PDB-3t43: Crystal Structure of HIV Epitope-Scaffold 4E10_1XIZA_S0_006_C

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3t43

タイトル

Crystal Structure of HIV Epitope-Scaffold 4E10_1XIZA_S0_006_C

要素

HIV Epitope-Scaffold 4E10_1XIZA_S0_006_C

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素) /

Putative phosphotransferase system

機能・相同性

Mannitol-specific EII; Chain A / Mannitol-specific EII; Chain A / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta

機能・相同性情報

生物種

artificial gene (人工物)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Holmes, M.A. / Strong, R.K.

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2011
タイトル: High-resolution structure prediction of a circular permutation loop.
著者: Correia, B.E. / Holmes, M.A. / Huang, P.S. / Strong, R.K. / Schief, W.R.

履歴

登録	2011年7月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年10月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年11月2日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3t43.cif.gz	76.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3t43.ent.gz	56.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3t43.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t4/3t43 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t4/3t43	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3lf6S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1nf2-1 3gix-d 4f56-1 3gv0-d 5dai-d 3ees-d 1yyp-d 6rcz-2 3sbx-4 5mh3-7 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: HIV Epitope-Scaffold 4E10_1XIZA_S0_006_C

B: HIV Epitope-Scaffold 4E10_1XIZA_S0_006_C

36.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	36.060, 65.270, 73.100
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 99.570, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	HIV Epitope-Scaffold 4E10_1XIZA_S0_006_C 分子量: 18253.660 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) artificial gene (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 194 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.06 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 10% PEG 4000, 20% Isopropanol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 298 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.54 Å

検出器

タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年4月17日

放射

モノクロメーター: MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.54 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.95→30.31 Å / Num. obs: 24452 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.04 % / R_merge(I) obs: 0.052 / R_rim(I) all: 0.052 / Χ²: 0.96 / Net I/σ(I): 12.5 / Num. measured all: 74779 / Scaling rejects: 561

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	Χ²	Rejects	% possible all
1.95-2.02	1.84	0.273	2	4501	2431	1.07	16	99.6
2.02-2.1	2.14	0.22	2.8	5202	2415	1.07	23	99.5
2.1-2.2	2.43	0.18	3.5	5954	2429	1.01	49	99.8
2.2-2.31	2.7	0.141	5	6612	2434	1.04	48	99.5
2.31-2.46	3.1	0.12	6.4	7642	2447	1	46	99.8
2.46-2.65	3.57	0.107	7.3	8728	2434	1	49	99.9
2.65-2.91	3.62	0.077	10.4	8853	2435	0.93	37	100
2.91-3.33	3.64	0.052	16.1	9025	2468	0.91	44	99.9
3.33-4.2	3.66	0.035	24.5	9032	2447	0.88	72	99.8
4.2-30.31	3.6	0.029	31.7	9230	2512	0.92	177	99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
d*TREK		データスケーリング
d*TREK	9.7D	データ削減
REFMAC	5.2.0019	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
CrystalClear		データ収集
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3LF6

3lf6

解像度: 1.95→30.31 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.951 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.919 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU B: 3.918 / SU ML: 0.115 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.184 / ESU R Free: 0.167 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2492	1249	5.1 %	RANDOM
R_work	0.204	-	-	-
obs	0.2063	23184	99.66 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 70.68 Å² / B_iso mean: 44.3047 Å² / B_iso min: 26.73 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.02 Å²	0 Å²	-0.02 Å²
2-	-	0.01 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.03 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→30.31 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2394	0	0	194	2588

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	2496
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1615
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.04	1.945	3423
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.775	3	3963
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.711	5	321
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.994	24.286	112
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.06	15	391
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.399	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.062	0.2	397
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	2800
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0	0.02	489
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.204	0.3	509
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.201	0.3	1784
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.181	0.5	1232
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.088	0.5	1217
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.19	0.5	261
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.006	0.5	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.087	0.3	7
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.377	0.3	27
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.207	0.5	19
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.936	2	1605
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.196	2	621
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.535	3	2566
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.987	4	1001
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.94	6	849

LS精密化シェル

解像度: 1.95→2.001 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.29	95	-
R_work	0.244	1720	-
all	-	1815	-
obs	-	-	99.51 %

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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