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- PDB-3tdf: Crystal structure of the complex of Dihydrodipicolinate synthase ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3tdf
タイトルCrystal structure of the complex of Dihydrodipicolinate synthase from Acinetobacter baumannii with 2-Ketobutanoic acid at 1.99 A resolution
要素Dihydrodipicolinate synthase
キーワードLYASE (リアーゼ) / DHDPS / Lysine biosynthesis (リシン) / 2-Ketobutanoic acid / TIM Barrel (TIMバレル)
機能・相同性
機能・相同性情報


4-hydroxy-2-oxoglutarate aldolase activity / 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase / 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase activity / glyoxylate catabolic process / diaminopimelate biosynthetic process / lysine biosynthetic process via diaminopimelate / metal ion binding / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase, DapA / Schiff base-forming aldolase, conserved site / Dihydrodipicolinate synthase signature 1. / Schiff base-forming aldolase, active site / Dihydrodipicolinate synthase signature 2. / DapA-like / Dihydrodipicolinate synthetase family / Dihydrodipicolinate synthetase family / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel ...4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase, DapA / Schiff base-forming aldolase, conserved site / Dihydrodipicolinate synthase signature 1. / Schiff base-forming aldolase, active site / Dihydrodipicolinate synthase signature 2. / DapA-like / Dihydrodipicolinate synthetase family / Dihydrodipicolinate synthetase family / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIMバレル / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-KETOBUTYRIC ACID / 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Acinetobacter baumannii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.99 Å
データ登録者Kumar, M. / Kaushik, S. / Sinha, M. / Kaur, P. / Tewari, R. / Sharma, S. / Singh, T.P.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the complex of Dihydrodipicolinate synthase from Acinetobacter baumannii with 2-Ketobutanoic acid at 1.99 A resolution
著者: Kumar, M. / Kaushik, S. / Sinha, M. / Kaur, P. / Tewari, R. / Sharma, S. / Singh, T.P.
履歴
登録2011年8月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dihydrodipicolinate synthase
B: Dihydrodipicolinate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,7644
ポリマ－62,5602
非ポリマー2042
水9,134507
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3450 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area21000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.235, 121.947, 51.131
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 115.90, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Dihydrodipicolinate synthase / / DHDPS


分子量: 31279.842 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 7-297 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア)
株: ATCC 19606 / 遺伝子: dhdps, HMPREF0010_03414 / プラスミド: pRESTa / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(de3) / 参照: UniProt: D0CFC3, dihydrodipicolinate synthase
#2: 化合物 ChemComp-2KT / 2-KETOBUTYRIC ACID / 2-OXOBUTANOIC ACID / α-ケト酪酸 / Α-ケト酪酸


分子量: 102.089 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 507 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.47 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: 0.1M MgCl2, PEG 3350, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月16日 / 詳細: MIRROR
放射モノクロメーター: Graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.99→60.97 Å / Num. all: 36826 / Num. obs: 36826 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rsym value: 0.09 / Net I/σ(I): 15.4
反射 シェル解像度: 1.99→2.03 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Rsym value: 0.45 / % possible all: 94

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
AMoRE位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3RK8

3rk8


解像度: 1.99→60.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.163 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2195 1943 5 %RANDOM
Rwork0.18231 ---
obs0.18418 36826 98.05 %-
all-36826 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.038 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.22 Å20 Å2-0.7 Å2
2---3.09 Å20 Å2
3---2.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.99→60.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4390 0 12 507 4909
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.024468
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4231.986080
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.0335580
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.63525.93172
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.61115780
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.3331518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.2732
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0213284
LS精密化 シェル解像度: 1.988→2.04 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.282 107 -
Rwork0.248 2308 -
obs--81.98 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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