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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3toj | ||||||
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Title | Structure of the SPRY domain of human Ash2L | ||||||
![]() | Set1/Ash2 histone methyltransferase complex subunit ASH2 | ||||||
![]() | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
Function / homology | ![]() MLL3/4 complex / Set1C/COMPASS complex / MLL1/2 complex / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Chen, Y. / Cao, F. / Wan, B. / Dou, Y. / Lei, M. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structure of the SPRY domain of human Ash2L and its interactions with RbBP5 and DPY30. Authors: Chen, Y. / Cao, F. / Wan, B. / Dou, Y. / Lei, M. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 171.6 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 143.6 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 23935.055 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: Ash2L SPRY domain, UNP residues 370-496, 539-617 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Water | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 4.24 Å3/Da / Density % sol: 70.99 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.5 Details: 20% PEG4000, 0.15 M Li2SO4, 0.1 M Tris, pH8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Jun 25, 2009 |
Radiation | Monochromator: C(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 2.07→100 Å / Num. all: 49302 / Num. obs: 49204 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 |
Reflection shell | Resolution: 2.07→2.11 Å / % possible all: 99 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.83 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 60.294 Å2 / ksol: 0.375 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.07→36.304 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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