[English] 日本語
![](img/lk-miru.gif)
- PDB-3u87: Structure of a chimeric construct of human CK2alpha and human CK2... -
+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3u87 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Structure of a chimeric construct of human CK2alpha and human CK2alpha' in complex with a non-hydrolysable ATP-analogue | |||||||||
![]() | Casein kinase II subunit alpha![]() | |||||||||
![]() | ![]() ![]() | |||||||||
Function / homology | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Niefind, K. / Raaf, J. / Issinger, O.-G. / Olsen, B. | |||||||||
![]() | ![]() Title: Low-density crystal packing of human protein kinase CK2 catalytic subunit in complex with resorufin or other ligands: a tool to study the unique hinge-region plasticity of the enzyme without packing bias. Authors: Klopffleisch, K. / Issinger, O.G. / Niefind, K. #1: ![]() Title: Enzymatic activity with an incomplete catalytic spine - insights from a comparative structural analysis of human CK2alpha and its paralogous isoform CK2alpha' Authors: Bischoff, N. / Raaf, J. / Olsen, B. / Bretner, M. / Issinger, O.G. / Niefind, K. #2: ![]() Title: GTP plus water mimic ATP in the active site of protein kinase CK2. Authors: Niefind, K. / Putter, M. / Guerra, B. / Issinger, O.G. / Schomburg, D. #3: ![]() Title: Structure of the human protein kinase CK2 catalytic subunit CK2alpha' and interaction thermodynamics with the regulatory subunit CK2beta Authors: Bischoff, N. / Olsen, B. / Raaf, J. / Bretner, M. / Issinger, O.G. / Niefind, K. #4: ![]() Title: Crystal structure of human protein kinase CK2: insights into basic properties of the CK2 holoenzyme. Authors: Niefind, K. / Guerra, B. / Ermakowa, I. / Issinger, O.G. #5: ![]() Title: Crystal structure of a C-terminal deletion mutant of human protein kinase CK2 catalytic subunit. Authors: Ermakova, I. / Boldyreff, B. / Issinger, O.G. / Niefind, K. #6: ![]() Title: Inclining the purine base binding plane in protein kinase CK2 by exchanging the flanking side-chains generates a preference for ATP as a cosubstrate. Authors: Yde, C.W. / Ermakova, I. / Issinger, O.G. / Niefind, K. #7: ![]() Title: Evolved to be active: sulfate ions define substrate recognition sites of CK2alpha and emphasise its exceptional role within the CMGC family of eukaryotic protein kinases. Authors: Niefind, K. / Yde, C.W. / Ermakova, I. / Issinger, O.G. #8: ![]() Title: Protein kinase CK2: from structures to insights Authors: Niefind, K. / Raaf, J. / Issinger, O.-G. #9: ![]() Title: First inactive conformation of CK2alpha, the catalytic subunit of protein kinase CK2 Authors: Raaf, J. / Issinger, O.-G. / Niefind, K. #10: ![]() Title: The CK2alpha/CK2beta interface of human protein kinase CK2 harbors a binding pocket for small molecules Authors: Raaf, J. / Brunstein, E. / Issinger, O.-G. / Niefind, K. #11: ![]() Title: The catalytic subunit of human protein kinase CK2 structurally deviates from its maize homologue in complex with the mucleotide competitive inhibitor emodin Authors: Raaf, J. / Klopffleisch, K. / Issinger, O.-G. / Niefind, K. | |||||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 299.5 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 245.6 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
Related structure data | ![]() 3u9cC ![]() 3ngaS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
---|---|
Similar structure data |
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
2 | ![]()
| ||||||||
Unit cell |
|
-
Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | ![]() Mass: 41404.176 Da / Num. of mol.: 2 Fragment: KINASE II SUBUNIT ALPHA (UNP RESIDUES 1-325), KINASE II SUBUNIT ALPHA' (UNP RESIDUES 327-350) Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() References: UniProt: P68400, UniProt: P19784, ![]() |
---|
-Non-polymers , 6 types, 63 molecules ![](data/chem/img/ANP.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-MG / #4: Chemical | ![]() #5: Chemical | ![]() #6: Chemical | ![]() #7: Water | ChemComp-HOH / | ![]() |
---|
-Details
Compound details | AN ADDITIONAL PEPTIDE WAS PRESENT IN THE CRYSTALLIZATION CONDITION, BUT THE WHOLE CHAIN IS ...AN ADDITIONAL |
---|---|
Sequence details | THE STRUCTURE IS REPRESENTATIVE OF A CHIMERIC PROTEIN BETWEEN CASEIN KINASE II SUBUNIT ALPHA AND ...THE STRUCTURE IS REPRESENTA |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.1 Å3/Da / Density % sol: 60.28 % |
---|---|
Crystal grow![]() | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.2 Details: reservoir: 15% polyethylene glycol 8000, 15% glycerol, 0.17 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium cacodylate buffer; drop: 0.8 uL reservoir solution, 0.8 uL protein solution (12.6 mg/ml), 0.5 uL ...Details: reservoir: 15% polyethylene glycol 8000, 15% glycerol, 0.17 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium cacodylate buffer; drop: 0.8 uL reservoir solution, 0.8 uL protein solution (12.6 mg/ml), 0.5 uL 10% anapoe 305 (detergent), 1.5 uL 5 mM AMPPNP, 1.5 uL 10 mM magnesium chloride, 1.5 uL CK2 substrate peptide (sequence RRRADDSDDDDD), pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Jul 21, 2008 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 2.85→38 Å / Num. all: 24894 / Num. obs: 24724 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 8.03 % / Rmerge(I) obs: 0.097 / Rsym value: 0.097 / Net I/σ(I): 17.3 |
Reflection shell | Resolution: 2.85→2.92 Å / Redundancy: 8.26 % / Mean I/σ(I) obs: 2.43 / Rsym value: 0.953 / % possible all: 99.7 |
-
Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Starting model: pdb entry 3NGA Resolution: 2.9→36.655 Å / SU ML: 0.3 / σ(F): 1.38 / Phase error: 20.67 / Stereochemistry target values: ML
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.73 Å / VDW probe radii: 1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 41.991 Å2 / ksol: 0.334 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.9→36.655 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group |
|