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- PDB-3sb5: Zn-mediated Trimer of T4 Lysozyme R125C/E128C by Synthetic Symmet... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3sb5 | ||||||
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Title | Zn-mediated Trimer of T4 Lysozyme R125C/E128C by Synthetic Symmetrization | ||||||
![]() | Lysozyme![]() | ||||||
![]() | ![]() | ||||||
Function / homology | ![]() viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / ![]() ![]() Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Laganowsky, A. / Soriaga, A.B. / Zhao, M. / Sawaya, M.R. / Cascio, D. / Yeates, T.O. | ||||||
![]() | ![]() Title: An approach to crystallizing proteins by metal-mediated synthetic symmetrization. Authors: Laganowsky, A. / Zhao, M. / Soriaga, A.B. / Sawaya, M.R. / Cascio, D. / Yeates, T.O. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 271.8 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 221.5 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 3sb6C ![]() 3sb7C ![]() 3sb8C ![]() 3sb9C ![]() 3sbaC ![]() 3sbbC ![]() 3serC ![]() 3sesC ![]() 3setC ![]() 3seuC ![]() 3sevC ![]() 3sewC ![]() 3sexC ![]() 3seyC C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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4 | ![]()
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
-Protein , 1 types, 4 molecules BACD
#1: Protein | ![]() Mass: 18532.299 Da / Num. of mol.: 4 / Mutation: C54T, C97A, R125C, E128C Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 5 types, 222 molecules ![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-ZN / #3: Chemical | ChemComp-CL / ![]() #4: Chemical | ChemComp-MG / #5: Chemical | ChemComp-GOL / ![]() #6: Water | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.19 Å3/Da / Density % sol: 61.4 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 290 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.5 Details: 0.2M Magnesium Chloride, 20% PEG 8000, 0.1M TRIS, pH 8.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 290K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Jul 24, 2010 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.45→80 Å / Num. obs: 34697 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 8.7 % / Rmerge(I) obs: 0.108 / Χ2: 0.959 / Net I/σ(I): 10.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Phasing
Phasing![]() | Method: ![]() | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]()
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Displacement parameters | Biso max: 121.26 Å2 / Biso mean: 43.9078 Å2 / Biso min: 10.46 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.288 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.46→33.5 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.46→2.54 Å / Total num. of bins used: 17
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: -42.2759 Å / Origin y: 44.3713 Å / Origin z: 20.0287 Å
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Refinement TLS group |
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