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- PDB-3s1s: Characterization and crystal structure of the type IIG restrictio... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3s1s
タイトルCharacterization and crystal structure of the type IIG restriction endonuclease BpuSI
要素restriction endonuclease BpuSI
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / TRANSFERASE (転移酵素) / PD--(D/E)xk catalytic motif / gamma-N6m-adenosine methyltransferase / S-adenosyl-methionine binding (S-アデノシルメチオニン)
機能・相同性
機能・相同性情報


N-methyltransferase activity / Damメチラーゼ / site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) activity / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Rossmann fold - #12420 / Restriction endonuclease BpuSI, N-terminal domain / BpuSI N-terminal domain / tt1808, chain A - #30 / tt1808, chain A / N-6 DNA Methylase / DNA methylase, adenine-specific / N-6 Adenine-specific DNA methylases signature. / DNA methylase, N-6 adenine-specific, conserved site / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily ...Rossmann fold - #12420 / Restriction endonuclease BpuSI, N-terminal domain / BpuSI N-terminal domain / tt1808, chain A - #30 / tt1808, chain A / N-6 DNA Methylase / DNA methylase, adenine-specific / N-6 Adenine-specific DNA methylases signature. / DNA methylase, N-6 adenine-specific, conserved site / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Alpha-Beta Complex / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IODIDE ION / : / S-アデノシル-L-ホモシステイン / DNAメチルトランスフェラーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus pumilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Shen, B.W. / Xu, D. / Chan, S.-H. / Zheng, Y. / Zhu, Y. / Xu, S.-Y. / Stoddard, B.L.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2011
タイトル: Characterization and crystal structure of the type IIG restriction endonuclease RM.BpuSI.
著者: Shen, B.W. / Xu, D. / Chan, S.H. / Zheng, Y. / Zhu, Z. / Xu, S.Y. / Stoddard, B.L.
履歴
登録2011年5月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年7月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年10月19日Group: Database references

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: restriction endonuclease BpuSI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,57061
ポリマ－100,0671
非ポリマー6,50360
水5,693316
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)213.472, 215.732, 73.710
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 restriction endonuclease BpuSI / type IIG restriction nuclease


分子量: 100066.773 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus pumilus (バクテリア) / 株: S / 遺伝子: Bacillus pumilus / プラスミド: pACYC-bpuSIM1M2, pTXB1-bpuSIRM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ER2566 / 参照: UniProt: G1K3S1*PLUS

-
非ポリマー , 5種, 376分子

#2: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン / S-アデノシル-L-ホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#5: 化合物...
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド / ヨウ化物


分子量: 126.904 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 316 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 4

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.99 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 1.8 M ammonium sulfate, 0.1 M Bis-Tris, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
31
41
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長
シンクロトロンALS 5.0.110.977
回転陽極RIGAKU MICROMAX-007 HF21.5418
シンクロトロンALS 5.0.23
シンクロトロンALS 8.2.14
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 3151CCD2010
ADSC QUANTUM 3153CCD
ADSC QUANTUM 315r4CCD
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si(220)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
3Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray3
4KOHZUSINGLE WAVELENGTHMx-ray4
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9771
21.54181
31
41
反射解像度: 2.2→100 Å / Num. all: 89220 / Num. obs: 70485 / % possible obs: 79 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 42 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Rsym value: 0.095 / Net I/σ(I): 11.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allRsym value% possible all
2.35-2.462.10.5921.357170.59265.1
2.46-2.5830.5022.279670.50291
2.58-2.754.60.3873.787270.38799

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
SHELXS位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.35→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9 / SU B: 15.045 / SU ML: 0.16 / Isotropic thermal model: ANISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(I): 1 / ESU R Free: 0.228 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2677 3327 5 %RANDOM
Rwork0.21242 ---
obs0.21517 62712 92.76 %-
all-67610 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 43.927 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.08 Å20 Å20 Å2
2--0.2 Å20 Å2
3----1.28 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6972 0 145 316 7433
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0227383
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2361.96810020
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4785928
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.74625378
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.315151302
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.2161548
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.21121
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0215637
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7141.54435
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.3427239
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.01532948
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.2914.52752
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr0.9437383
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.35→2.411 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.402 155 -
Rwork0.304 2883 -
obs--58.73 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.02490.02480.00870.01830.00550.0004-0.0006-0.0042-0.00350.00290.0011-0.0029-0.00250-0.00050.0990.00320.00290.15630.00120.072478.42670.02318.773
20.1148-0.07170.01410.1007-0.03890.02430.00780.0331-0.01110.0144-0.0010.0257-0.00060.0138-0.00680.08410.00420.00920.1485-0.00670.052377.04571.26417.967
30.0098-0.00730.0160.05740.02070.0238-0.00840.0044-0.0048-0.0055-0.00310.001-0.00040.00810.01160.0813-0.00810.01350.1458-0.00040.064483.46379.06517.778
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A6 - 875
2X-RAY DIFFRACTION1A900 - 921
3X-RAY DIFFRACTION2A930 - 968
4X-RAY DIFFRACTION3A1000 - 1315

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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