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Yorodumi- PDB-3u9e: The crystal structure of a possible phosphate acetyl/butaryl tran... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3u9e | ||||||
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Title | The crystal structure of a possible phosphate acetyl/butaryl transferase (from Listeria monocytogenes EGD-e) in complex with CoA. | ||||||
Components | possible phosphate acetyl/butaryl transferase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / STRUCTURAL GENOMICS / THE CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS OF INFECTIOUS DISEASES / CSGID | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Listeria monocytogenes (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.04 Å | ||||||
Authors | Tan, K. / Zhou, M. / Peterson, S. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: The crystal structure of a possible phosphate acetyl/butaryl transferase (from Listeria monocytogenes EGD-e) in complex with CoA. Authors: Tan, K. / Zhou, M. / Peterson, S. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3u9e.cif.gz | 238.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3u9e.ent.gz | 191.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3u9e.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u9/3u9e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u9/3u9e | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 3tngS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Details | Experimentally unknown. It is predicted that the chains A and B form a dimer. |
-Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 31270.408 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Listeria monocytogenes (bacteria) / Strain: EGD-e / Gene: lmo1369 / Plasmid: PMCSG7 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) MAGIC / References: UniProt: Q8Y7B7 |
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-Non-polymers , 5 types, 178 molecules
#2: Chemical | ChemComp-COA / #3: Chemical | ChemComp-CL / | #4: Chemical | ChemComp-GOL / #5: Chemical | ChemComp-ARG / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.08 Å3/Da / Density % sol: 40.99 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.5 Details: 0.1M Bis-Tris, 25% W/V PEG3350, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.97926 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Oct 6, 2011 / Details: mirror |
Radiation | Monochromator: Si 111 Crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97926 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.04→39 Å / Num. obs: 61592 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.139 / Net I/σ(I): 15.1 |
Reflection shell | Resolution: 2.05→2.09 Å / Redundancy: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.685 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique all: 1607 / % possible all: 98.8 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 3TNG Resolution: 2.04→38.842 Å / SU ML: 0.54 / σ(F): 1.34 / Phase error: 26.04 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.83 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 35.518 Å2 / ksol: 0.318 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.04→38.842 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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