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- PDB-3uii: crystal structure of human Survivin in complex with H3(1-10) peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3uii
タイトルcrystal structure of human Survivin in complex with H3(1-10) peptide
要素
  • Baculoviral IAP repeat-containing protein 5
  • histone H3(1-10) peptide
キーワードAPOPTOSIS/APOPTOSIS INHIBITOR / BIR domain / mitosis (有糸分裂) / T3 phosphorylated H3 binding / Smac/Diablo binding/H3 peptide / APOPTOSIS-APOPTOSIS INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


survivin complex / establishment of chromosome localization / positive regulation of mitotic sister chromatid separation / positive regulation of mitotic cytokinesis / positive regulation of exit from mitosis / positive regulation of mitotic cell cycle spindle assembly checkpoint / mitotic spindle midzone assembly / positive regulation of attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / interphase microtubule organizing center / protein-containing complex localization ...survivin complex / establishment of chromosome localization / positive regulation of mitotic sister chromatid separation / positive regulation of mitotic cytokinesis / positive regulation of exit from mitosis / positive regulation of mitotic cell cycle spindle assembly checkpoint / mitotic spindle midzone assembly / positive regulation of attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / interphase microtubule organizing center / protein-containing complex localization / chromosome passenger complex / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / cobalt ion binding / nuclear chromosome / mitotic spindle assembly checkpoint signaling / TP53 regulates transcription of several additional cell death genes whose specific roles in p53-dependent apoptosis remain uncertain / cytoplasmic microtubule / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity involved in apoptotic process / SUMOylation of DNA replication proteins / chromosome, centromeric region / mitotic cytokinesis / mitotic spindle assembly / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / Chromatin modifying enzymes / epigenetic regulation of gene expression / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / telomere organization / 中心小体 / RNA Polymerase I Promoter Opening / Interleukin-7 signaling / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / positive regulation of mitotic cell cycle / tubulin binding / DNAメチル化 / Condensation of Prophase Chromosomes / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / HCMV Late Events / PRC2 methylates histones and DNA / Defective pyroptosis / RHO GTPases Activate Formins / HDACs deacetylate histones / RNA Polymerase I Promoter Escape / sensory perception of sound / Transcriptional regulation by small RNAs / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / negative regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / NoRC negatively regulates rRNA expression / spindle microtubule / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / HDMs demethylate histones / PKMTs methylate histone lysines / 動原体 / small GTPase binding / RMTs methylate histone arginines / 遺伝的組換え / Pre-NOTCH Transcription and Translation / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / HCMV Early Events / spindle / Transcriptional regulation of granulopoiesis / structural constituent of chromatin / Separation of Sister Chromatids / G2/M transition of mitotic cell cycle / microtubule cytoskeleton / ヌクレオソーム / nucleosome assembly / Neddylation / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / chromatin organization / mitotic cell cycle / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / HATs acetylate histones / 遺伝子発現 / midbody / protein-folding chaperone binding / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / microtubule binding / Oxidative Stress Induced Senescence / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / 微小管 / Estrogen-dependent gene expression / cadherin binding / protein heterodimerization activity / Amyloid fiber formation / 細胞分裂 / protein phosphorylation / negative regulation of DNA-templated transcription / apoptotic process / positive regulation of cell population proliferation / negative regulation of apoptotic process / enzyme binding / protein homodimerization activity / protein-containing complex / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A / Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A / BIR repeat / Inhibitor of Apoptosis domain / BIR repeat profile. / Baculoviral inhibition of apoptosis protein repeat / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / ヒストンH3 / Histone H3/CENP-A ...Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A / Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A / BIR repeat / Inhibitor of Apoptosis domain / BIR repeat profile. / Baculoviral inhibition of apoptosis protein repeat / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / ヒストンH3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Baculoviral IAP repeat-containing protein 5 / ヒストンH3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Du, J. / Patel, D.J.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2012
タイトル: Structural Basis for Recognition of H3T3ph and Smac/DIABLO N-terminal Peptides by Human Survivin.
著者: Du, J. / Kelly, A.E. / Funabiki, H. / Patel, D.J.
履歴
登録2011年11月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年2月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Baculoviral IAP repeat-containing protein 5
B: Baculoviral IAP repeat-containing protein 5
P: histone H3(1-10) peptide
Q: histone H3(1-10) peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,3756
ポリマ－35,2444
非ポリマー1312
水30617
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area690 Å2
ΔGint-0 kcal/mol
Surface area9390 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)115.250, 71.256, 81.636
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 128.46, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細the biological assembly is the same as the asymmetric unit

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要素

#1: タンパク質 Baculoviral IAP repeat-containing protein 5 / Apoptosis inhibitor 4 / Apoptosis inhibitor survivin


分子量: 16471.787 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 1-142 / 変異: K139E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BIRC5, API4, IAP4 / プラスミド: pET-SUMO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE)3RIL / 参照: UniProt: O15392
#2: タンパク質・ペプチド histone H3(1-10) peptide


分子量: 1150.332 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 参照: UniProt: P68431*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.97 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1 M ammonium citrate tribasic, pH 7.0, 12% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月11日
放射モノクロメーター: SI MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. all: 16594 / Num. obs: 16412 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.086 / Rsym value: 0.086 / Net I/σ(I): 10.1
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.529 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rsym value: 0.529 / % possible all: 96.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1F3H

1f3h


解像度: 2.6→29.272 Å / SU ML: 0.46 / σ(F): 1.34 / σ(I): 0 / 位相誤差: 33.46 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2734 811 5.11 %RANDOM
Rwork0.2217 ---
obs0.2247 15872 98.87 %-
all-16683 --
溶媒の処理減衰半径: 1.17 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 67.224 Å2 / ksol: 0.306 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.8234 Å20 Å216.1418 Å2
2---10.3216 Å20 Å2
3---5.4982 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→29.272 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2274 0 2 17 2293
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0132330
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.433128
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.448898
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.099320
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008410
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6001-2.76290.39561360.33092462X-RAY DIFFRACTION98
2.7629-2.9760.32011340.27732510X-RAY DIFFRACTION100
2.976-3.27520.33051330.24432522X-RAY DIFFRACTION100
3.2752-3.74820.28161110.23152562X-RAY DIFFRACTION100
3.7482-4.71920.23061550.19212499X-RAY DIFFRACTION99
4.7192-29.27370.27181420.21152506X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.3994-0.5412-1.63670.24911.07394.27890.5555-1.75055.576-0.07511.6271-0.7593-1.8561-0.4499-0.06140.43250.2532-0.3151.0803-0.53151.808416.55345.623114.785
21.0530.4895-1.11014.9565-2.21061.1798-0.1346-0.2546-0.3560.42620.27090.34350.6104-0.0415-0.1210.55510.0109-0.02250.4781-0.06110.293724.3987-10.710211.0289
30.41530.16860.72230.4160.32961.1572-0.69712.6234-0.43780.00851.27322.2866-1.7870.0098-0.06641.2642-0.2084-0.31141.201-0.16090.799721.309-10.8228-4.5527
44.40252.0209-1.3292.06860.03351.52460.00320.5139-0.2323-1.1334-0.054-0.77690.02330.0532-0.12430.70710.1014-0.08010.4598-0.1750.393130.7832-8.33014.0248
52.7023-0.73670.60560.9914-0.66790.2596-0.2988-0.33440.3264-0.08140.6498-0.9926-0.17151.0655-0.00750.62490.0638-0.03040.8264-0.16070.733637.3842-3.09449.3567
61.4745-1.2139-0.65481.11030.3460.3336-2.4621-1.1841-2.96080.7590.69971.28861.0919-0.1889-0.02660.93090.3543-0.07361.21410.05861.153428.61311.931923.6905
70.4945-0.1401-0.5055-3.583-0.43275.23890.03670.04670.3539-0.20740.1802-0.1931-0.1977-0.2174-0.0330.98960.03320.04020.3483-0.05780.542229.13227.8047-1.0395
86.81320.1948-1.96430.35280.64583.16320.6597-0.0605-1.33490.7511-1.1328-0.28652.26180.9306-0.02390.7070.07930.0680.96280.05640.690231.21782.8101-31.8815
90.2352-0.27980.05370.6356-0.0329-0.0179-0.06690.3313-1.94222.64121.0425-1.98722.6177-0.3641-0.0671.17420.175-0.38571.0435-0.01480.628815.708914.217616.3293
101.3831.00341.26984.20411.19080.64110.31830.5489-0.1295-1.6944-0.7351-0.4538-0.22630.6688-0.05890.84160.08420.11210.62910.01170.783615.956123.01822.6671
110.0710.2131-0.16520.78190.71241.6731.47140.5814-0.5679-0.44620.37240.3672-0.46060.941-0.16920.73290.0856-0.16720.7072-0.1321.73510.634736.484126.4282
121.24831.33080.62181.7240.85111.1301-1.4297-0.52561.31560.86051.5731-0.1525-0.07480.6048-0.06740.54450.04370.08350.5289-0.21551.187515.534830.93331.7408
130.2985-0.2508-0.5041-0.2119-0.07630.39770.1852-0.85170.21011.7087-0.14123.1291-0.96180.7836-0.0280.750.1462-0.26750.6359-0.2721.52911.096230.687426.341
143.46420.6431.1792.5631-0.63082.967-0.0431-0.68450.50430.6283-0.01051.29170.0576-0.59-0.0340.42960.12290.13310.5731-0.19550.87219.74524.281436.3049
154.6149-2.12831.57151.76581.98014.4802-0.5752-1.2083-1.23030.54480.10360.19480.72190.2247-0.04280.62830.0817-0.08340.6716-0.15160.839520.598811.248428.6365
163.39720.66491.67830.3111-0.8935-1.2312-0.0594-0.51820.68320.10590.1635-0.764-0.1269-0.1227-0.02890.7166-0.06290.19910.5882-0.07890.7168-13.358912.407334.3928
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 5:10)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 11:45)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 46:52)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 53:74)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 75:90)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 91:96)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resid 97:131)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain A and resid 132:139)
9X-RAY DIFFRACTION9(chain B and resid 5:10)
10X-RAY DIFFRACTION10(chain B and resid 11:21)
11X-RAY DIFFRACTION11(chain B and resid 22:29)
12X-RAY DIFFRACTION12(chain B and resid 30:43)
13X-RAY DIFFRACTION13(chain B and resid 44:54)
14X-RAY DIFFRACTION14(chain B and resid 55:88)
15X-RAY DIFFRACTION15(chain B and resid 89:108)
16X-RAY DIFFRACTION16(chain B and resid 109:139)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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