PDB-3u7i: The crystal structure of FMN-dependent NADH-azoreductase 1 (GBAA0...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3u7i

タイトル

The crystal structure of FMN-dependent NADH-azoreductase 1 (GBAA0966) from Bacillus anthracis str. Ames Ancestor

要素

FMN-dependent NADH-azoreductase 1

キーワード

OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) /

structural genomics (構造ゲノミクス) / The Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID

機能・相同性

機能・相同性情報

酸化還元酵素; キノンおよび類縁体が電子受容体 / FMN-dependent NADH-azoreductase / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, NAD(P) as acceptor / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, quinone or similar compound as acceptor / FMN binding /

electron transfer activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus anthracis (炭疽菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Zhang, R. / Gu, M. / Tan, K. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of FMN-dependent NADH-azoreductase 1 (GBAA0966) from Bacillus anthracis str. Ames Ancestor
著者: Zhang, R. / Gu, M. / Tan, K. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2011年10月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年11月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年12月16日	Group: Data collection

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3u7i.cif.gz	379.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3u7i.ent.gz	327.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3u7i.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u7/3u7i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u7/3u7i	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	3wo5-d 2yfr-d 5gj7-2 5obl-2 5uqx-1 4usu-d 5nks-d 3ic6-1 5fuf-d 3c9f-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: IDP02263

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: FMN-dependent NADH-azoreductase 1

B: FMN-dependent NADH-azoreductase 1

C: FMN-dependent NADH-azoreductase 1

D: FMN-dependent NADH-azoreductase 1

ヘテロ分子

105 kDa, 4 ポリマー
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1

A: FMN-dependent NADH-azoreductase 1

C: FMN-dependent NADH-azoreductase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
52.4 kDa, 2 ポリマー
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2

B: FMN-dependent NADH-azoreductase 1

D: FMN-dependent NADH-azoreductase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
52.3 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	102.802, 113.470, 91.115
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.31, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	FMN-dependent NADH-azoreductase 1 / Azo-dye reductase 1 / FMN-dependent NADH-azo compound oxidoreductase 1 分子量: 25997.270 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 株: Ames Ancestor 遺伝子: azoR1, Bacillus anthracis, BAS0908, BA_0966, GBAA_0966 プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ML21(DE3)majic 参照: UniProt: Q81UB2, 酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物分子量: 35.453 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 880 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.56 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.86 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.16M MgCl, 0.08M Tris, 24% PEG4000, 20% Glycerol, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97917 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月7日 / 詳細: Mirror
放射	モノクロメーター: Si 111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97917 Å / 相対比: 1
Reflection twin	Operator: -h,-k,l / Fraction: 0.223
反射	解像度: 1.75→31 Å / Num. all: 105368 / Num. obs: 105368 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.9 % / R_merge(I) obs: 0.114 / Net I/σ(I): 17
反射シェル	解像度: 1.75→1.78 Å / 冗長度: 4.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
MOLREP		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.1_743)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.75→30.916 Å / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.56 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1795	5261	5.03 %
R_work	0.1511	-	-
obs	0.1524	104646	99.64 %
all	-	104643	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.61 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 59.735 Å² / k_sol: 0.4 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.5385 Å²	-0 Å²	2.3669 Å²
2-	-	-3.7341 Å²	-0 Å²
3-	-	-	6.2726 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→30.916 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7091	0	38	880	8009

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	7306
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.925	9878
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.254	2757
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.067	1115
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	1257

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.75-1.7802	0.2592	270	0.234	4949	X-RAY DIFFRACTION	94
1.7802-1.8125	0.243	260	0.2202	4892	X-RAY DIFFRACTION	94
1.8125-1.8474	0.2321	224	0.2141	4953	X-RAY DIFFRACTION	95
1.8474-1.8851	0.2278	274	0.2056	4948	X-RAY DIFFRACTION	94
1.8851-1.9261	0.2065	248	0.1953	4920	X-RAY DIFFRACTION	95
1.9261-1.9709	0.2158	245	0.1877	4958	X-RAY DIFFRACTION	95
1.9709-2.0202	0.213	252	0.1889	5022	X-RAY DIFFRACTION	95
2.0202-2.0748	0.2038	261	0.1832	4931	X-RAY DIFFRACTION	95
2.0748-2.1358	0.1871	278	0.1747	4934	X-RAY DIFFRACTION	94
2.1358-2.2047	0.1969	269	0.1775	4970	X-RAY DIFFRACTION	95
2.2047-2.2835	0.2127	232	0.1657	5003	X-RAY DIFFRACTION	96
2.2835-2.3749	0.1821	245	0.1664	5013	X-RAY DIFFRACTION	95
2.3749-2.4829	0.2077	253	0.1616	4979	X-RAY DIFFRACTION	95
2.4829-2.6137	0.1832	272	0.1594	4952	X-RAY DIFFRACTION	95
2.6137-2.7774	0.1948	265	0.1555	5021	X-RAY DIFFRACTION	95
2.7774-2.9916	0.1867	282	0.148	4967	X-RAY DIFFRACTION	95
2.9916-3.2923	0.1754	266	0.1325	4992	X-RAY DIFFRACTION	95
3.2923-3.7679	0.143	283	0.1121	4971	X-RAY DIFFRACTION	95
3.7679-4.7439	0.123	272	0.0971	5029	X-RAY DIFFRACTION	95
4.7439-29.2851	0.1851	277	0.147	5008	X-RAY DIFFRACTION	94

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6553	-1.0165	0.4212	1.5602	0.3888	1.2527	0.1453	-0.3349	-0.2295	0.1485	-0.0671	0.105	0.115	-0.0144	-0.0374	0.1523	-0.0009	-0.0362	0.1098	0.0451	0.0774	38.3092	69.9784	21.92
2	6.811	-0.4436	-0.1651	1.8152	0.2066	1.4333	-0.1	-0.1647	-0.5021	-0.0054	0.0654	-0.0017	0.2024	0.0263	-0.0646	0.2582	0.0037	-0.0605	0.0916	0.0022	0.1204	40.3943	61.5625	17.2848
3	2.0371	-0.7589	-0.0839	2	0.2359	1.0308	-0.0594	-0.173	-0.0616	0.181	0.0943	-0.0247	0.045	0.0245	-0.0385	0.1589	-0.0083	-0.0418	0.1486	0.0193	0.1131	40.5284	75.81	24.45
4	6.541	4.1706	-0.6213	4.4645	1.2677	8.3391	-0.1302	-0.0086	1.0604	0.3933	0.0457	-0.2331	-0.9194	0.3893	0.0266	0.2675	0.002	-0.1005	0.1571	-0.0761	0.4576	37.3108	100.1291	29.1447
5	4.3375	-2.075	-1.4883	7.5691	3.2917	4.7347	-0.0523	-0.4967	0.3215	0.4559	0.1529	-0.1873	-0.1559	-0.0142	-0.1249	0.1564	0.022	-0.0692	0.1476	-0.032	0.1378	41.9548	87.6976	28.6045
6	1.2631	-0.3994	0.3911	0.3385	-0.0521	0.5421	-0.0204	0.0321	0.0881	-0.0665	0.0258	0.0197	0.0328	-0.0151	0.003	0.1454	0.0094	-0.0117	0.128	0.0287	0.1104	33.1072	78.5047	16.8833
7	3.8788	0.4277	-1.169	5.8025	-1.6384	5.5921	0.0581	0.5253	0.9004	-0.5982	-0.1235	-0.0824	-1.0741	0.0762	0.0122	0.3594	-0.0025	-0.0525	0.178	0.1312	0.382	43.225	94.8015	12.1879
8	2.0532	-0.1897	0.5929	0.6431	-0.2308	1.1109	0.0749	0.2151	0.0144	-0.2133	-0.0669	-0.06	0.0218	0.0067	-0.0006	0.1868	0.0406	-0.0159	0.1517	0.0312	0.0819	33.7389	77.536	6.9344
9	2.9137	0.2118	1.0641	3.2226	0.5771	1.6109	0.0378	0.341	-0.205	-0.3402	-0.0009	0.0173	0.1237	-0.035	-0.0392	0.1746	0.056	-0.0418	0.1582	0.0013	0.0808	32.5313	68.5408	7.0658
10	5.5281	-0.3765	-2.1271	1.5965	0.0187	1.1322	-0.1041	0.2975	-0.5077	-0.2396	0.0259	0.0662	0.1795	-0.0311	0.129	0.3045	0.0442	-0.06	0.143	-0.0326	0.132	40.6871	59.1466	8.1775
11	2.2624	0.1281	-0.9011	1.4378	0.0321	1.8732	0.0073	-0.1304	0.6268	-0.0501	0.1433	0.1369	-0.1749	-0.0973	-0.0747	0.1028	0.0144	-0.0335	0.077	0.0147	0.1507	13.2715	103.046	65.6492
12	2.1105	-0.0153	-1.4696	1.1536	-0.135	2.418	0.0448	-0.0556	0.604	0.093	0.0665	0.1836	-0.245	-0.0096	-0.0589	0.2457	0.0082	-0.0177	0.1012	0.0272	0.1816	12.9561	110.3023	60.5639
13	1.2643	0.2823	0.4498	3.0225	-0.2387	2.3577	-0.1109	-0.2027	0.1138	0.1529	0.2363	0.1095	-0.2024	-0.13	-0.0899	0.0944	-0.0016	0.008	0.1206	0.0019	0.0817	14.0891	97.6111	69.5728
14	3.4664	-1.6082	0.4723	1.3606	0.8057	7.9871	-0.2111	-0.1667	-0.6186	0.1541	-0.0023	0.1887	1.5914	-0.6437	0.0918	0.432	-0.0745	0.0112	0.2212	0.0138	0.1312	18.4703	74.3648	77.5999
15	1.0365	0.0937	-0.4426	1.5847	-0.7178	1.2896	0.0194	-0.1392	-0.046	0.0446	0.0571	0.1333	0.0453	-0.0105	-0.0805	0.1019	-0.0017	-0.0377	0.1263	0.0087	0.0806	17.3916	90.3911	67.9663
16	8.2628	1.5677	2.5429	7.0761	2.9332	2.2769	-0.1274	0.5392	-1.0903	-0.4082	0.0842	0.124	1.2824	-0.208	0.0242	0.4996	-0.0741	-0.0193	0.213	-0.0149	0.2977	9.4289	76.762	61.3464
17	2.0042	0.0057	-0.3741	1.899	-0.3967	1.7988	0.0413	0.1831	0.0556	-0.2942	-0.0088	0.0667	0.1168	-0.0319	-0.0336	0.1728	0.0187	-0.0513	0.151	0.0158	0.0888	18.0411	94.9743	51.3322
18	3.9437	-0.8363	0.993	0.5329	0.1858	0.8026	0.0884	0.0756	0.2749	-0.1581	-0.0607	-0.0618	-0.2701	-0.0518	-0.0467	0.2657	0.0423	0.0056	0.1529	0.0776	0.1811	10.9797	111.3562	51.4797
19	0.8089	-0.5246	-0.4082	1.6605	-0.7819	1.0441	-0.0097	-0.0714	0.7927	0.1761	-0.0432	-0.1159	-0.2629	0.0483	0.0684	0.1751	0.0048	-0.0112	0.1015	-0.0457	0.3674	13.5547	100.7217	18.5913
20	2.8427	-1.0353	0.4661	2.2703	-0.1749	1.0385	-0.011	-0.4253	-0.4374	0.2527	0.0811	0.2512	0.2117	-0.0812	-0.077	0.144	-0.0069	0.0139	0.193	0.0368	0.1493	11.9363	80.0737	26.3859
21	2.8848	-0.943	-0.4232	1.6384	-0.0772	1.1498	0.0159	0.0825	0.2831	-0.0373	-0.0258	-0.0343	0.0596	0.0721	0.0025	0.1235	0.0081	-0.0327	0.1101	0.0159	0.131	19.7726	88.1562	16.3884
22	5.0614	0.3954	2.9026	6.6544	3.783	6.3627	-0.0665	0.5555	-1.0809	-0.4128	-0.0687	0.0549	1.2156	-0.1151	0.1675	0.4331	-0.0334	0.0221	0.1944	-0.0653	0.3234	9.483	71.9263	11.2702
23	1.2162	-0.1567	-0.0553	1.2814	0.1255	1.0347	0.0956	0.251	0.4964	-0.2171	-0.2149	-0.1365	0.0498	0.0263	-0.0643	0.1265	0.0582	-0.0008	0.1498	0.1231	0.2173	19.9466	91.3079	6.5408
24	1.256	-0.6298	0.3724	0.8099	0.2218	0.8047	-0.064	0.0354	0.0571	-0.2598	-0.1416	-0.3807	-0.1268	0.1254	-0.0039	0.2197	0.0651	0.0369	0.0614	0.2297	0.5103	12.2735	108.9144	6.5488
25	5.399	0.239	0.2065	1.8343	0.7153	1.7042	-0.0425	-0.3272	-0.1614	0.1221	0.0432	0.079	0.3039	-0.0162	0.0893	0.1778	0.0125	-0.0392	0.1348	0.0151	0.1098	37.5647	75.4974	66.3151
26	6.731	0.2989	-4.2181	0.75	0.4761	4.6174	-0.1366	-0.0329	-0.4513	0.192	0.0701	-0.1312	0.4052	0.0189	0.0652	0.2273	-0.004	-0.0634	0.1261	-0.0089	0.1838	41.0869	67.0635	62.1277
27	2.496	-2.3268	0.3484	4.7677	0.4601	1.2459	0.023	-0.0448	-0.027	0.0991	0.095	-0.2642	-0.0295	0.1412	-0.1514	0.0888	-0.0162	-0.0323	0.1218	-0.0016	0.0871	42.6843	82.3758	66.3875
28	3.601	4.3316	-0.6794	5.3558	-0.1751	2.9877	0.1499	-0.0904	0.9409	0.0019	0.1071	-0.591	-0.4431	0.2573	-0.0651	0.18	-0.0006	0.0616	0.1068	-0.0623	0.5708	40.1188	107.1495	67.8741
29	4.831	-1.4551	-1.3483	6.0415	4.3381	7.1476	-0.0478	-0.3929	0.4462	0.2551	-0.035	-0.217	-0.2173	0.1542	-0.0385	0.1348	-0.0078	-0.0425	0.127	-0.006	0.1279	44.3747	95.0971	68.6804
30	1.6395	-0.114	0.3806	1.0821	0.2063	0.3925	0.0196	0.0639	-0.057	-0.0306	-0.0093	-0.0213	0.0044	-0.0397	-0.0085	0.1407	0.0024	-0.0244	0.1452	-0.0068	0.1152	34.063	83.9104	60.3953
31	4.0873	-1.3455	-0.2215	4.8998	-4.1784	4.0746	-0.0109	0.3467	0.633	-0.4831	-0.2109	-0.0523	-0.5627	0.0761	0.3264	0.3139	-0.0061	-0.0706	0.1892	0.0681	0.2142	42.1774	98.6571	50.2163
32	2.8774	2.677	-0.296	5.8252	-0.5481	0.973	-0.0038	0.1659	-0.0907	-0.4081	0.01	-0.1593	-0.0087	0.2526	0.0108	0.1781	0.0205	-0.0178	0.2102	-0.0138	0.0877	41.9375	80.6527	52.4827
33	2.1533	0.1877	1.7685	2.2989	-0.249	1.5241	0.1201	0.2967	-0.4406	-0.593	-0.0234	0.4389	0.2611	-0.2176	-0.0172	0.2299	-0.0063	-0.1101	0.1832	-0.0972	0.2234	20.4548	75.2554	49.8618
34	1.5553	0.2997	0.3998	4.0048	-0.0595	0.6596	0.0994	0.1117	-0.1151	-0.242	-0.1151	0.1411	-0.005	-0.0038	0.0059	0.1682	0.0217	-0.0475	0.1525	-0.0282	0.103	32.0073	78.8771	51.8121
35	3.1118	-2.0967	-1.7794	1.45	1.1569	1.53	-0.1799	0.0693	-0.0879	-0.1808	0.0471	0.2524	0.2873	-0.1056	0.147	0.2765	0.0056	-0.0816	0.1444	-0.039	0.2325	39.9724	61.7724	53.4125

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 0:18)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 19:34)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 35:55)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 56:72)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resseq 73:91)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resseq 92:117)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resseq 118:130)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resseq 131:174)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resseq 175:191)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resseq 192:217)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resseq -2:18)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resseq 19:34)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resseq 35:55)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resseq 56:72)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resseq 73:117)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resseq 118:130)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resseq 131:191)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resseq 192:217)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resseq 0:34)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resseq 35:91)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resseq 92:117)
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'C' and (resseq 118:130)
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'C' and (resseq 131:191)
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'C' and (resseq 192:219)
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resseq 2:18)
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resseq 19:34)
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'D' and (resseq 35:55)
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'D' and (resseq 56:72)
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'D' and (resseq 73:90)
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'D' and (resseq 91:117)
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'D' and (resseq 118:133)
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'D' and (resseq 134:146)
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'D' and (resseq 147:161)
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'D' and (resseq 162:191)
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'D' and (resseq 192:219)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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