746 5 %RANDOM
Rwork0.2084 ---
obs0.2108 34787 98.54 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 159.28 Å2 / Biso mean: 87.7 Å2 / Biso min: 19.28 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.18 Å2-3.12 Å21.93 Å2
2---0.35 Å20.31 Å2
3----1.19 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7421 0 5 28 7454
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.027569
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1251.94910288
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8625960
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.58224.509326
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.362151199
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.4551536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.21194
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0215694
LS精密化 シェル解像度: 3→3.078 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.319 110 -
Rwork0.259 2429 -
all-2539 -
obs--98.03 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.19820.2078-0.50753.867-1.47663.01960.0630.28580.2231-0.065-0.1145-0.2599-0.00980.12920.05150.0105-0.02090.03320.1434-0.0230.2347-8.209-24.28231.102
25.6887-0.25150.13994.7277-0.1274.38320.15070.78470.3045-0.40890.03170.1666-0.1861-0.1657-0.18240.05430.04690.0420.3840.06280.3642-36.997-9.58119.081
34.3298-0.1975-4.637910.9144-5.620416.15310.00410.62280.1094-1.6068-0.4117-0.88860.18521.65450.40760.44550.08990.17570.94820.09530.2603-10.192-15.0482.629
42.18560.57290.34136.9153-2.90125.19150.1168-0.2938-0.28120.2226-0.4055-0.80660.63610.44710.28870.2413-0.01740.00410.18860.02760.3361-6.989-49.81849.507
54.46951.30240.07856.36310.55066.7130.1619-0.2863-0.09350.6586-0.17020.4420.256-0.22340.00830.1563-0.07220.0920.1368-0.00970.4091-30.405-75.50948.991
61.23952.10121.31867.5484-2.70129.84150.1983-0.4455-0.00091.1262-0.2624-0.1359-0.27170.23050.06411.06760.00840.11211.13870.00150.3211-18.416-61.43174.874
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A7 - 228
2X-RAY DIFFRACTION2A229 - 435
3X-RAY DIFFRACTION3A436 - 577
4X-RAY DIFFRACTION4B7 - 228
5X-RAY DIFFRACTION5B229 - 435
6X-RAY DIFFRACTION6B436 - 577

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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