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Yorodumi- PDB-3sns: Crystal structure of the C-terminal domain of Escherichia coli li... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3sns | ||||||
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Title | Crystal structure of the C-terminal domain of Escherichia coli lipoprotein BamC | ||||||
Components | Lipoprotein 34 | ||||||
Keywords | PROTEIN TRANSPORT / alpha/beta / bacterial outer membrane protein assembly / BAM complex proteins / E. coli outer membrane / lipid anchored outer membrane protein | ||||||
Function / homology | Function and homology information Bam protein complex / Gram-negative-bacterium-type cell outer membrane assembly / protein insertion into membrane / cell surface / membrane / identical protein binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Escherichia coli (E. coli) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.5 Å | ||||||
Authors | Kim, K.H. / Aulakh, S. / Tan, W. / Paetzel, M. | ||||||
Citation | Journal: Acta Crystallogr.,Sect.F / Year: 2011 Title: Crystallographic analysis of the C-terminal domain of the Escherichia coli lipoprotein BamC. Authors: Kim, K.H. / Aulakh, S. / Tan, W. / Paetzel, M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3sns.cif.gz | 65.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3sns.ent.gz | 49.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3sns.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sn/3sns ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sn/3sns | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 2yh5S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 12856.271 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: C-terminal domain (UNP residues 224-343) Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli (E. coli) / Strain: K12 / Gene: b2477, dapX, JW2462, nlpB / Plasmid: pET28a / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: P0A903 | ||
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#2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.46 Å3/Da / Density % sol: 50.03 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 0.1 M sodium chloride, 0.1 M HEPES, pH 6.5, 1.6 M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: CLSI / Beamline: 08ID-1 / Wavelength: 0.98058 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: May 11, 2011 Details: DCM with cryo-cooled 1st crystal sagittally bent 2nd crystal followed by vertically focusing mirror |
Radiation | Monochromator: double crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.98058 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.5→41.82 Å / Num. all: 19576 / Num. obs: 19576 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 5 / Redundancy: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.075 / Rsym value: 0.034 / Net I/σ(I): 10.3 |
Reflection shell | Resolution: 1.5→1.58 Å / Redundancy: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.378 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique all: 2877 / Rsym value: 0.176 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 2YH5 Resolution: 1.5→41.82 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.966 / SU B: 2.54 / SU ML: 0.043 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.066 / ESU R Free: 0.066 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 27.966 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.5→41.82 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.501→1.54 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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