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- PDB-3tqd: Structure of the 3-deoxy-D-manno-octulosonate cytidylyltransferas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3tqd
タイトルStructure of the 3-deoxy-D-manno-octulosonate cytidylyltransferase (kdsB) from Coxiella burnetii
要素3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / Cell envelope
機能・相同性
機能・相同性情報


3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase / 3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase activity / CMP-keto-3-deoxy-D-manno-octulosonic acid biosynthetic process / lipopolysaccharide biosynthetic process / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
3-deoxy-D-manno-octulosonate cytidylyltransferase / Acylneuraminate cytidylyltransferase / Cytidylyltransferase / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
酢酸塩 / NICKEL (II) ION / 3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Coxiella burnetii (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Franklin, M.C. / Cheung, J. / Rudolph, M. / Cassidy, M. / Gary, E. / Burshteyn, F. / Love, J.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2015
タイトル: Structural genomics for drug design against the pathogen Coxiella burnetii.
著者: Franklin, M.C. / Cheung, J. / Rudolph, M.J. / Burshteyn, F. / Cassidy, M. / Gary, E. / Hillerich, B. / Yao, Z.K. / Carlier, P.R. / Totrov, M. / Love, J.D.
履歴
登録2011年9月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年10月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年6月24日Group: Database references
改定 1.22015年10月21日Group: Database references
改定 1.32016年2月10日Group: Database references
改定 1.42023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,2073
ポリマ－29,0891
非ポリマー1182
水3,063170
1
A: 3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase
ヘテロ分子

A: 3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,4146
ポリマ－58,1782
非ポリマー2354
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area2860 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area21640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.752, 51.616, 78.874
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.92, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase / / CMP-2-keto-3-deoxyoctulosonic acid synthase / CKS / CMP-KDO synthase


分子量: 29089.027 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Coxiella burnetii (バクテリア) / 株: RSA 493 Nine Mile Phase I / 遺伝子: CBU_0479, kdsB / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q83E52, 3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION / ニッケル


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 170 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細RESIDUES -3 TO 0 REPRESENT AN INCORRECTLY CHOSEN N TERMINUS FOR THIS EXPRESSION CONSTRUCT

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.07 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.17 M ammonium acetate, 0.085 M Na citrate, 25.5% PEG 4000, 15% glycerol, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月15日
放射モノクロメーター: VariMax HF / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→100 Å / Num. all: 23582 / Num. obs: 23093 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.9 % / Rsym value: 0.053 / Net I/σ(I): 39.4
反射 シェル解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 3.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 1186 / Rsym value: 0.454 / % possible all: 88

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3K8D

3k8d


解像度: 1.8→25.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 6.379 / SU ML: 0.09 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.131 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22746 1184 5.2 %RANDOM
Rwork0.1882 ---
obs0.19026 22946 96.97 %-
all-23663 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 39.645 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.23 Å20 Å20.27 Å2
2--2.06 Å20 Å2
3----2.09 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→25.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1921 0 5 170 2096
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0221966
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021330
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6531.9592666
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.97633231
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1815240
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.05223.91897
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.42815325
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.8241515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1010.2293
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0212199
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02397
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0181.51215
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.3011.5486
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.74721957
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.7813751
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.4184.5709
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.845 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.317 72 -
Rwork0.306 1409 -
obs--84.29 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -5.344 Å / Origin y: 42.4897 Å / Origin z: 17.326 Å
111213212223313233
T0.0735 Å2-0.0183 Å2-0.0282 Å2-0.0639 Å2-0.0114 Å2--0.1059 Å2
L1.4572 °2-0.0438 °2-1.3794 °2-0.6737 °2-0.3053 °2--5.1591 °2
S0.0082 Å °-0.2806 Å °-0.0023 Å °0.1488 Å °-0.0025 Å °-0.0387 Å °0.0588 Å °0.1693 Å °-0.0057 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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