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- PDB-3tb0: Crystal structure of Rhesus Rotavirus VP8* in complex with N-Glyc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3tb0
タイトルCrystal structure of Rhesus Rotavirus VP8* in complex with N-Glycolylneuraminic acid
要素Outer capsid protein VP4
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / BETA SANDWICH / LECTIN (レクチン) / Neu5Gc (N-グリコリルノイラミン酸)
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell rough endoplasmic reticulum / host cytoskeleton / viral outer capsid / permeabilization of host organelle membrane involved in viral entry into host cell / symbiont entry into host cell via permeabilization of inner membrane / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / 生体膜
類似検索 - 分子機能
Haemagglutinin outer capsid protein VP4, concanavalin-like domain / Outer Capsid protein VP4 (Hemagglutinin) Concanavalin-like domain / Rotavirus VP4 helical domain / Rotavirus VP4 helical domain / Outer capsid protein VP4 / Rotavirus VP4, membrane interaction domain superfamily / Rotavirus VP4, membrane interaction domain / Rotavirus VP4 membrane interaction domain / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily ...Haemagglutinin outer capsid protein VP4, concanavalin-like domain / Outer Capsid protein VP4 (Hemagglutinin) Concanavalin-like domain / Rotavirus VP4 helical domain / Rotavirus VP4 helical domain / Outer capsid protein VP4 / Rotavirus VP4, membrane interaction domain superfamily / Rotavirus VP4, membrane interaction domain / Rotavirus VP4 membrane interaction domain / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-MN0 / Outer capsid protein VP4
類似検索 - 構成要素
生物種Rhesus rotavirus (ウイルス)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Yu, X. / Blanchard, H.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2012
タイトル: Structural Basis of Rotavirus Strain Preference toward N-Acetyl- or N-Glycolylneuraminic Acid-Containing Receptors.
著者: Yu, X. / Dang, V.T. / Fleming, F.E. / von Itzstein, M. / Coulson, B.S. / Blanchard, H.
履歴
登録2011年8月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年10月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年12月5日Group: Database references
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp / pdbx_chem_comp_identifier ...chem_comp / pdbx_chem_comp_identifier / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Outer capsid protein VP4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,9185
ポリマ－18,1561
非ポリマー7624
水3,891216
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.420, 48.420, 130.910
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-495-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Outer capsid protein VP4 / Hemagglutinin / Outer capsid protein VP8* / Outer capsid protein VP5*


分子量: 18156.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhesus rotavirus (ウイルス)
株: Monkey/United States/RRV/1980 G3-P5B[3]-I2-R2-C3-M3-A9-Nx-T3-E3-H6
プラスミド: P-GEX / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P12473
#2: 糖 ChemComp-MN0 / methyl 3,5-dideoxy-5-[(hydroxyacetyl)amino]-D-glycero-alpha-D-galacto-non-2-ulopyranosidonic acid / methyl 3,5-dideoxy-5-[(hydroxyacetyl)amino]-D-glycero-alpha-D-galacto-non-2-ulosidonic acid / methyl 3,5-dideoxy-5-[(hydroxyacetyl)amino]-D-glycero-D-galacto-non-2-ulosidonic acid / methyl 3,5-dideoxy-5-[(hydroxyacetyl)amino]-D-glycero-galacto-non-2-ulosidonic acid / N-(ヒドロキシアセチル)-2-O-メチル-α-ノイラミン酸 / メチル基


タイプ: D-saccharide / 分子量: 339.296 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C12H21NO10
識別子タイププログラム
2-O-methyl-5-N-glycolyl-a-D-neuraminic acidIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 216 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE PREDICTED AMINO ACID SEQUENCE OF PGEXRRV-VP8* AT POSITION 73 WAS IDENTICAL WITH THAT OF THE ...THE PREDICTED AMINO ACID SEQUENCE OF PGEXRRV-VP8* AT POSITION 73 WAS IDENTICAL WITH THAT OF THE PUBLISHED RRV VP4 SEQUENCE (ACCESSION NUMBER AY033150, ENTREZ DATABASE).

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.79 %

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データ収集

放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: その他
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2→65.78 Å / Num. obs: 10639

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.5.0110 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→38.93 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.88 / SU B: 4.397 / SU ML: 0.125 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.223 / ESU R Free: 0.194 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: FLEXIBILITY OF THE TYR 155 CARBONYL IS OBSERVED. DENSITY FOR THIS CARBONYL GROUP IS AMBIGUOUS AND DOES NOT CLEARLY INDICATE ITS EXACT ORIENTATION. A PARTIALLY OCCUPIED WATER MAY BE PRESENT ...詳細: FLEXIBILITY OF THE TYR 155 CARBONYL IS OBSERVED. DENSITY FOR THIS CARBONYL GROUP IS AMBIGUOUS AND DOES NOT CLEARLY INDICATE ITS EXACT ORIENTATION. A PARTIALLY OCCUPIED WATER MAY BE PRESENT THIS IS NOT MODELLED IN THE COORDINATES. A POLYETHYLENE GLYCOL MOLECULE FROM THE RESERVOIR SOLUTION IS MODELLED (THIS IS PARTIALLY DEFINED IN THE DENSITY). HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24923 533 4.8 %RANDOM
Rwork0.18295 ---
obs0.18605 10639 99.78 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 12.505 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20 Å2-0 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→38.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1280 0 45 216 1541
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.021380
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2511.9631892
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3065160
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.33625.55663
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.2615207
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg6.434153
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.2218
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0211035
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3271.5804
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.64721326
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.0263530
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.7464.5509
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.254 30 -
Rwork0.188 641 -
obs--96.83 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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