+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3s0f | ||||||
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Title | Apis mellifera OBP14 native apo, crystal form 2 | ||||||
Components | OBP14 | ||||||
Keywords | TRANSPORT PROTEIN / all helical protein / unknown odorant molecules / antennae | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Apis mellifera (honey bee) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.03 Å | ||||||
Authors | Spinelli, S. / Lagarde, A. / Iovinella, I. / Tegoni, M. / Pelosi, P. / Cambillau, C. | ||||||
Citation | Journal: Insect Biochem.Mol.Biol. / Year: 2012 Title: Crystal structure of Apis mellifera OBP14, a C-minus odorant-binding protein, and its complexes with odorant molecules. Authors: Spinelli, S. / Lagarde, A. / Iovinella, I. / Legrand, P. / Tegoni, M. / Pelosi, P. / Cambillau, C. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3s0f.cif.gz | 102.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3s0f.ent.gz | 80 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3s0f.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s0/3s0f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s0/3s0f | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 3rzsC 3s0aSC 3s0bC 3s0dC 3s0eC 3s0gC C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 13553.611 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP residues 18-135 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Apis mellifera (honey bee) / Gene: NP_001035313 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21 / References: UniProt: Q1W640 #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.88 Å3/Da / Density % sol: 34.48 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6 Details: 30% PEG4000, 10 mM imidazole-malate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: Cu FINE FOCUS / Wavelength: 1.5418 |
Detector | Type: MAR scanner 345 mm plate / Detector: IMAGE PLATE / Date: Mar 11, 2011 / Details: mirrors |
Radiation | Monochromator: mirrors / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.03→45.2 Å / Num. all: 13308 / Num. obs: 13308 / % possible obs: 96.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 15.25 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.029 / Net I/σ(I): 26.4 |
Reflection shell | Resolution: 2.03→2.08 Å / Redundancy: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Mean I/σ(I) obs: 12 / Num. unique all: 732 / % possible all: 73.6 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 3S0A Resolution: 2.03→37.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9304 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9149 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.7 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / Stereochemistry target values: Engh & Huber
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Displacement parameters | Biso max: 78.31 Å2 / Biso mean: 16.8 Å2 / Biso min: 3.09 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.246 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.03→37.69 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.03→2.19 Å / Total num. of bins used: 7
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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