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- PDB-3s4r: Crystal structure of vimentin coil1A/1B fragment with a stabilizi... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3s4r | ||||||
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Title | Crystal structure of vimentin coil1A/1B fragment with a stabilizing mutation | ||||||
![]() | Vimentin![]() | ||||||
![]() | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
Function / homology | ![]() lens fiber cell development / keratin filament binding / intermediate filament organization / cellular response to muramyl dipeptide / structural constituent of eye lens / astrocyte development / Striated Muscle Contraction / RHOBTB1 GTPase cycle / intermediate filament cytoskeleton / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Chernyatina, A.A. / Strelkov, S.V. | ||||||
![]() | ![]() Title: Atomic structure of the vimentin central alpha-helical domain and its implications for intermediate filament assembly. Authors: Chernyatina, A.A. / Nicolet, S. / Aebi, U. / Herrmann, H. / Strelkov, S.V. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 48.7 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 36.1 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein | ![]() Mass: 11088.521 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: coil 1A/1B fragment (UNP residues 99-189) / Mutation: Y117L Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ![]() #3: Water | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal |
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Crystal grow![]() |
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-Data collection
Diffraction |
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Diffraction source |
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Detector |
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Radiation |
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Radiation wavelength |
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Reflection | Redundancy: 9.2 % / Av σ(I) over netI: 43.18 / Number: 71320 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Χ2: 1.5 / D res high: 2.7 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 7749 / % possible obs: 86.9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
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Reflection | Resolution: 2.45→50 Å / Num. all: 11209 / Num. obs: 11209 / % possible obs: 93.7 % / Observed criterion σ(F): -6 / Observed criterion σ(I): -6 / Redundancy: 10.9 % / Rsym value: 0.071 / Χ2: 1.765 / Net I/σ(I): 14.5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1,2,1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.61 Å / VDW probe radii: 0.9 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 58.609 Å2 / ksol: 0.333 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 153.94 Å2 / Biso mean: 78.265 Å2 / Biso min: 39.7 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.452→48.52 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 4
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