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Yorodumi- PDB-3u0h: The Structure of a Xylose Isomerase domain protein from Alicyclob... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3u0h | ||||||
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Title | The Structure of a Xylose Isomerase domain protein from Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius. | ||||||
Components | Xylose isomerase domain protein | ||||||
Keywords | ISOMERASE / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / Tim Barrel / putative xylose isomerase | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MAD / Resolution: 2.3 Å | ||||||
Authors | Cuff, M.E. / Chhor, G. / Bearden, J. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
Citation | Journal: TO BE PUBLISHED Title: The Structure of a Xylose Isomerase domain protein from Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius. Authors: Cuff, M.E. / Chhor, G. / Bearden, J. / Joachimiak, A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3u0h.cif.gz | 126.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3u0h.ent.gz | 102.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3u0h.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u0/3u0h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u0/3u0h | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data | |
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Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Details | Likely AB dimer of the AU, or A2B2 tetramer x,y,z -x,y,-z+1/2 |
-Components
#1: Protein | Mass: 31895.814 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius (bacteria) Strain: DSM 446 / Gene: Aaci_2157 / Plasmid: pMCSG7 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21 (DE3) magic / References: UniProt: C8WQZ7 #2: Chemical | ChemComp-PO4 / | #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-GOL / | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.86 Å3/Da / Density % sol: 56.98 % |
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Crystal grow | Temperature: 297 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8 Details: 0.1M Tris:HCl, 1.0M Amonium phosphate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.97921, 0.97937 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Apr 3, 2011 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / Protocol: MAD / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength |
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Reflection | Redundancy: 5 % / Av σ(I) over netI: 21.3 / Number: 165632 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Χ2: 1.33 / D res high: 2.3 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 32970 / % possible obs: 99.9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
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Reflection | Resolution: 2.3→50 Å / Num. all: 32970 / Num. obs: 32970 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 5 % / Biso Wilson estimate: 44 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Χ2: 1.33 / Net I/σ(I): 7.3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Phasing
Phasing | Method: MAD | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Phasing MAD | D res high: 2.25 Å / D res low: 41.44 Å / FOM : 0.156 / FOM acentric: 0.162 / FOM centric: 0.099 / Reflection: 35211 / Reflection acentric: 31695 / Reflection centric: 3516 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing MAD set | Highest resolution: 2.25 Å / Lowest resolution: 41.44 Å
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Phasing MAD set shell |
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Phasing MAD set site | Atom type symbol: Se
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Phasing MAD shell |
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Phasing dm | Method: Solvent flattening and Histogram matching / Reflection: 35211 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing dm shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MAD / Resolution: 2.3→40.05 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / WRfactor Rfree: 0.2161 / WRfactor Rwork: 0.1692 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8711 / SU B: 11.468 / SU ML: 0.144 / SU R Cruickshank DPI: 0.2593 / SU Rfree: 0.2061 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.206 Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 89.44 Å2 / Biso mean: 30.6011 Å2 / Biso min: 14.83 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.3→40.05 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.301→2.361 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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