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万見
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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3shp
タイトルCrystal structure of putative acetyltransferase from Sphaerobacter thermophilus DSM 20745
要素Putative acetyltransferase Sthe_0691
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / PSI-BIOLOGY / MIDWEST CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / MCSG / acetyltransferase
機能・相同性Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) / Acyl-CoA N-acyltransferase / Aminopeptidase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / S,R MESO-TARTARIC ACID / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Sphaerobacter thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.21 Å
データ登録者Chang, C. / Li, H. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of putative acetyltransferase from Sphaerobacter thermophilus DSM 20745
著者: Chang, C. / Li, H. / Clancy, S. / Joachimiak, A.
履歴
登録2011年6月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年7月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative acetyltransferase Sthe_0691
B: Putative acetyltransferase Sthe_0691
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,9323
ポリマ－39,7822
非ポリマー1501
水4,648258
1
A: Putative acetyltransferase Sthe_0691
B: Putative acetyltransferase Sthe_0691
ヘテロ分子

A: Putative acetyltransferase Sthe_0691
B: Putative acetyltransferase Sthe_0691
ヘテロ分子

A: Putative acetyltransferase Sthe_0691
B: Putative acetyltransferase Sthe_0691
ヘテロ分子

A: Putative acetyltransferase Sthe_0691
B: Putative acetyltransferase Sthe_0691
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)159,72912
ポリマ－159,1288
非ポリマー6004
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z1
Buried area23230 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area54330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.196, 89.196, 115.726
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number94
Space group name H-MP42212

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要素

#1: タンパク質 Putative acetyltransferase Sthe_0691


分子量: 19891.020 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sphaerobacter thermophilus (バクテリア)
株: DSM 20745 / S 6022 / 遺伝子: Sthe_0691 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)magic / 参照: UniProt: D1C1L1
#2: 化合物 ChemComp-SRT / S,R MESO-TARTARIC ACID / meso-酒石酸


分子量: 150.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O6
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 258 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.48 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1.1M di-ammonium tartrate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97912 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年12月20日
放射モノクロメーター: Si(111) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97912 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 24095 / Num. obs: 24074 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 11.3 % / Rmerge(I) obs: 0.116 / Net I/σ(I): 40.9
反射 シェル解像度: 2.2→2.24 Å / 冗長度: 11.3 % / Rmerge(I) obs: 0.517 / Mean I/σ(I) obs: 6.35 / Num. unique all: 1180 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
MLPHARE位相決定
直接法位相決定
SHELXDE位相決定
RESOLVE位相決定
ARP/wARPモデル構築
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.21→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 10.988 / SU ML: 0.128 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.187
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2331 1221 5.1 %RANDOM
Rwork0.189 ---
all0.1912 23952 --
obs0.1912 23952 98.91 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 106.37 Å2 / Biso mean: 38.2712 Å2 / Biso min: 13.59 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.96 Å20 Å20 Å2
2--0.96 Å20 Å2
3----1.91 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.21→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2559 0 10 258 2827
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0222686
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4091.9383657
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3725333
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.54422.283127
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.88815426
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.5641529
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.2412
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0212064
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.461.51665
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.67822649
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.11331021
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.9654.51008
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.66432686
LS精密化 シェル解像度: 2.206→2.263 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.271 68 -
Rwork0.186 1524 -
all-1592 -
obs-1592 90.45 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.16560.040.05250.0562-0.02750.1777-0.0053-0.0030.00990.0042-0.0019-0.0028-0.0022-0.00520.00720.0054-0.00130.0030.01230.0020.005526.275729.964118.8495
20.2204-0.053-0.08140.0840.03250.1125-0.0085-0.0006-0.02230.01630.003300.0076-0.00870.00530.0164-0.00270.0010.00990.00230.003627.803318.99087.8866
30.36570.1001-0.00790.3150.03550.11850.00820.00060.0041-0.0320.0026-0.0128-0.0135-0.0001-0.01080.01580.00260.00540.0113-0.00320.003730.060159.948118.0976
40.1246-0.0526-0.07330.206-0.00370.45750.00660.00550.0010.0177-0.0041-0.0028-0.0465-0.0222-0.00250.01220.00090.00120.0078-0.00370.002422.649954.2284.6474
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 116
2X-RAY DIFFRACTION2A117 - 168
3X-RAY DIFFRACTION3B1 - 116
4X-RAY DIFFRACTION4B117 - 165

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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