PDB-3uaq: Crystal Structure of the N-lobe Domain of Lactoferrin Binding Pro...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3uaq

タイトル

Crystal Structure of the N-lobe Domain of Lactoferrin Binding Protein B (LbpB) of Moraxella bovis

要素

LbpB B-lobe

キーワード

PROTEIN BINDING (タンパク質) /

beta barrel (Βバレル) /

lipoprotein (リポタンパク質)

機能・相同性

機能・相同性情報

cell outer membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Moraxella bovis (モラクセラ・ボービス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.9318 Å

データ登録者

Arutyunova, E. / Brooks, C.L. / Beddeck, A. / Mak, M.W. / Schryvers, A.B. / Lemieux, M.J.

引用

ジャーナル: Biochem.Cell Biol. / 年: 2012
タイトル: Crystal structure of the N-lobe of lactoferrin binding protein B from Moraxella bovis(1).
著者: Arutyunova, E. / Brooks, C.L. / Beddek, A. / Mak, M.W. / Schryvers, A.B. / Lemieux, M.J.

履歴

登録	2011年10月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年3月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年5月30日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月8日	Group: Refinement description / Structure summary / カテゴリ: audit_author / software Item: _audit_author.name / _software.classification ..._audit_author.name / _software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.3	2018年1月24日	Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.4	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3uaq.cif.gz	223.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3uaq.ent.gz	180.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3uaq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ua/3uaq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ua/3uaq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3holS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3ius-d 5f2n-d 5df1-d 6tia-d 6gfp-d 6o8e-2 4yp9-d 5f2o-d 2aqo-d 2vpn-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#244 - 2020年4月光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes) 類似性 (1) #59 - 2004年11月光化学系II (Photosystem II) 類似性 (1)

登録構造単位

A: LbpB B-lobe

B: LbpB B-lobe

75 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: LbpB B-lobe

ソフトウェアが定義した集合体
37.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

B: LbpB B-lobe

ソフトウェアが定義した集合体
37.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.599, 83.928, 98.589
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 101.11, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	chain A and (resseq 54:163 or resseq 169:188 or resseq 200:342 )
2	1	1	chain B and (resseq 54:163 or resseq 169:188 or resseq 200:342 )

#1: タンパク質	LbpB B-lobe 分子量: 37497.148 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Moraxella bovis (モラクセラ・ボービス) 遺伝子: LbpB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: H9KVH9*PLUS

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.66 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5 / 詳細: PEG 6000, pH 8.5, vapor diffusion, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL9-2 / 波長: 1.1 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月7日 / 詳細: mirrors

放射

モノクロメーター: Double Crystal Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.9→96.8 Å / Num. obs: 14327 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.115 / Net I/σ(I): 7.5

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
2.9-3.06	3.2	0.351	1	99.6
3.06-3.18	3.3	0.308	1	98.9
3.18-3.32	3.3	0.237	1	99.5
3.32-3.5	3.3	0.191	1	99
3.5-3.72	3.3	0.136	1	99
3.72-4	3.3	0.109	1	98.8
4-4.4	3.3	0.093	1	98.6
4.4-5.04	3.3	0.074	1	98.1
5.04-6.34	3.3	0.076	1	97.8
6.34-35	3.3	0.068	1	96.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.7.1_743	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3HOL

3hol

解像度: 2.9318→33.033 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.72 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 25.54 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2687	721	5.04 %
R_work	0.2202	-	-
obs	0.2226	14308	97.05 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 16.597 Å² / k_sol: 0.348 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.7953 Å²	-0 Å²	3.9522 Å²
2-	-	-0.3348 Å²	-0 Å²
3-	-	-	3.1301 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.9318→33.033 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4326	0	0	0	4326

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	4423
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.933	5965
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.728	1614
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.06	613
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	794

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	2152	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	2152	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.03

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.9318-3.158	0.3349	137	0.2571	2548	X-RAY DIFFRACTION	92
3.158-3.4755	0.2881	145	0.2437	2772	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4755-3.9776	0.2578	150	0.2194	2750	X-RAY DIFFRACTION	99
3.9776-5.0086	0.2601	144	0.1886	2753	X-RAY DIFFRACTION	98
5.0086-33.035	0.2459	145	0.2252	2764	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.613	0.2172	-0.0075	1.4277	0.9658	1.5461	-0.0035	-0.1566	0.0196	0.0852	0.204	-0.021	-0.0446	0.0221	0.0691	0.1987	-0.0423	-0.0144	0.2625	-0.0035	0.0692	23.4296	-18.5356	24.6913
2	0.3636	-0.1169	0.093	1.7081	0.2375	0.498	-0.0799	0.0091	0.0493	0.0576	0.0505	-0.1158	0.0345	0.0967	-0.3051	0.039	-0.0309	-0.0012	0.1538	-0.0691	0.0808	23.4808	-14.2961	31.072
3	0.6629	0.0445	0.1157	0.965	0.1327	1.0074	-0.0315	-0.0065	0.0644	-0.0571	0.0384	-0.1192	-0.1397	0.0452	-0.1195	0.0995	-0.0128	0.0539	0.0191	-0.0159	0.129	19.5582	2.6742	22.9989
4	0.2409	-0.0026	0.0764	0.4712	0.1252	0.3569	-0.0099	0.038	-0.1107	-0.0504	0.1451	-0.1647	-0.0364	0.0967	0.0923	0.0906	0.0221	0.0452	0.0149	-0.0583	0.182	15.644	-11.9105	24.9871
5	1.9324	-0.3728	-1.1231	1.6089	0.5119	1.0314	0.0299	0.3336	0.0709	-0.0065	-0.0033	0.321	-0.0286	-0.2501	-0.0493	0.0995	-0.0027	0.0474	0.1052	0.0596	0.1138	6.5288	-9.2841	20.7829
6	0.2283	-0.0436	-0.0883	0.2566	-0.0107	0.1456	-0.0421	-0.2054	-0.0455	0.1844	0.1177	0.0831	0.0008	0.0355	0.292	0.132	0.0751	0.1945	0.3394	0.0313	0.0963	0.376	-5.1809	38.2583
7	1.3419	-0.7416	-0.6116	0.448	0.0285	2.6691	-0.0953	-0.0862	-0.0934	0.2532	-0.2223	0.1507	0.2968	-0.2951	0.0157	0.0989	-0.0028	-0.0291	0.1269	0.0891	0.1625	5.3571	-15.0118	38.9245
8	0.3322	-0.071	0.2779	0.2067	-0.0758	0.5365	-0.0011	-0.1208	-0.0499	0.0498	0.0052	-0.0275	0.1043	-0.0694	-0.1123	0.1828	0.1067	-0.0669	0.2491	0.0793	0.082	10.566	-5.337	39.9978
9	0.2796	-0.1005	0.1307	0.7386	0.0879	0.7039	-0.0206	-0.0277	-0.0103	-0.0661	-0.1311	-0.0648	-0.0116	0.1988	-0.1777	0.0702	-0.0139	-0.0119	0.2002	0.1034	0.1437	21.2017	19.0004	7.8104
10	0.6578	0.1386	0.1878	0.9721	-0.1026	0.8835	-0.0304	-0.05	0.1492	0.1809	-0.1553	-0.1326	-0.0597	0.047	-0.3477	0.1158	-0.0205	-0.0002	0.0748	0.0069	0.2234	17.4369	37.9793	9.9904
11	0.2092	-0.0018	-0.1131	0.286	0.0657	0.5021	-0.0328	0.129	-0.0918	-0.1963	-0.0019	-0.0953	-0.0353	0.1228	-0.1646	0.0518	-0.0386	0.0366	-0.0585	-0.1599	-0.0617	13.7223	24.2319	6.6173
12	0.5262	0.2899	-0.0945	0.402	-0.0966	0.1461	-0.0464	0.1151	0.0786	-0.0716	0.1031	0.0856	0.0156	-0.0448	0.0887	0.1393	-0.0998	0.0565	0.0987	0.0022	0.121	4.3601	27.8649	3.5529
13	0.4534	0.1803	0.2416	0.4211	0.2991	0.6634	0.1524	-0.1104	-0.0486	0.1052	0.0367	0.002	0.2114	0.0303	0.1394	0.1086	-0.0441	0.0004	0.1169	-0.0463	0.097	-1.698	24.9119	21.2923
14	1.1605	-0.4732	-0.3259	0.5499	-0.66	1.8522	-0.1178	0.0323	0.0271	-0.1065	0.0929	0.1213	0.1003	-0.092	0.1561	0.1794	0.03	-0.0428	0.2319	0.0611	0.1065	3.214	15.5708	18.0685
15	0.5439	-0.2752	0.1091	0.6125	-0.2165	0.6127	0.0425	-0.0215	0.0313	0.0807	0.0912	0.1141	-0.0823	-0.135	0.1519	0.0837	0.0575	-0.1048	0.0134	0.0587	0.1027	8.4981	24.0467	22.7718

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 55:72)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 73:94)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 95:121)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 122:213)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resseq 214:236)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resseq 237:279)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resseq 280:299)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resseq 300:341)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resseq 55:95)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resseq 96:121)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resseq 122:213)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resseq 214:236)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resseq 237:279)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resseq 280:299)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resseq 300:341)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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