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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3uam | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a chitin binding domain from Burkholderia pseudomallei | ||||||
要素 | Chitin binding domain | ||||||
キーワード | PROTEIN BINDING (タンパク質) / SSGCID / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease | ||||||
機能・相同性 | chitin-binding protein cbp21 / Cellulose/chitin-binding protein, N-terminal / Lytic polysaccharide mono-oxygenase, cellulose-degrading / Coagulation Factor XIII; Chain A, domain 1 / Distorted Sandwich / Immunoglobulin E-set / Mainly Beta / 硝酸塩 / Chitin binding domain 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換, 分子置換 / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
引用 | ジャーナル: to be published タイトル: Crystal structure of a chitin binding domain from Burkholderia pseudomallei 著者: Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) / Fox III, D. / Gardberg, A. / Armour, B. / Staker, B. / Stewart, L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3uam.cif.gz | 479.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3uam.ent.gz | 393.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3uam.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ua/3uam ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ua/3uam | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 2bemS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24191.709 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌) 株: 1710b / 遺伝子: BURPS1710b_0114 / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q3JY22 #2: 化合物 | ChemComp-NO3 / #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.07 % |
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結晶化 | 温度: 290 K / pH: 6.77 詳細: Internal tracking number 225965. PACT optimization screen F5 well F8. 0.1M Bis Tris propane pH 6.77, 200mM sodium nitrate, 20.54% w/v PEG3500, 20% Ethylene Glycol Cryo. BupsA.17478.a.A1 ...詳細: Internal tracking number 225965. PACT optimization screen F5 well F8. 0.1M Bis Tris propane pH 6.77, 200mM sodium nitrate, 20.54% w/v PEG3500, 20% Ethylene Glycol Cryo. BupsA.17478.a.A1 PW31202 21mg/ml, vapor diffusion, sitting drop, temperature 290K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2011年9月11日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→45.013 Å / Num. obs: 82444 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 19.42 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.118 / Net I/σ(I): 14.42 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.05 Å / Rmerge(I) obs: 0.437 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / % possible all: 93.5 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換, 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2BEM 解像度: 2→45.013 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU B: 6.773 / SU ML: 0.101 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.188 / ESU R Free: 0.158 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 14.5 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→45.013 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.05 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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