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- PDB-3u4s: Histone Lysine demethylase JMJD2A in complex with T11C peptide su... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3u4s
タイトルHistone Lysine demethylase JMJD2A in complex with T11C peptide substrate crosslinked to N-oxalyl-D-cysteine
要素
  • HISTONE 3 TAIL ANALOG (T11C Peptide)
  • Lysine-specific demethylase 4A
キーワードOXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE SUBSTRATE / double-stranded beta-helix / demethylase / histone 3 tail / nucleus (細胞核) / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE SUBSTRATE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


[histone H3]-trimethyl-L-lysine36 demethylase / histone H3K36me2/H3K36me3 demethylase activity / apoptotic chromosome condensation / histone H3K36 demethylase activity / cardiac muscle hypertrophy in response to stress / histone H3K9me2/H3K9me3 demethylase activity / [histone H3]-trimethyl-L-lysine9 demethylase / histone H3K9 demethylase activity / negative regulation of astrocyte differentiation / histone demethylase activity ...[histone H3]-trimethyl-L-lysine36 demethylase / histone H3K36me2/H3K36me3 demethylase activity / apoptotic chromosome condensation / histone H3K36 demethylase activity / cardiac muscle hypertrophy in response to stress / histone H3K9me2/H3K9me3 demethylase activity / [histone H3]-trimethyl-L-lysine9 demethylase / histone H3K9 demethylase activity / negative regulation of astrocyte differentiation / histone demethylase activity / pericentric heterochromatin / Chromatin modifying enzymes / epigenetic regulation of gene expression / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / methylated histone binding / telomere organization / positive regulation of neuron differentiation / RNA Polymerase I Promoter Opening / Interleukin-7 signaling / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / response to nutrient levels / negative regulation of autophagy / DNAメチル化 / Condensation of Prophase Chromosomes / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / HCMV Late Events / PRC2 methylates histones and DNA / Defective pyroptosis / HDACs deacetylate histones / RNA Polymerase I Promoter Escape / Transcriptional regulation by small RNAs / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / NoRC negatively regulates rRNA expression / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / HDMs demethylate histones / PKMTs methylate histone lysines / 核小体 / RMTs methylate histone arginines / 遺伝的組換え / Pre-NOTCH Transcription and Translation / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / HCMV Early Events / Transcriptional regulation of granulopoiesis / structural constituent of chromatin / ヌクレオソーム / nucleosome assembly / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / chromatin organization / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / 遺伝子発現 / HATs acetylate histones / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / 遺伝子発現の調節 / Oxidative Stress Induced Senescence / Estrogen-dependent gene expression / クロマチンリモデリング / cadherin binding / protein heterodimerization activity / Amyloid fiber formation / negative regulation of gene expression / negative regulation of DNA-templated transcription / ubiquitin protein ligase binding / クロマチン / positive regulation of gene expression / protein-containing complex / DNA binding / extracellular exosome / zinc ion binding / extracellular region / 核質 / 生体膜 / 細胞核 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
: / : / : / Lysine-specific demethylase 4, Tudor domain / Jumonji domain-containing protein 2A Tudor domain / Tudor domain / Tudor domain / PHD-finger / PHD-zinc-finger like domain / JmjN domain ...: / : / : / Lysine-specific demethylase 4, Tudor domain / Jumonji domain-containing protein 2A Tudor domain / Tudor domain / Tudor domain / PHD-finger / PHD-zinc-finger like domain / JmjN domain / jmjN domain / JmjN domain profile. / Small domain found in the jumonji family of transcription factors / Extended PHD (ePHD) domain / Extended PHD (ePHD) domain profile. / Cupin / JmjC domain, hydroxylase / A domain family that is part of the cupin metalloenzyme superfamily. / JmjC domain / JmjC domain profile. / Histone H3 signature 1. / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Histone H3 signature 2. / ヒストンH3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Histone-fold / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Jelly Rolls / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N-(carboxycarbonyl)-D-cysteine / NICKEL (II) ION / Lysine-specific demethylase 4A / ヒストンH3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Ma, J. / McDonough, M.A. / Schofield, C.J.
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2012
タイトル: Linking of 2-Oxoglutarate and Substrate Binding Sites Enables Potent and Highly Selective Inhibition of JmjC Histone Demethylases.
著者: Woon, E.C. / Tumber, A. / Kawamura, A. / Hillringhaus, L. / Ge, W. / Rose, N.R. / Ma, J.H. / Chan, M.C. / Walport, L.J. / Che, K.H. / Ng, S.S. / Marsden, B.D. / Oppermann, U. / McDonough, M.A. / Schofield, C.J.
履歴
登録2011年10月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年2月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年2月22日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lysine-specific demethylase 4A
B: Lysine-specific demethylase 4A
C: HISTONE 3 TAIL ANALOG (T11C Peptide)
D: HISTONE 3 TAIL ANALOG (T11C Peptide)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,98910
ポリマ－90,3554
非ポリマー6356
水7,782432
1
A: Lysine-specific demethylase 4A
C: HISTONE 3 TAIL ANALOG (T11C Peptide)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,4955
ポリマ－45,1772
非ポリマー3173
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1510 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area15330 Å2
手法PISA
2
B: Lysine-specific demethylase 4A
D: HISTONE 3 TAIL ANALOG (T11C Peptide)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,4955
ポリマ－45,1772
非ポリマー3173
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1260 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area15420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.819, 150.060, 55.917
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Lysine-specific demethylase 4A / JmjC domain-containing histone demethylation protein 3A / Jumonji domain-containing protein 2A


分子量: 44326.273 Da / 分子数: 2 / 断片: JMJC DOMAIN, UNP residues 1-359 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: JHDM3A, JMJD2, JMJD2A, KDM4A, KIAA0677 / プラスミド: pNIC28-BSA4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3
参照: UniProt: O75164, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...参照: UniProt: O75164, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む
#2: タンパク質・ペプチド HISTONE 3 TAIL ANALOG (T11C Peptide)


分子量: 851.051 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence occurs naturally in humans / 参照: UniProt: P68431

-
非ポリマー , 4種, 438分子

#3: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION / ニッケル


分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-08P / N-(carboxycarbonyl)-D-cysteine / N-oxalyl-D-cysteine


タイプ: D-peptide linking / 分子量: 193.178 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H7NO5S
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 432 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.92 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 20% PEG 3350, 0.1M citrate, 2 mM NiCl2, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→50 Å / Num. all: 46809 / Num. obs: 46669 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 10.8
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.15-2.234.40.449198.5
2.23-2.324.70.3481100
2.32-2.424.90.2641100
2.42-2.554.90.2071100
2.55-2.714.90.1491100
2.71-2.924.90.1081100
2.92-3.214.80.0761100
3.21-3.684.80.0761100
3.68-4.634.70.076199.9
4.63-504.60.036198.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 46.57 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å37.28 Å
Translation2.5 Å37.28 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.1.1位相決定
PHENIX1.7_650精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
GDAデータ収集
精密化解像度: 2.15→37.281 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU ML: 0.27 / σ(F): 0 / 位相誤差: 23.03 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2219 1779 3.99 %
Rwork0.1811 --
obs0.1828 44595 95.84 %
溶媒の処理減衰半径: 1.13 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 42.705 Å2 / ksol: 0.331 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.0966 Å2-0 Å20 Å2
2---4.0892 Å2-0 Å2
3---10.1857 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→37.281 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5713 0 28 432 6173
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0135947
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1198076
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.1032167
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.081823
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061036
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.15-2.20820.27091200.23672846X-RAY DIFFRACTION85
2.2082-2.27310.27521270.22463084X-RAY DIFFRACTION91
2.2731-2.34650.25571240.21583037X-RAY DIFFRACTION90
2.3465-2.43030.2971350.20793229X-RAY DIFFRACTION94
2.4303-2.52760.2861370.21443214X-RAY DIFFRACTION95
2.5276-2.64260.27011320.21453294X-RAY DIFFRACTION97
2.6426-2.78190.29661370.2073354X-RAY DIFFRACTION98
2.7819-2.95610.26291410.20973362X-RAY DIFFRACTION98
2.9561-3.18430.20861400.19533391X-RAY DIFFRACTION99
3.1843-3.50450.21431440.19123435X-RAY DIFFRACTION100
3.5045-4.01110.22021440.16973468X-RAY DIFFRACTION100
4.0111-5.05160.16611470.13223485X-RAY DIFFRACTION100
5.0516-37.28620.18821510.16573617X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4821-0.011-0.62260.96670.33130.37820.141-0.41450.14230.4507-0.05050.2197-0.08430.1048-0.04530.45960.00060.12230.3627-0.06110.23597.1357-48.26533.2227
20.5586-0.1597-0.19420.43710.00540.22120.1041-0.1719-0.0460.2515-0.0792-0.053-0.12580.11810.01520.2621-0.0244-0.09230.24780.0110.166724.9355-52.3979-4.7976
30.26340.12790.28750.3566-0.16120.610.08690.0246-0.0566-0.13020.15160.17980.1082-0.2184-0.1160.23550.0075-0.09280.2644-0.02580.50894.7566-60.8183-16.5962
40.1864-0.1117-0.00050.09340.08680.28760.0257-0.09750.12160.3064-0.1656-0.1852-0.07470.13520.08890.3777-0.0248-0.01140.2192-0.03710.354422.9153-22.3325-19.4349
50.0809-0.1043-0.03210.13380.13990.30180.1985-0.12170.2390.1665-0.04880.176-0.1174-0.44570.11390.15780.06710.33620.2172-0.10930.4007-2.9437-20.3186-26.9872
60.4923-0.15250.0060.5864-0.21350.25840.20560.10720.41860.1546-0.1083-0.1243-0.0997-0.0395-0.06990.260.01510.1240.18150.00670.30612.2227-20.8745-32.2058
70.0637-0.00890.09560.0393-0.02410.16430.10120.1740.14130.0939-0.0499-0.0926-0.1490.25140.04950.0311-0.13310.29860.28970.39450.599128.1746-14.1907-40.6945
80.0278-0.0341-0.0070.08430.08990.18870.025-0.0021-0.070.0105-0.02440.0089-0.00490.04120.00170.3370.0102-0.11970.4237-0.08710.396726.6003-61.2913-11.3992
90.04190.3182-0.15993.133-1.57490.7940.00580.06160.1543-0.023-0.0362-0.0079-0.08510.05070.03380.50470.08220.11920.44410.10230.63867.3405-11.3617-36.4482
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 8:53)
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 54:293)
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 294:352)
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resseq 7:58)
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resseq 59:144)
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resseq 145:293)
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resseq 294:354)
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C'
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'D'

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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