PDB-3smq: Crystal structure of protein arginine methyltransferase 3

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3smq

タイトル

Crystal structure of protein arginine methyltransferase 3

要素

Protein arginine N-methyltransferase 3

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素) /

Structural Genomics (構造ゲノミクス) /

Structural Genomics Consortium / SGC /

PRMT3

機能・相同性

機能・相同性情報

protein-arginine omega-N monomethyltransferase activity / negative regulation of retinoic acid biosynthetic process / type I protein arginine methyltransferase / protein-arginine omega-N asymmetric methyltransferase activity / protein-arginine N-methyltransferase activity /

Protein methylation / negative regulation of protein ubiquitination /

methyltransferase activity / RMTs methylate histone arginines /

ribosome binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Dobrovetsky, E. / Dong, A. / Walker, J.R. / Siarheyeva, A. / Senisterra, G. / Wasney, G.A. / Smil, D. / Bolshan, Y. / Nguyen, K.T. / Allali-Hassani, A. ...

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2012
タイトル: An allosteric inhibitor of protein arginine methyltransferase 3.
著者: Siarheyeva, A. / Senisterra, G. / Allali-Hassani, A. / Dong, A. / Dobrovetsky, E. / Wasney, G.A. / Chau, I. / Marcellus, R. / Hajian, T. / Liu, F. / Korboukh, I. / Smil, D. / Bolshan, Y. / ...

履歴

登録	2011年6月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年8月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年7月24日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3smq.cif.gz	143.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3smq.ent.gz	111.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3smq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sm/3smq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sm/3smq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2fytS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2fyt-2 4hsg-1 4qqn-1 4lbq-d 5dst-8 5dst-7 6o2a-1 5dst-1 4ryl-1 5dst-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#87 - 2007年3月ジンクフィンガー (Zinc Fingers) 類似性 (3) #112 - 2009年4月 Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors) 類似性 (3) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (3) #257 - 2021年5月胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin) 類似性 (3) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (1) #28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#87 - 2007年3月
ジンクフィンガー (Zinc Fingers)
類似性 (3)
#112 - 2009年4月
Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors)
類似性 (3)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (3)
#257 - 2021年5月
胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin)
類似性 (3)
#44 - 2003年8月
カルモジュリン (Calmodulin)
類似性 (1)
#196 - 2016年4月
鉛の毒 (Lead Poisoning)
類似性 (1)
#28 - 2002年4月
炭疽毒素 (Anthrax Toxin)
類似性 (1)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Protein arginine N-methyltransferase 3

ヘテロ分子

38.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Protein arginine N-methyltransferase 3

ヘテロ分子

A: Protein arginine N-methyltransferase 3

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
77.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	70.649, 70.649, 171.977
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	Protein arginine N-methyltransferase 3 / Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein methyltransferase-like protein 3 分子量: 38281.914 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 211-531 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PRMT3, HRMT1L3 / プラスミド: pET28a-LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-V2R-PRAR2 参照: UniProt: O60678, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
#2: 化合物	ChemComp-TDU / 1-(1,2,3-benzothiadiazol-6-yl)-3-[2-(cyclohex-1-en-1-yl)ethyl]urea / 1-(benzo[d][1,2,3]thiadiazol-6-yl)-3-(2-cyclohexenylethyl)urea 分子量: 302.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₁₈N₄OS
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 223 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.12 %
結晶化	温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 20.0% PEG 4K, 0.2M Mg OAc, 0.1M Na CaCo pH6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年5月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→50 Å / Num. obs: 29893 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 11.5 % / B_iso Wilson estimate: 30.3 Å² / R_merge(I) obs: 0.078 / R_sym value: 0.078 / Net I/σ(I): 36.6
反射シェル	解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 6 % / R_merge(I) obs: 0.558 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 1233 / R_sym value: 0.558 / % possible all: 83.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
Coot	0.6	モデル構築
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2FYT

2fyt

解像度: 2→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.952 / SU B: 7.03 / SU ML: 0.089 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.133 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21534	954	3.2 %	RANDOM
R_work	0.18984	-	-	-
all	0.19065	28754	-	-
obs	0.19065	28754	97.96 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.85 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.54 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.54 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.08 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2330	0	32	223	2585

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	2450
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.214	1.968	3324
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.788	5	307
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.162	24.787	94
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.952	15	434
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.008	15	5
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.077	0.2	386
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	1795
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.524	1.5	1514
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.027	2	2468
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.75	3	936
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.901	4.5	856
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.318	66	-
R_work	0.252	1776	-
obs	-	-	84.73 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5507	3.2745	-3.7164	3.8413	-7.2377	11.9432	-0.0409	-0.1931	-0.1542	-0.007	-0.3129	-0.5362	0.3613	0.13	0.3538	0.1414	0.076	-0.0199	0.09	0.0769	0.2269	-5.8556	12.0996	-3.8731
2	0.5825	-0.372	-0.3571	1.0477	-0.1512	1.127	0.0334	0.0957	0.0525	-0.0236	-0.0233	-0.0091	0.03	-0.1015	-0.01	0.1127	0.0373	0.0078	0.1384	0.0269	0.1483	-17.1681	23.6402	2.5944
3	1.1349	0.1513	0.4248	1.0556	0.729	1.999	0.0299	0.1815	0.175	-0.1401	-0.0416	-0.2084	-0.2149	0.153	0.0117	0.0966	0.0046	0.0516	0.0951	0.089	0.2026	-6.4118	30.266	-4.8683
4	0.7247	-1.111	0.353	2.3688	-0.7901	0.399	-0.0171	-0.0188	0.0915	0.1052	-0.0443	-0.1427	-0.0861	0.0938	0.0614	0.1294	0.0056	-0.0155	0.1166	-0.0241	0.1817	-5.8974	25.1563	11.392
5	1.4808	-0.8606	-0.5045	0.9301	0.6727	0.4431	-0.0173	0.0327	-0.0812	0.0792	0.0252	0.0581	0.1006	0.0165	-0.0078	0.1783	0.0289	-0.0038	0.1235	0.0072	0.1038	7.0877	-8.4137	14.7124
6	1.0655	-0.8622	0.6796	1.3349	0.1143	0.8388	0.0351	-0.0061	-0.0273	-0.0308	-0.0137	0.0926	0.0644	-0.0174	-0.0214	0.1271	-0.0029	-0.0023	0.0956	0.0018	0.1319	-3.013	0.9207	18.2255
7	0.602	-0.2728	0.4162	3.7098	-0.7315	0.8206	-0.1293	-0.2294	0.0859	0.123	0.0055	-0.0751	-0.0492	-0.1209	0.1238	0.0773	0.0246	-0.003	0.1106	-0.019	0.1503	-4.4378	10.6707	24.7069
8	0.7779	-1.1329	0.467	1.4566	-0.6484	0.1692	-0.0476	-0.0841	-0.0395	0.1127	0.0751	0.0677	0.0098	-0.0619	-0.0275	0.149	0.0189	0.0093	0.1495	0.0038	0.151	-14.6711	12.2243	14.6784
9	1.059	-0.7388	0.4967	1.2791	-0.0796	0.2727	0.0516	0.0098	-0.1056	0.0568	-0.0565	0.0523	0.0098	0.094	0.0049	0.1356	-0.0124	0.0208	0.1133	0.0355	0.1324	-1.9063	-0.5274	22.1766
10	1.6415	-0.8364	0.4379	1.005	0.2191	1.802	-0.0277	0.1018	0.1018	0.0721	-0.0006	-0.1973	-0.0875	0.0341	0.0283	0.1229	-0.0198	-0.0102	0.1368	0.0169	0.1398	6.6695	6.8105	23.2092

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	243 - 253
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	254 - 294
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	295 - 337
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	338 - 379
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	380 - 412
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	413 - 438
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	439 - 465
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	466 - 494
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	495 - 519
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	520 - 547

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)