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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3sw3 | ||||||
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タイトル | EDTA-free crystal structure of the mutant C221D of carbapenemase CphA from Aeromonas hydrophila | ||||||
要素 | Beta-lactamaseΒ-ラクタマーゼ | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / Β-ラクタマーゼ / ペリプラズム / response to antibiotic / zinc ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Aeromonas hydrophila (エロモナス・ハイドロフィラ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å | ||||||
データ登録者 | Delbruck, H. / Hoffmann, K.M.V. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: EDTA-free crystal structure of the mutant C221D of carbapenemase CphA from Aeromonas hydrophila 著者: Delbruck, H. / Bebrone, C. / Hoffmann, K.M.V. / Galleni, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3sw3.cif.gz | 96.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3sw3.ent.gz | 73.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3sw3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sw/3sw3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sw/3sw3 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1x8gS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25232.764 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 28-254 / 変異: C221D / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Aeromonas hydrophila (エロモナス・ハイドロフィラ) 遺伝子: cphA / プラスミド: pET9a-CphA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) pLysS / 参照: UniProt: P26918, Β-ラクタマーゼ |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.02 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / pH: 4.6 詳細: 0.05 M sodium acetate, 0.05 M potassium phosphate monobasic, 20% PEG8000, 2 mM zinc chloride, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR591 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年7月9日 / 詳細: MIRROR |
放射 | モノクロメーター: MIRROR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.35→19.61 Å / Num. obs: 9845 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 33.33 Å2 / Rsym value: 0.069 / Net I/σ(I): 16.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.35→2.48 Å / 冗長度: 4.2 % / Mean I/σ(I) obs: 5.2 / Rsym value: 0.264 / % possible all: 98.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1X8G 解像度: 2.35→19.61 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.883 / SU B: 17.893 / SU ML: 0.197 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.388 / ESU R Free: 0.271 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 42.695 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.35→19.61 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.35→2.41 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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