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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3rvq | ||||||
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タイトル | Structure of the CheY-Mn2+ Complex with substitutions at 59 and 89: N59D E89K | ||||||
要素 | Chemotaxis protein CheY走化性 | ||||||
キーワード | SIGNALING PROTEIN / two-component / signal transduction (シグナル伝達) / response regulator / CheY / Beta-alpha protein / chemotaxis (走化性) / CheZ / CheX / CheA / phosphorylation (リン酸化) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 bacterial-type flagellum basal body, C ring / bacterial-type flagellum rotor complex / bacterial-type flagellum-dependent swimming motility / regulation of bacterial-type flagellum-dependent cell motility / aerotaxis / histidine phosphotransfer kinase activity / bacterial-type flagellum / regulation of chemotaxis / thermotaxis / internal peptidyl-lysine acetylation ...bacterial-type flagellum basal body, C ring / bacterial-type flagellum rotor complex / bacterial-type flagellum-dependent swimming motility / regulation of bacterial-type flagellum-dependent cell motility / aerotaxis / histidine phosphotransfer kinase activity / bacterial-type flagellum / regulation of chemotaxis / thermotaxis / internal peptidyl-lysine acetylation / phosphorelay response regulator activity / acetyltransferase activity / phosphorelay signal transduction system / phosphorelay sensor kinase activity / 走化性 / magnesium ion binding / シグナル伝達 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.15 Å | ||||||
データ登録者 | Immormino, R.M. / Starbird, C.A. / Silversmith, R.E. / Bourret, R.B. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2015 タイトル: Probing Mechanistic Similarities between Response Regulator Signaling Proteins and Haloacid Dehalogenase Phosphatases. 著者: Immormino, R.M. / Starbird, C.A. / Silversmith, R.E. / Bourret, R.B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3rvq.cif.gz | 97.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3rvq.ent.gz | 75.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3rvq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rv/3rvq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rv/3rvq | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14395.659 Da / 分子数: 1 / 変異: N59D, E89K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: b1882, cheY, JW1871 / プラスミド: pET28aCheYN59DE89K / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0AE67 |
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#2: 化合物 | ChemComp-MN / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.08 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: PEG 8000 28% (w/v), Na Cacodylate 100 mM pH 6.0, Calcium Acetate 120mM, Glycerol 10% (v/v), 4.6 mg/mL CheY, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1.00882 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月7日 |
放射 | モノクロメーター: sagital crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.00882 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.15→50 Å / Num. all: 40822 / Num. obs: 40251 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 5.85 Å2 / Rsym value: 0.084 / Net I/σ(I): 15.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.15→1.17 Å / 冗長度: 2.2 % / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / Num. unique all: 2001 / Rsym value: 0.167 / % possible all: 81.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 3CHY 解像度: 1.15→27.373 Å / SU ML: 0.07 / Isotropic thermal model: individual anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): -3 / 位相誤差: 10.37 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0 Å / VDWプローブ半径: 0 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 128.125 Å2 / ksol: 0.6 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 10.63 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.15→27.373 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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