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- PDB-3s4t: Crystal structure of putative amidohydrolase-2 (EFI-target 500288... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3s4t
タイトルCrystal structure of putative amidohydrolase-2 (EFI-target 500288)from Polaromonas sp. JS666
要素Amidohydrolase 2アミド加水分解酵素
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / Enzyme Function Initiative / EFI / Structural Genomics (構造ゲノミクス)
機能・相同性
機能・相同性情報


gamma-resorcylate decarboxylase / carboxy-lyase activity / hydrolase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
2-amino-3-carboxymuconate-6-semialdehyde decarboxylase / アミド加水分解酵素 / Amidohydrolase-related / Metal-dependent hydrolases / Metal-dependent hydrolase / TIMバレル / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
酢酸塩 / Gamma-resorcylate decarboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Polaromonas sp. JS666 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Ramagopal, U.A. / Toro, R. / Girlt, J.A. / Almo, S.C. / Enzyme Function Initiative (EFI)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of putative amidohydrolase-2 (EFI-target 500288)from Polaromonas sp. JS666
著者: Ramagopal, U.A. / Toro, R. / Girlt, J.A. / Almo, S.C.
履歴
登録2011年5月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年8月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月31日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Amidohydrolase 2
B: Amidohydrolase 2
C: Amidohydrolase 2
D: Amidohydrolase 2
E: Amidohydrolase 2
F: Amidohydrolase 2
G: Amidohydrolase 2
H: Amidohydrolase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)330,85765
ポリマ－325,0518
非ポリマー5,80657
水27,2571513
1
A: Amidohydrolase 2
B: Amidohydrolase 2
C: Amidohydrolase 2
D: Amidohydrolase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)165,27732
ポリマ－162,5254
非ポリマー2,75228
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area21330 Å2
ΔGint-219 kcal/mol
Surface area43750 Å2
手法PISA
2
A: Amidohydrolase 2
B: Amidohydrolase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,83818
ポリマ－81,2632
非ポリマー1,57616
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9550 Å2
ΔGint-105 kcal/mol
Surface area23500 Å2
手法PISA
3
C: Amidohydrolase 2
D: Amidohydrolase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,43914
ポリマ－81,2632
非ポリマー1,17612
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9060 Å2
ΔGint-104 kcal/mol
Surface area22960 Å2
手法PISA
4
E: Amidohydrolase 2
F: Amidohydrolase 2
G: Amidohydrolase 2
H: Amidohydrolase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)165,58033
ポリマ－162,5254
非ポリマー3,05529
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area21700 Å2
ΔGint-231 kcal/mol
Surface area43140 Å2
手法PISA
5
E: Amidohydrolase 2
F: Amidohydrolase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,54814
ポリマ－81,2632
非ポリマー1,28512
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9210 Å2
ΔGint-80 kcal/mol
Surface area22740 Å2
手法PISA
6
G: Amidohydrolase 2
H: Amidohydrolase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,03219
ポリマ－81,2632
非ポリマー1,76917
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9800 Å2
ΔGint-140 kcal/mol
Surface area23080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.024, 151.241, 143.410
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.960, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

-
タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質
Amidohydrolase 2 / アミド加水分解酵素


分子量: 40631.324 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Polaromonas sp. JS666 (バクテリア)
株: JS666 / ATCC BAA-500 / 遺伝子: Bpro_2061 / プラスミド: CSH30 L-2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) RIL / 参照: UniProt: Q12BV1

-
非ポリマー , 6種, 1570分子

#2: 化合物
ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物...
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩


分子量: 59.044 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1513 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.47 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1M Tris hydrochloride, 2M Ammonium Sulfate, pH 8.5, Vapor diffusion, Sitting drop, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→40 Å / Num. all: 268076 / Num. obs: 268076 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.093 / Χ2: 0.935 / Net I/σ(I): 7.3
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.9-1.936.80.59131350.936197.1
1.93-1.976.90.581131490.828197.6
1.97-2.0170.47131580.84197.8
2.01-2.0570.397132380.857198
2.05-2.0970.346132610.87198.3
2.09-2.1470.301133150.888198.6
2.14-2.1970.257133750.907199
2.19-2.256.70.235133591.235199.1
2.25-2.326.80.214133760.975199
2.32-2.397.10.173134220.907199.8
2.39-2.487.10.146134380.92199.4
2.48-2.587.20.129134380.914199.6
2.58-2.77.20.113135210.899199.6
2.7-2.847.20.097134460.92199.7
2.84-3.027.30.084135200.959199.9
3.02-3.257.30.074135311.0441100
3.25-3.587.40.065135631.1331100
3.58-4.096.80.055135111.124199.6
4.09-5.157.20.043135600.8651100
5.15-407.40.037137600.685199.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
CBASSデータ収集
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2DVT

2dvt


解像度: 1.9→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / WRfactor Rfree: 0.2002 / WRfactor Rwork: 0.1697 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.2 / FOM work R set: 0.8186 / SU B: 5.916 / SU ML: 0.079 / SU R Cruickshank DPI: 0.1377 / SU Rfree: 0.1276 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.138 / ESU R Free: 0.128 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2072 12743 5 %RANDOM
Rwork0.1749 ---
obs0.1766 252922 93.13 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 108.79 Å2 / Biso mean: 24.684 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.12 Å20 Å20.05 Å2
2---0.57 Å20 Å2
3---0.69 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数21079 0 338 1513 22930
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.02222370
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.381.95230422
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5752675
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.29323.3391141
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.457153609
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.13615194
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1010.23126
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.02117478
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.71.513295
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.239221361
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.26839075
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.6014.59061
LS精密化 シェル解像度: 1.898→1.947 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.293 586 -
Rwork0.231 11695 -
all-12281 -
obs--61.13 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5677-0.19810.1690.6923-0.11390.38530.00260.0726-0.0722-0.07770.02660.10390.0336-0.0205-0.02920.0176-0.0162-0.00420.1584-0.01820.04331.768-11.684-13.021
20.7271-0.24060.14480.7678-0.18140.4924-0.0768-0.1078-0.12490.16750.09570.04750.028-0.0529-0.0190.0760.03250.03420.15390.01880.040214.741-21.29416.254
30.7064-0.1334-0.22060.61340.10390.412-0.02350.0790.0408-0.06720.0342-0.0997-0.03060.0027-0.01080.0257-0.019-0.01460.15580.00030.059238.54812.66-12.459
41.0113-0.2936-0.23810.69490.18530.538-0.1062-0.1160.1410.13940.1089-0.0901-0.03380.0315-0.00270.08930.0411-0.06810.1631-0.04030.058725.521.63816.553
50.6073-0.08320.1850.6343-0.06010.3923-0.02720.0572-0.0307-0.07330.0460.0610.0399-0.0158-0.01880.0328-0.01460.00260.01290.00250.099-0.56113.50859.151
60.7163-0.12370.1030.6517-0.16440.4494-0.0501-0.0917-0.10710.11230.0625-0.00290.0516-0.0295-0.01240.08170.0320.0170.02390.02390.105712.364.22587.91
70.5777-0.0927-0.20460.40960.05520.4184-0.02040.06220.0263-0.03970.0345-0.0499-0.03740.021-0.01410.0309-0.0137-0.01510.01660.00020.125136.24738.20359.228
80.7984-0.2122-0.16860.53960.13560.5393-0.0666-0.1080.11470.12760.0777-0.0458-0.05950.0299-0.0110.08520.033-0.04520.0239-0.02460.11823.13147.34688.278
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 332
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 324
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 326
4X-RAY DIFFRACTION3D400
5X-RAY DIFFRACTION4D1 - 324
6X-RAY DIFFRACTION5E1 - 325
7X-RAY DIFFRACTION5F400
8X-RAY DIFFRACTION6F1 - 324
9X-RAY DIFFRACTION7G1 - 327
10X-RAY DIFFRACTION8H1 - 324
11X-RAY DIFFRACTION8G349

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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