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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3rvn | ||||||
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タイトル | Structure of the CheY-BeF3 Complex with substitutions at 59 and 89: N59D and E89Y | ||||||
要素 | Chemotaxis protein CheY走化性 | ||||||
キーワード | SIGNALING PROTEIN / Response regulator / two-component / signal transduction (シグナル伝達) / CheY / Beta-alpha protein / Chemotaxis (走化性) / CheA CheZ CheX / Phosphorylation (リン酸化) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 bacterial-type flagellum basal body, C ring / bacterial-type flagellum rotor complex / bacterial-type flagellum-dependent swimming motility / regulation of bacterial-type flagellum-dependent cell motility / aerotaxis / histidine phosphotransfer kinase activity / bacterial-type flagellum / regulation of chemotaxis / thermotaxis / internal peptidyl-lysine acetylation ...bacterial-type flagellum basal body, C ring / bacterial-type flagellum rotor complex / bacterial-type flagellum-dependent swimming motility / regulation of bacterial-type flagellum-dependent cell motility / aerotaxis / histidine phosphotransfer kinase activity / bacterial-type flagellum / regulation of chemotaxis / thermotaxis / internal peptidyl-lysine acetylation / phosphorelay response regulator activity / acetyltransferase activity / phosphorelay signal transduction system / phosphorelay sensor kinase activity / 走化性 / magnesium ion binding / シグナル伝達 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å | ||||||
データ登録者 | Starbird, C.A. / Immormino, R.M. / Silversmith, R.E. / Bourret, R.B. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2015 タイトル: Probing Mechanistic Similarities between Response Regulator Signaling Proteins and Haloacid Dehalogenase Phosphatases. 著者: Immormino, R.M. / Starbird, C.A. / Silversmith, R.E. / Bourret, R.B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3rvn.cif.gz | 71.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3rvn.ent.gz | 52.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3rvn.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rv/3rvn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rv/3rvn | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 14429.653 Da / 分子数: 2 / 変異: N59D, E89Y / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: b1882, cheY, JW1871 / プラスミド: pET23aCheYN59DE89Y / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0AE67 |
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-非ポリマー , 5種, 261分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-SO4 / #5: 化合物 | ChemComp-GOL / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.28 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.25 詳細: Ammonium Sulfate 2.0M Tris 100mM pH 8.25 Glycerol 5% (v/v) MnCl2 20mM BeCl2 1mM NaF 10mM CheY 8.9mg/mL, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 0.97933 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月27日 / 詳細: Sagittal crystal |
放射 | モノクロメーター: Sagitally Focused Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97933 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.25→50 Å / Num. all: 22754 / Num. obs: 22709 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 32.24 Å2 / Rsym value: 0.125 / Net I/σ(I): 12.82 |
反射 シェル | 解像度: 2.25→2.29 Å / 冗長度: 4.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 1095 / Rsym value: 0.093 / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1FQW 解像度: 2.25→27.597 Å / SU ML: 0.26 / Isotropic thermal model: Individual / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): -3 / 位相誤差: 22.54 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 39.91 Å2 / ksol: 0.353 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 35.28 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.25→27.597 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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