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- PDB-3s6d: Crystal structure of a putative triosephosphate isomerase from Co... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3s6d | ||||||
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Title | Crystal structure of a putative triosephosphate isomerase from Coccidioides immitis | ||||||
![]() | Putative triosephosphate isomerase![]() | ||||||
![]() | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
Function / homology | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
![]() | ![]() Title: Crystal structure of a putative triosephosphate isomerase from Coccidioides immitis Authors: Edwards, T.E. / Abendroth, J. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 117.4 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 88.1 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 3m9yS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | ![]() Mass: 33742.727 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: Chemical | ChemComp-NA / |
#3: Water | ChemComp-HOH / ![]() |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.05 Å3/Da / Density % sol: 40.13 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: CoimA.00717.a.A1 PS00678 at 27 mg/mL against PACT screen F5, 0.2 M NaNO3, 0.1 M BisTris propane pH 6.5, 20% PEG 3350 with 20% ethylene glycol as cryo-protectant, crystal tracking ID ...Details: CoimA.00717.a.A1 PS00678 at 27 mg/mL against PACT screen F5, 0.2 M NaNO3, 0.1 M BisTris propane pH 6.5, 20% PEG 3350 with 20% ethylene glycol as cryo-protectant, crystal tracking ID 221044e12, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: May 15, 2011 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.2→50 Å / Num. all: 14769 / Num. obs: 14215 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 26.994 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 15.22 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing![]() | Method: ![]() | |||||||||
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Phasing MR | Rfactor: 57.93 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Starting model: 3M9Y Resolution: 2.2→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.906 / WRfactor Rfree: 0.2034 / WRfactor Rwork: 0.1767 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8534 / SU B: 11.292 / SU ML: 0.132 / SU R Cruickshank DPI: 0.2904 / SU Rfree: 0.207 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.207 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 59.39 Å2 / Biso mean: 19.6382 Å2 / Biso min: 2 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.2→50 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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