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- PDB-3syx: Crystal Structure of the WH1 domain from human sprouty-related, E... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3syx
タイトルCrystal Structure of the WH1 domain from human sprouty-related, EVH1 domain-containing protein. Northeast Structural Genomics Consortium Target HR5538B.
要素Sprouty-related, EVH1 domain-containing protein 1
キーワードSIGNALING PROTEIN / WH1 domain / Human sprouty-related / EVH1 domain-containing protein / Q7Z699 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG / PSI-Biology
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of protein deacetylation / negative regulation of lens fiber cell differentiation / stem cell factor receptor binding / FGFRL1 modulation of FGFR1 signaling / positive regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / vasculogenesis involved in coronary vascular morphogenesis / negative regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / protein serine/threonine kinase inhibitor activity / negative regulation of epithelial to mesenchymal transition / negative regulation of MAPK cascade ...regulation of protein deacetylation / negative regulation of lens fiber cell differentiation / stem cell factor receptor binding / FGFRL1 modulation of FGFR1 signaling / positive regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / vasculogenesis involved in coronary vascular morphogenesis / negative regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / protein serine/threonine kinase inhibitor activity / negative regulation of epithelial to mesenchymal transition / negative regulation of MAPK cascade / negative regulation of peptidyl-threonine phosphorylation / regulation of MAPK cascade / RAS signaling downstream of NF1 loss-of-function variants / phosphatase binding / negative regulation of angiogenesis / カベオラ / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / negative regulation of protein kinase activity / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / Regulation of RAS by GAPs / protein kinase binding / 核質 / 細胞膜 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
c-Kit-binding domain / SPRE, EVH1 domain / KBD domain profile. / Sprouty / Sprouty protein (Spry) / Sprouty (SPR) domain profile. / WH1/EVH1 domain / WH1 domain / WH1 domain profile. / WASP homology region 1 ...c-Kit-binding domain / SPRE, EVH1 domain / KBD domain profile. / Sprouty / Sprouty protein (Spry) / Sprouty (SPR) domain profile. / WH1/EVH1 domain / WH1 domain / WH1 domain profile. / WASP homology region 1 / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / PH-like domain superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
YTTRIUM (III) ION / Sprouty-related, EVH1 domain-containing protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.453 Å
データ登録者Vorobiev, S. / Su, M. / Seetharaman, J. / Sahdev, S. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Shastry, R. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. ...Vorobiev, S. / Su, M. / Seetharaman, J. / Sahdev, S. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Shastry, R. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of the WH1 domain from human sprouty-related, EVH1 domain-containing protein.
著者: Vorobiev, S. / Su, M. / Seetharaman, J. / Sahdev, S. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Shastry, R. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F.
履歴
登録2011年7月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sprouty-related, EVH1 domain-containing protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,9192
ポリマ－14,8301
非ポリマー891
水37821
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)52.754, 52.754, 121.638
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number151
Space group name H-MP3112
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-201-

YT3

詳細monomer,18.07 kD,95.2%

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要素

#1: タンパク質 Sprouty-related, EVH1 domain-containing protein 1 / Spred-1 / hSpred1


分子量: 14829.955 Da / 分子数: 1 / 断片: WH1 domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SPRED1 / プラスミド: pET 14-15C, HR5538B-13-131-14.6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) +Magic / 参照: UniProt: Q7Z699
#2: 化合物 ChemComp-YT3 / YTTRIUM (III) ION / イットリウム


分子量: 88.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Y
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.67 %
結晶化温度: 277 K / 手法: microbatch crystallization under oil / pH: 6
詳細: 12% PEG 20000, 0.1 M potassium acetate, 10 mM yttrium(III) chloride, 0.1 M MES, pH 6.0, Microbatch crystallization under oil, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97896 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月12日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97896 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→50 Å / Num. all: 27822 / Num. obs: 27739 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 55.94 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 29.6
反射 シェル解像度: 2.45→2.54 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.691 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 2826 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.7_650精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1XOD

1xod


解像度: 2.453→26.377 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU ML: 0.45 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.03 / 位相誤差: 27.8 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: There is a yttrium atom located in special position with occupancy 0.5.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.271 650 4.7 %RANDOM
Rwork0.228 ---
obs0.23 13821 99.54 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 62.482 Å2 / ksol: 0.317 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 147.9 Å2 / Biso mean: 63.317 Å2 / Biso min: 24.88 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.896 Å2-0 Å2-0 Å2
2--3.896 Å2-0 Å2
3----7.791 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.453→26.377 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数933 0 1 21 955
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.009953
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.6641280
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.12136
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006165
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.719355
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.453-2.6420.4351170.3726812798100
2.642-2.9080.41490.3126052754100
2.908-3.3280.3671400.23726412781100
3.328-4.190.251320.2282568270098
4.19-26.3780.1941120.18926762788100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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