登録情報 | データベース: PDB / ID: 3sji |
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タイトル | crystal structure of CVA16 3C in complex with Rupintrivir (AG7088) |
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要素 | 3C proteasePicornain 3C |
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キーワード | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / in complex with Rupintrivir / Chymotrypsin-like fold / protease (プロテアーゼ) / C147 covalently binds to Rupintrivir / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報
T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasm / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / タンパク質分解 / RNA binding / ATP binding / 細胞質類似検索 - 分子機能 Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain ...Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Βバレル / Mainly Beta類似検索 - ドメイン・相同性 |
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生物種 | Human coxsackievirus A16 (コクサッキーウイルス) |
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手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.798 Å |
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データ登録者 | Lu, G. / Qi, J. / Chen, Z. / Xu, X. / Gao, F. / Lin, D. / Qian, W. / Liu, H. / Jiang, H. / Yan, J. / Gao, G.F. |
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引用 | ジャーナル: J.Virol. / 年: 2011 タイトル: Enterovirus 71 and Coxsackievirus A16 3C Proteases: Binding to Rupintrivir and Their Substrates and Anti-Hand, Foot, and Mouth Disease Virus Drug Design. 著者: Lu, G. / Qi, J. / Chen, Z. / Xu, X. / Gao, F. / Lin, D. / Qian, W. / Liu, H. / Jiang, H. / Yan, J. / Gao, G.F. |
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履歴 | 登録 | 2011年6月21日 | 登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB |
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改定 1.0 | 2011年8月10日 | Provider: repository / タイプ: Initial release |
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改定 1.1 | 2011年9月28日 | Group: Database references |
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改定 1.2 | 2023年9月13日 | Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id |
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