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- PDB-3t3a: Crystal structure of H107R mutant of extracellular domain of mous... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3t3a
タイトルCrystal structure of H107R mutant of extracellular domain of mouse receptor NKR-P1A
要素Killer cell lectin-like receptor subfamily B member 1A
キーワードSIGNALING PROTEIN / C-type lectin-like domain / domain swapping / twinning / natural killer cell receptor / transmembrane receptor (細胞表面受容体)
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / signaling receptor activity / carbohydrate binding / 細胞膜 / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Natural killer cell receptor-like, C-type lectin-like domain / Mannose-Binding Protein A; Chain A / Mannose-Binding Protein A, subunit A / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) / C-type lectin-like/link domain superfamily / C-type lectin fold / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
リン酸塩 / Killer cell lectin-like receptor subfamily B member 1A
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Kolenko, P. / Rozbesky, D. / Bezouska, K. / Hasek, J. / Dohnalek, J.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2011
タイトル: Structure of the H107R variant of the extracellular domain of mouse NKR-P1A at 2.3 A resolution.
著者: Kolenko, P. / Rozbesky, D. / Vanek, O. / Bezouska, K. / Hasek, J. / Dohnalek, J.
履歴
登録2011年7月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年12月14日Group: Database references
改定 1.22012年3月28日Group: Database references
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Killer cell lectin-like receptor subfamily B member 1A
B: Killer cell lectin-like receptor subfamily B member 1A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,3415
ポリマ－32,0562
非ポリマー2853
水1,00956
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Killer cell lectin-like receptor subfamily B member 1A
B: Killer cell lectin-like receptor subfamily B member 1A
ヘテロ分子

A: Killer cell lectin-like receptor subfamily B member 1A
B: Killer cell lectin-like receptor subfamily B member 1A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,68110
ポリマ－64,1114
非ポリマー5706
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_655-x+1,-y,z1
Buried area11230 Å2
ΔGint-83 kcal/mol
Surface area20610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.741, 64.741, 156.096
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number80
Space group name H-MI41
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-401-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Killer cell lectin-like receptor subfamily B member 1A / NKR-P1A / CD161 antigen-like family member A / Lymphocyte antigen 55A / Ly-55A / NKR-P1.7 / Natural ...NKR-P1A / CD161 antigen-like family member A / Lymphocyte antigen 55A / Ly-55A / NKR-P1.7 / Natural killer cell surface protein P1-2 / NKR-P1 2


分子量: 16027.820 Da / 分子数: 2 / 断片: Extracellular domain (UNP residues 89-227) / 変異: H107R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: C57BL/6 / 遺伝子: Klrb1a, Ly55, Ly55a, Nkrp1a / プラスミド: PET-30A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-(DE3) RIL / 参照: UniProt: P27811
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩


分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 56 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.79 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: 0.3M ammonium phosphate, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月12日 / 詳細: 2 mirrors and a double-crystal monochromator
放射モノクロメーター: KMC-1, Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.861
11-H, K, -L20.139
反射解像度: 2.3→60 Å / Num. all: 14227 / Num. obs: 14227 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3.7 / 冗長度: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 49 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 16
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allDiffraction-ID% possible all
2.3-2.427.50.5463.420641100
7.27-45.787.30.03139.5467199.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxCuBEデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.6.0116精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3M9Z

3m9z


解像度: 2.3→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0 / SU B: 2.411 / SU ML: 0.062 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
立体化学のターゲット値: CCP4 stereochemistry library, version 6.1.3
詳細: INTENSITY-BASED TWIN REFINEMENT, ALPHA(TWIN) 14%, HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.2157 708 RANDOM
Rwork0.1879 --
all0.1908 14227 -
obs0.1908 14227 -
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 37.893 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-11.03 Å20 Å20 Å2
2--11.03 Å20 Å2
3----22.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1945 0 15 56 2016
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0211999
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021337
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.621.9362705
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.90433258
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7965237
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.41225.588102
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.45915360
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.9431510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.2289
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.022192
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02390
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.299→2.359 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.318 54 -
Rwork0.211 961 -
obs--98.54 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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