+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3u51 | |||||||||
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Title | Src in complex with DNA-templated macrocyclic inhibitor MC1 | |||||||||
Components |
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Keywords | TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / protein kinase / Src-like inactive conformation / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex | |||||||||
Function / homology | Function and homology information Signaling by ERBB2 / Nuclear signaling by ERBB4 / PIP3 activates AKT signaling / Signaling by SCF-KIT / Regulation of KIT signaling / Signaling by EGFR / GAB1 signalosome / Regulation of gap junction activity / FCGR activation / PECAM1 interactions ...Signaling by ERBB2 / Nuclear signaling by ERBB4 / PIP3 activates AKT signaling / Signaling by SCF-KIT / Regulation of KIT signaling / Signaling by EGFR / GAB1 signalosome / Regulation of gap junction activity / FCGR activation / PECAM1 interactions / CD28 co-stimulation / CTLA4 inhibitory signaling / EPHA-mediated growth cone collapse / Ephrin signaling / G alpha (i) signalling events / DCC mediated attractive signaling / GP1b-IX-V activation signalling / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / VEGFR2 mediated cell proliferation / RAF activation / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / RET signaling / Receptor Mediated Mitophagy / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / Downregulation of ERBB4 signaling / EPH-ephrin mediated repulsion of cells / Cyclin D associated events in G1 / Regulation of RUNX3 expression and activity / Activated NTRK3 signals through PI3K / Downstream signal transduction / MAP2K and MAPK activation / Integrin signaling / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / MET activates PTK2 signaling / Extra-nuclear estrogen signaling / EPHB-mediated forward signaling / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / VEGFA-VEGFR2 Pathway / connexin binding / osteoclast development / progesterone receptor signaling pathway / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / bone resorption / extrinsic component of cytoplasmic side of plasma membrane / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / non-specific protein-tyrosine kinase / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / epidermal growth factor receptor signaling pathway / cell junction / protein phosphatase binding / protein tyrosine kinase activity / mitochondrial inner membrane / cell differentiation / cytoskeleton / endosome membrane / cell adhesion / regulation of cell cycle / cell cycle / phosphorylation / signaling receptor binding / focal adhesion / innate immune response / heme binding / perinuclear region of cytoplasm / protein-containing complex / ATP binding / membrane / nucleus / plasma membrane / cytosol Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Gallus gallus (chicken) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.241 Å | |||||||||
Authors | Seeliger, M.A. / Liu, D.R. / Georghiou, G. / Kleiner, R.E. / Pulkoski-Gross, M. | |||||||||
Citation | Journal: Nat.Chem.Biol. / Year: 2012 Title: Highly specific, bisubstrate-competitive Src inhibitors from DNA-templated macrocycles. Authors: Georghiou, G. / Kleiner, R.E. / Pulkoski-Gross, M. / Liu, D.R. / Seeliger, M.A. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3u51.cif.gz | 224.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3u51.ent.gz | 179.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3u51.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u5/3u51 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u5/3u51 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 3u4wC 1y57S C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Ens-ID: 1
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-Components
#1: Protein | Mass: 31557.336 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: Src kinase domain (UNP residues 259-533) Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: as published in Protein Science 14(12):3135-3139 / Source: (gene. exp.) Gallus gallus (chicken) / Gene: SRC / Plasmid: pET28 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) References: UniProt: P00523, non-specific protein-tyrosine kinase #2: Protein/peptide | Type: Peptide-like / Class: Inhibitor / Mass: 760.859 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically References: (2S,5S,8S,13S,16Z)-5-(cyclohexylmethyl)-3,6,9,15,18-pentaoxo-2-(3-phenylprop-2-en-1-yl)-8-{3-[(pyrazin-2-ylcarbonyl)amino]propyl}-1,4,7,10,14-pentaazacyclooctadec-16-ene-13-carboxamide #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.46 Å3/Da / Density % sol: 49.96 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 0.1 M Bis-Tris, pH 6.5, 12% PEG3350, 1% Tacsimate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSLS / Beamline: X29A / Wavelength: 1.075 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Apr 8, 2010 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Rosenbaum-Rock double crystal sagittal focusing Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.075 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection twin | Operator: h,-k,-l / Fraction: 0.382 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.24→50 Å / Num. all: 29255 / Num. obs: 27792 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 14.2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 1Y57 Resolution: 2.241→34.978 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7134 / σ(F): 0 / Phase error: 35.03 / Stereochemistry target values: TWIN_LSQ_F
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 36.026 Å2 / ksol: 0.353 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 168.47 Å2 / Biso mean: 52.29 Å2 / Biso min: 15.03 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.241→34.978 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 15
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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