PDB-3thg: Crystal structure of the creosote Rubisco activase C-domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3thg

タイトル

Crystal structure of the creosote Rubisco activase C-domain

要素

Ribulose bisphosphate carboxylase/oxygenase activase 1, chloroplastic

キーワード

PROTEIN BINDING (タンパク質) /

Four-helix bundle (ヘリックスバンドル) / Rubisco reactivation /

Chloroplast Stroma (葉緑体) /

AAA+ /

ATPase (ATPアーゼ)

機能・相同性

機能・相同性情報

葉緑体 /

ATP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Larrea tridentata (植物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.88 Å

データ登録者

Henderson, J.N. / Kuriata, A.M. / Fromme, R. / Salvucci, M.E. / Wachter, R.M.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Atomic resolution x-ray structure of the substrate recognition domain of higher plant ribulose-bisphosphate carboxylase/oxygenase (Rubisco) activase.
著者: Henderson, J.N. / Kuriata, A.M. / Fromme, R. / Salvucci, M.E. / Wachter, R.M.

履歴

登録	2011年8月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年8月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年3月21日	Group: Database references
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3thg.cif.gz	56.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3thg.ent.gz	41.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3thg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/th/3thg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/th/3thg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3pes-1 4wz0-d 5b1o-d 2ea5-d 5n74-4 3pes-2 3j0r-d 5n74-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Ribulose bisphosphate carboxylase/oxygenase activase 1, chloroplastic

ヘテロ分子

12.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: Ribulose bisphosphate carboxylase/oxygenase activase 1, chloroplastic

ヘテロ分子

A: Ribulose bisphosphate carboxylase/oxygenase activase 1, chloroplastic

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
24.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.919, 71.919, 151.698
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	155
Space group name H-M	H32

#1: タンパク質	Ribulose bisphosphate carboxylase/oxygenase activase 1, chloroplastic / RA 1 / RuBisCO activase 1 / RuBisCO activase alpha form 分子量: 12022.628 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 308-409 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Larrea tridentata (植物) / 遺伝子: RCA1 / プラスミド: pET151-DTOPO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21*(DE3) / 参照: UniProt: Q7X9A0
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	AUTHORS STATE THAT THE DEPOSITED SEQUENCE UNP Q7X9A0 IS WRONG AT THE POSITION H354

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.83 %
結晶化	温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1 M Tris, 0.2 M trimethylamine N-oxide, 20% PEG MME 2000, pH 8.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 283K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2		1
3		1
4		1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	APS	19-ID	1	0.97921
			2
			3
			4

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
ADSC QUANTUM 315r	1	CCD	2011年3月16日
	2	CCD
	3	CCD
	4	CCD

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97921 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 9.9 % / Av σ(I) over netI: 4.28 / 数: 54867 / R_merge(I) obs: 0.063 / R_sym value: 0.092 / D res high: 1.88 Å / Num. obs: 8910 / % possible obs: 37.6

Diffraction reflection shell

ID: 1

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	Num. obs	% possible obs (%)	R_merge(I) obs	R_sym value	Redundancy
8.41	48.13	226	81.6	0.039	0.033	10.6
5.95	8.41	476	99.6	0.038	0.053	13.8
4.86	5.95	639	100	0.051	0.098	15.9
4.21	4.86	741	99.9	0.05	0.193	17.5
3.76	4.21	829	99.9	0.055	0.274	12.3
3.44	3.76	943	99.9	0.062	0.051	7.3
3.18	3.44	1029	100	0.072	0.075	7.3
2.97	3.18	1079	100	0.109	0.13	7.3
2.8	2.97	1161	100	0.152	0.226	7.3
2.66	2.8	1217	100	0.227	0.536	7.2
2.54	2.66	570	43.8	0.304
2.43	2.54
2.33	2.43
2.25	2.33
2.17	2.25
2.1	2.17
2.04	2.1
1.98	2.04
1.93	1.98
1.88	1.93

反射

解像度: 1.88→48.135 Å / Num. all: 12496 / Num. obs: 12496 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.9 % / R_sym value: 0.092 / Net I/σ(I): 22.1

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	R_sym value	Diffraction-ID	% possible all
1.88-1.98	7.2	0.536	1.4	0.536	1	97.2
1.98-2.1	7.3	0.226	3.3	0.226	1	100
2.1-2.25	7.3	0.13	5.7	0.13	1	100
2.25-2.43	7.3	0.075	9.7	0.075	1	100
2.43-2.66	7.3	0.051	13.2	0.051	1	100
2.66-2.98	12.3	0.274	1.5	0.274	1	99.9
2.98-3.44	17.5	0.193	2.7	0.193	1	100
3.44-4.21	15.9	0.098	6.3	0.098	1	100
4.21-5.95	13.8	0.053	11	0.053	1	100
5.95-48.135	10.6	0.033	14.5	0.033	1	99.5

-
位相決定

位相決定	手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA	3.3.16	データスケーリング
SHELX		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
ADSC	Quantum	データ収集
XSCALE		データスケーリング
SHELXD		位相決定

精密化

解像度: 1.88→48.13 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.964 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU B: 7.204 / SU ML: 0.093 / SU R Cruickshank DPI: 0.1251 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.125 / ESU R Free: 0.118 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23803	606	4.9 %	RANDOM
R_work	0.21595	-	-	-
obs	0.21691	11875	99.55 %	-
all	-	12496	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 51.106 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.8 Å²	0.4 Å²	0 Å²
2-	-	0.8 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.2 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.88→48.13 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	780	0	6	42	828

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.022	766
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	552
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.742	1.969	1037
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.993	3	1318
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.692	5	102
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.008	23.75	32
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.419	15	123
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.394	15	6
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.106	0.2	116
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.021	867
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	158
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.708	1.5	494
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.569	1.5	207
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.649	2	791
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.813	3	272
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.736	4.5	244
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.884→1.932 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.37	44	-
R_work	0.37	812	-
obs	-	-	95.86 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 4.732 Å / Origin y: 28.307 Å / Origin z: 88.663 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.2053 Å²	-0.0242 Å²	-0.0329 Å²	-	0.2152 Å²	-0.0612 Å²	-	-	0.2706 Å²
L	5.8976 °²	3.5577 °²	3.968 °²	-	3.6919 °²	3.196 °²	-	-	5.471 °²
S	0.0898 Å °	0.6206 Å °	-0.4375 Å °	-0.2914 Å °	0.2974 Å °	-0.3022 Å °	0.395 Å °	0.2643 Å °	-0.3872 Å °

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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