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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3s0t | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the CofA Type IV pilin subunit from enterotoxigenic E. coli | ||||||
要素 | CFA/III pilin | ||||||
キーワード | CELL ADHESION (細胞接着) / fiber-forming protein / pilus (性繊毛) / colonization factor / bacterial surface | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.26 Å | ||||||
データ登録者 | Kolappan, S. / Craig, L. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2012 タイトル: Structural Characterization of CFA/III and Longus Type IVb Pili from Enterotoxigenic Escherichia coli. 著者: Kolappan, S. / Roos, J. / Yuen, A.S. / Pierce, O.M. / Craig, L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3s0t.cif.gz | 166.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3s0t.ent.gz | 130.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3s0t.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s0/3s0t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s0/3s0t | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1oqvS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19169.330 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 59-238 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: cofA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Origami(DE3) / 参照: UniProt: Q59393 #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-NA / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 25.88 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 2.5 M ammonium sulfate, 4.6 uM dodecyltrimethylammonium chloride, 100 mM Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X26C / 波長: 0.82 |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年4月24日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.82 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.26→63.2 Å / Num. all: 66018 / Num. obs: 66018 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(F): 3.9 / Observed criterion σ(I): 4.3 / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 33.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.26→1.31 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.501 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / % possible all: 91.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1OQV 解像度: 1.26→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.979 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.97 / SU B: 1.904 / SU ML: 0.037 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 3.9 / ESU R: 0.058 / ESU R Free: 0.054 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 10.774 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.26→25 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.264→1.297 Å / Total num. of bins used: 20
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