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万見
- PDB-3tlx: Crystal Structure of PF10_0086, adenylate kinase from plasmodium ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3tlx
タイトルCrystal Structure of PF10_0086, adenylate kinase from plasmodium falciparum
要素Adenylate kinase 2
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Structural Genomics Consortium / SGC / Rossmann fold (ロスマンフォールド) / ATP binding (アデノシン三リン酸) / phosphorylation (リン酸化)
機能・相同性
機能・相同性情報


adenylate kinase / adenylate kinase activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #2370 / Adenylate kinase, active site lid domain / Adenylate kinase, active site lid / Adenylate kinase subfamily / Adenylate kinase / Adenylate kinase, conserved site / Adenylate kinase signature. / Adenylate kinase/UMP-CMP kinase / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix non-globular ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #2370 / Adenylate kinase, active site lid domain / Adenylate kinase, active site lid / Adenylate kinase subfamily / Adenylate kinase / Adenylate kinase, conserved site / Adenylate kinase signature. / Adenylate kinase/UMP-CMP kinase / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix non-globular / Special / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / アデニル酸 / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Adenylate kinase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Wernimont, A.K. / Loppnau, P. / Crombet, L. / Weadge, J. / Perieteanu, A. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Park, H. / Bountra, C. / Hui, R. ...Wernimont, A.K. / Loppnau, P. / Crombet, L. / Weadge, J. / Perieteanu, A. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Park, H. / Bountra, C. / Hui, R. / Amani, M. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal Structure of PF10_0086, adenylate kinase from plasmodium falciparum
著者: Wernimont, A.K. / Loppnau, P. / Crombet, L. / Weadge, J. / Perieteanu, A. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Park, H. / Bountra, C. / Hui, R. / Amani, M.
履歴
登録2011年8月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年10月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年11月12日Group: Structure summary
改定 1.22017年10月25日Group: Author supporting evidence / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence / software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Adenylate kinase 2
B: Adenylate kinase 2
C: Adenylate kinase 2
D: Adenylate kinase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,03211
ポリマ－110,8474
非ポリマー2,1857
水0
1
A: Adenylate kinase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,5355
ポリマ－27,7121
非ポリマー8234
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Adenylate kinase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,5663
ポリマ－27,7121
非ポリマー8542
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Adenylate kinase 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,7121
ポリマ－27,7121
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Adenylate kinase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,2192
ポリマ－27,7121
非ポリマー5071
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.395, 76.663, 93.768
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.78, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細Runs as a higher species, on gel filtration. The crystal packing shows a tetramer linked at the N-terminus.

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要素

#1: タンパク質
Adenylate kinase 2 /


分子量: 27711.834 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q7Z0H0, adenylate kinase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP / アデニル酸


分子量: 347.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#4: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / アデノシン二リン酸


分子量: 427.201 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / アデノシン三リン酸


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.56 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 25% PEG 3350, 0.2 M Ammonium Acetate, 0.1 M Hepes, 5 mM ADP, 5 mM MgCl2, 0.3 mM glyglyglycine, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K, pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97911 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97911 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→35 Å / Num. all: 29714 / Num. obs: 29685 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 75.59 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 9.4
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.75-2.84.20.6352.1751100
2.8-2.854.20.5892.2751100
2.85-2.94.20.5332.61100
2.9-2.964.20.4251100
2.96-3.034.20.361100
3.03-3.14.20.3171100
3.1-3.174.20.2251100
3.17-3.264.20.1781100
3.26-3.364.20.1461100
3.36-3.464.20.1231100
3.46-3.594.20.1121100
3.59-3.734.20.0961100
3.73-3.94.20.081100
3.9-4.114.20.071100
4.11-4.364.20.0661100
4.36-4.74.10.0641100
4.7-5.174.10.063199.9
5.17-5.9240.059199.9
5.92-7.4440.0481100
7.44-353.90.039198.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
BUSTER-TNT精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-3000データ収集
BUSTER2.8.0精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.75→34.56 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9204 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8894 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: MOLECULAR REPLACEMENT WAS SUCCESSFUL IN FINDING TWO OF FOUR MOLECULES IN THE ASYMMETRIC UNIT, WHICH REFINE WELL AND HAD INTERPRETABLE ELECTRON DENSITY THAT MATCHED THE QUALITY AND RESOLUTION ...詳細: MOLECULAR REPLACEMENT WAS SUCCESSFUL IN FINDING TWO OF FOUR MOLECULES IN THE ASYMMETRIC UNIT, WHICH REFINE WELL AND HAD INTERPRETABLE ELECTRON DENSITY THAT MATCHED THE QUALITY AND RESOLUTION OF THE DATA. TWO ADDITIONAL MOLECULES WERE FOUND BY HAND BUILDING INTO SEVERAL AREAS OF ADDITIONAL POSITIVE DENSITY AND TRANSFORMING PARTS OF MOLECULE A ONTO THE BUILT PARTIAL MODEL. NCS AND STRICT GEOMETRIC RESTRAINTS WERE USED THROUGHOUT REFINEMENT AFTER THIS. THE AUTHORS BELIEVE THAT THE POOR DENSITY FOR C AND D ARE DUE TO MARGINAL CRYSTAL PACKING.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2596 1503 5.07 %RANDOM
Rwork0.2255 ---
obs0.2272 29652 --
all-29681 --
原子変位パラメータBiso mean: 100.31 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-15.8282 Å20 Å2-2.4215 Å2
2--7.021 Å20 Å2
3----22.8492 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.521 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.75→34.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5630 0 137 0 5767
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.015916HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.188099HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1778SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes123HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes897HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it5742HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.47
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion22.38
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion24HARMONIC0
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion826SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact6540SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.75→2.85 Å / Total num. of bins used: 15
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2788 150 5.22 %
Rwork0.2345 2725 -
all0.2367 2875 -
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.61440.7404-0.30793.4554-0.63142.12490.06720.4276-0.4602-0.2978-0.11860.17840.105-0.15820.0513-0.32620.00710.0501-0.26750.00910.09270.362-13.7617-2.5329
23.71-2.0605-0.22236.22531.07521.66460.1794-0.06830.16840.0584-0.058-0.70170.0449-0.0864-0.1213-0.1902-0.01130.0117-0.31640.05390.152437.7743-2.43122.6111
33.5882-0.8499-1.706501.423310.0322-0.2335-0.29010.4316-0.2055-0.28910.01010.0163-0.19360.52260.08080.15150.1094-0.27180.0907-0.18371.27148.341452.0197
41.77430.0037-1.78370-0.81813.16270.0085-0.4136-0.036-0.33410.310.30450.40031.0293-0.31850.26550.1854-0.06120.1025-0.0573-0.415522.5952-14.061256.4835
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A8 - 242
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B3 - 242
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }C3 - 241
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }D6 - 242

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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