PDB-3u36: Crystal Structure of PG9 Fab

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3u36

タイトル

Crystal Structure of PG9 Fab

要素

PG9 Fab heavy chain
PG9 Fab light chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM (免疫系) /

immunoglobulin (抗体) /

gp120 binding (Gp120 (HIV))

機能・相同性

抗体 /

Immunoglobulin-like /

サンドイッチ / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.281 Å

データ登録者

McLellan, J.S. / Kwong, P.D.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2011
タイトル: Structure of HIV-1 gp120 V1/V2 domain with broadly neutralizing antibody PG9.
著者: McLellan, J.S. / Pancera, M. / Carrico, C. / Gorman, J. / Julien, J.P. / Khayat, R. / Louder, R. / Pejchal, R. / Sastry, M. / Dai, K. / O'Dell, S. / Patel, N. / Shahzad-Ul-Hussan, S. / Yang, ...

履歴

登録	2011年10月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年11月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年12月21日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3u36.cif.gz	668.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3u36.ent.gz	560.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3u36.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u3/3u36 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u3/3u36	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3tclC 3u1sC 3u2sC 3u46C 3u4bC 3u4eC 3lrsS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4rir-2 5y2k-2 1s3k-d 5whj-d 5cgy-2 4jam-2 3ujt-1 4qhl-2 5tpl-d 5cp7-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

H: PG9 Fab heavy chain

L: PG9 Fab light chain

A: PG9 Fab heavy chain

B: PG9 Fab light chain

C: PG9 Fab heavy chain

D: PG9 Fab light chain

E: PG9 Fab heavy chain

F: PG9 Fab light chain

ヘテロ分子

200 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

H: PG9 Fab heavy chain

L: PG9 Fab light chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
50.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: PG9 Fab heavy chain

B: PG9 Fab light chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
50.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: PG9 Fab heavy chain

D: PG9 Fab light chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
50 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

E: PG9 Fab heavy chain

F: PG9 Fab light chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
50 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.594, 81.038, 91.691
Angle α, β, γ (deg.)	107.23, 90.13, 107.96
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1
4	1
1	2
2	2
3	2
4	2

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	chain H and (resseq 2:103 or resseq 117:150 or resseq 152:231 )
2	1	1	chain A and (resseq 2:103 or resseq 117:150 or resseq 152:231 )
3	1	1	chain C and (resseq 2:103 or resseq 117:150 or resseq 152:231 )
4	1	1	chain E and (resseq 2:103 or resseq 117:150 or resseq 152:231 )
1	1	2	chain L and (resseq 0:210 )
2	1	2	chain B and (resseq 0:210 )
3	1	2	chain D and (resseq 0:210 )
4	1	2	chain F and (resseq 0:210 )

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: 抗体	PG9 Fab heavy chain 分子量: 27050.076 Da / 分子数: 4 / 断片: antigen-binding fragment / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pVRC8400 / 細胞株 (発現宿主): HEK293S / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	PG9 Fab light chain 分子量: 22837.256 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pVRC8400 / 細胞株 (発現宿主): HEK293S / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.95 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 25% (w/v) PEG 3350, 15% (v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol, 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M imidazole pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 200 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月24日
放射	モノクロメーター: Si220 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.3→50 Å / Num. all: 28094 / Num. obs: 25060 / % possible obs: 89.2 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1
反射シェル	解像度: 3.3→3.42 Å / 冗長度: 1.5 % / R_merge(I) obs: 0.346 / Mean I/σ(I) obs: 1.87 / Num. unique all: 2071 / % possible all: 73.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SERGUI		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.1_743)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ID 3LRS

3lrs

解像度: 3.281→38.485 Å / SU ML: 0.72 / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 29.54 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2486	1268	5.07 %	RANDOM
R_work	0.2145	-	-	-
obs	0.2162	24997	87.75 %	-
all	-	28486	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 68.985 Å² / k_sol: 0.291 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-13.6383 Å²	22.2372 Å²	-14.2427 Å²
2-	-	29.288 Å²	11.1829 Å²
3-	-	-	-15.6497 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.281→38.485 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12824	0	30	0	12854

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	13172
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9	17909
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.106	4669
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.061	2003
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	2286

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	H	1642	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	A	1642	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.02
1	3	C	1642	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.021
1	4	E	1634	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.022
2	1	L	1566	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
2	2	B	1566	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.028
2	3	D	1566	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.023
2	4	F	1566	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.029

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.2814-3.4127	0.3495	108	0.3007	1873	X-RAY DIFFRACTION	62
3.4127-3.568	0.337	135	0.28	2349	X-RAY DIFFRACTION	79
3.568-3.7559	0.286	126	0.2399	2504	X-RAY DIFFRACTION	83
3.7559-3.991	0.2845	119	0.2221	2671	X-RAY DIFFRACTION	88
3.991-4.2988	0.2499	169	0.1836	2727	X-RAY DIFFRACTION	92
4.2988-4.7307	0.2197	146	0.1655	2854	X-RAY DIFFRACTION	95
4.7307-5.4136	0.2023	158	0.1753	2892	X-RAY DIFFRACTION	96
5.4136-6.8144	0.2425	135	0.2147	2969	X-RAY DIFFRACTION	98
6.8144-38.4876	0.2399	172	0.2407	2890	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.4796	-0.9662	1.4502	4.0077	2.0268	9.4544	0.0599	-0.1456	-0.5883	-0.1686	-0.1183	0.1356	0.8981	-0.1145	0.1333	0.4586	-0.1109	0.0008	0.4636	0.197	0.6902	1.8295	29.0405	7.1476
2	4.1661	-0.9463	-1.4242	4.912	-1.2898	3.2795	-1.0652	-1.2938	0.6493	0.7339	1.2899	0.1175	-0.4969	-0.7789	-0.1257	1.1048	0.7082	-0.1527	1.4585	-0.3247	0.9632	-9.4654	65.8451	18.4318
3	2.4152	0.7657	0.6595	3.6232	-1.3255	4.7445	-0.1114	0.5185	-0.0728	-0.3525	0.1827	-0.0771	0.5493	0.3629	-0.0461	0.5095	0.3648	-0.0596	0.9341	-0.1811	0.1692	21.2534	48.4804	-52.1609
4	4.7791	2.4102	0.9568	2.2594	1.1915	2.3397	-1.3316	0.2717	1.3494	0.4398	-0.2931	-0.778	-0.999	1.1406	0.5914	1.1057	-0.2732	-0.7583	1.0406	0.4847	1.8016	32.658	84.8025	-39.5312
5	6.2341	-0.4741	-2.5868	4.6088	0.4726	8.4344	-0.1632	0.1671	0.9897	0.0208	0.0135	0.1511	-0.7086	0.5858	0.1696	0.443	-0.0602	-0.0527	0.5889	0.1082	0.7462	37.7009	58.4032	-0.6683
6	9.5551	2.8854	-0.5206	7.9274	-1.8535	4.8245	-0.4565	-0.0988	-1.353	-0.5094	0.4949	-0.3013	0.2636	0.2022	-0.046	0.6612	0.0434	-0.0992	0.825	-0.3315	0.9031	26.1229	21.8289	-12.3829
7	4.3807	2.8904	-1.6653	9.167	-3.1982	3.1988	0.2655	0.1498	0.3069	0.3839	-0.293	-0.1466	-0.4322	-0.32	0.0363	0.7141	0.1917	0.0144	0.9542	-0.0859	0.4332	-14.5553	67.3843	-28.4067
8	5.5774	-1.9363	-3.7777	4.4385	2.6616	5.1053	-0.5366	-0.5483	-0.8069	0.913	0.2617	0.6983	-0.1575	0.1904	0.1128	0.8826	0.5168	-0.0067	0.6559	0.0664	0.899	-2.8003	31.289	-40.835
9	6.7248	-5.2261	1.0592	7.4947	-2.5632	5.5955	0.2244	-0.191	-0.0826	-0.2004	-0.0215	0.0341	0.746	0.0249	-0.1747	0.6609	-0.1106	-0.0898	0.6391	0.0276	0.3839	-3.956	38.9904	-11.0989
10	4.4687	-1.7472	0.1391	4.9803	1.9005	8.0604	-0.5375	-0.0436	0.2742	0.2445	0.3864	-1.4675	-1.2542	0.4998	0.1416	0.518	-0.0858	-0.0568	0.585	0.121	0.9994	0.0246	66.6517	4.3003
11	3.2958	-0.4623	2.4517	3.0532	0.8882	5.3004	0.3401	0.6069	-0.1535	-0.0838	-0.2816	0.0304	0.5479	0.1796	0.0159	0.7187	0.1428	-0.0468	0.8502	0.024	0.3563	27.0686	45.6832	-31.5666
12	7.6999	-0.7196	2.0764	9.4739	-0.2927	6.374	-0.6045	-0.4033	0.5237	0.5709	-0.3581	1.1492	-1.4898	-0.7069	0.997	0.7912	0.209	-0.0711	1.2074	-0.0023	0.9486	22.9395	77.0973	-27.8439
13	5.298	2.6602	-1.898	6.3053	-3.2471	4.6905	-0.0078	-0.5952	0.0909	0.2439	0.1793	0.1211	-0.331	0.1838	-0.1864	0.5627	0.0083	0.0437	0.7001	0.0025	0.2494	31.8488	48.2791	17.4791
14	8.7714	-1.1237	-2.8952	5.9	1.9332	3.8283	-0.2216	-0.6403	-1.333	-0.1764	0.1165	-0.7158	1.4374	0.9907	0.0769	0.8534	0.1693	-0.1791	1.0121	0.076	1.0423	35.7683	20.7347	1.8597
15	4.9545	-1.0122	-4.8897	2.3392	1.8539	7.0045	0.186	-0.7743	0.0737	0.0997	0.3045	0.2704	-0.4859	-0.2628	-0.5418	0.691	0.0409	0.0598	0.9182	0.2584	0.4931	-8.733	70.2225	-49.1403
16	4.5672	1.9552	-2.0128	7.6853	-2.2742	2.6602	-0.5284	0.063	-0.6295	-0.1518	0.6008	0.7568	0.48	-0.7918	-0.0453	0.7497	0.1372	-0.1159	1.1476	0.2675	1.028	-12.4305	38.7718	-53.0448

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain H and resid 1:135
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain H and resid 136:232
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain A and resid 1:135
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain A and resid 136:232
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain C and resid 1:135
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain C and resid 136:232
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain E and resid 1:135
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain E and resid 136:232
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain L and resid 1:110
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain L and resid 111:210
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain B and resid 1:110
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain B and resid 111:210
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain D and resid 1:110
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain D and resid 111:210
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain F and resid 1:110
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain F and resid 111:210

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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