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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3s8f | ||||||
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タイトル | 1.8 A structure of ba3 cytochrome c oxidase from Thermus thermophilus in lipid environment | ||||||
要素 |
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キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Complex IV (シトクロムcオキシダーゼ) / Respiratory chain (電子伝達系) / Lipid cubic phase / monoolein / peroxide (過酸化物) / Electron transport (電子伝達系) / proton pump (プロトンポンプ) / Membrane (生体膜) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 シトクロムcオキシダーゼ / 酸化的リン酸化 / cytochrome-c oxidase activity / respirasome / copper ion binding / heme binding / metal ion binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Tiefenbrunn, T. / Liu, W. / Chen, Y. / Katritch, V. / Stout, C.D. / Fee, J.A. / Cherezov, V. | ||||||
引用 | ジャーナル: Plos One / 年: 2011 タイトル: High resolution structure of the ba3 cytochrome c oxidase from Thermus thermophilus in a lipidic environment. 著者: Tiefenbrunn, T. / Liu, W. / Chen, Y. / Katritch, V. / Stout, C.D. / Fee, J.A. / Cherezov, V. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3s8f.cif.gz | 325.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3s8f.ent.gz | 263.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3s8f.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s8/3s8f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s8/3s8f | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-Cytochrome c oxidase subunit ... , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 63540.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 遺伝子: cbaA, TTHA1135 / プラスミド: PMK18 発現宿主: Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株 (発現宿主): HB8 / 参照: UniProt: Q5SJ79, シトクロムcオキシダーゼ |
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#2: タンパク質 | 分子量: 18581.299 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 遺伝子: cbaB, cbac, ctaC, TTHA1134 / プラスミド: PMK18 発現宿主: Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株 (発現宿主): HB8 / 参照: UniProt: Q5SJ80, シトクロムcオキシダーゼ |
-タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 C
#3: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3769.602 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 遺伝子: cbaD, TTHA1133 / プラスミド: PMK18 発現宿主: Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株 (発現宿主): HB8 / 参照: UniProt: P82543, シトクロムcオキシダーゼ |
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-非ポリマー , 7種, 214分子
#4: 化合物 | ChemComp-CU / | ||||
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#5: 化合物 | ChemComp-HEM / | ||||
#6: 化合物 | ChemComp-HAS / | ||||
#7: 化合物 | ChemComp-PER / | ||||
#8: 化合物 | ChemComp-OLC / ( #9: 化合物 | ChemComp-CUA / | #10: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 5 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.83 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 6 詳細: 40-45% PEG 400, 1.0-1.6M NaCl, 100mM sodium cacodylate trihydrate pH 5.5-6.5, lipidic cubic phase with monolein, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.033 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月4日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.033 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 92466 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.097 / Χ2: 1.771 / Net I/σ(I): 11.5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→37.26 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / WRfactor Rfree: 0.1996 / WRfactor Rwork: 0.1659 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / FOM work R set: 0.8813 / SU B: 4.875 / SU ML: 0.078 / SU R Cruickshank DPI: 0.0997 / SU Rfree: 0.0995 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.109 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 93.61 Å2 / Biso mean: 33.0516 Å2 / Biso min: 3.49 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→37.26 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.801→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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