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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3tpw | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF M-PMV DUTPASE - DUPNPP complex revealing distorted ligand geometry (approach intermediate) | ||||||
要素 | DEOXYURIDINE 5'-TRIPHOSPHATE NUCLEOTIDO HYDROLASE | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / jelly roll | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 dUTP diphosphatase / dUTP diphosphatase activity / nucleotide metabolic process / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ / viral process / viral nucleocapsid / structural constituent of virion / aspartic-type endopeptidase activity / タンパク質分解 / DNA binding / zinc ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mason-Pfizer monkey virus (ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / rigid body refinement / 解像度: 1.65 Å | ||||||
データ登録者 | Barabas, O. / Nemeth, V. / Vertessy, B.G. | ||||||
引用 | ジャーナル: to be published タイトル: Structural Snapshots of Enzyme-Catalysed Phosphate Ester Hydrolysis Directly Visualize In-line Attack and Inversion 著者: Barabas, O. / Nemeth, V. / Bodor, A. / Perczel, A. / Rosta, E. / Kele, Z. / Zagyva, I. / Szabadka, Z. / Grolmusz, V.I. / Wilmanns, M. / Vertessy, B.G. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2006 タイトル: Crystallization and preliminary X-ray studies of dUTPase from Mason-Pfizer monkey retrovirus. 著者: Barabas, O. / Nemeth, V. / Vertessy, B.G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3tpw.cif.gz | 42.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3tpw.ent.gz | 26.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3tpw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tp/3tpw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tp/3tpw | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16155.373 Da / 分子数: 1 / 断片: dUTPase (catalytic) domain, UNP residues 608-759 / 変異: N1K / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mason-Pfizer monkey virus (ウイルス) 遺伝子: gag-pro / プラスミド: pET22B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: O92810, UniProt: P07570*PLUS, dUTP diphosphatase |
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#2: 化合物 | ChemComp-DUP / |
#3: 化合物 | ChemComp-MG / |
#4: 化合物 | ChemComp-TRS / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.21 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: PEG 8000, AMMONIUM CHLORIDE, TRIS, PH 8.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X13 / 波長: 0.8034 Å |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2005年1月26日 / 詳細: BENT, VERTICALLY FOCUSING MIRROR |
放射 | モノクロメーター: Si [111], horizontally focusing / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.8034 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.65→20 Å / Num. all: 15827 / Num. obs: 15827 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.9 % / Rsym value: 0.056 / Net I/σ(I): 21 |
反射 シェル | 解像度: 1.65→1.73 Å / 冗長度: 2.5 % / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / Num. unique all: 2107 / Rsym value: 0.262 / % possible all: 99.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: rigid body refinement 開始モデル: PDB entry 2D4L 解像度: 1.65→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU B: 3.841 / SU ML: 0.06 / Isotropic thermal model: TLS and isotropic individual / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.084 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 78.64 Å2 / Biso mean: 26.6316 Å2 / Biso min: 12.74 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.65→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.65→1.693 Å / Total num. of bins used: 20
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