PDB-3rst: Crystal structure of Bacillus subtilis signal peptide peptidase A

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3rst

タイトル

Crystal structure of Bacillus subtilis signal peptide peptidase A

要素

Signal peptide peptidase sppA

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) / alpha/beta protein fold / signal peptide digestion / bacterial cell membrane

機能・相同性

機能・相同性情報

加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / serine-type peptidase activity /

脂質ラフト /

タンパク質分解 /

細胞膜
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus subtilis (枯草菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.37 Å

データ登録者

Nam, S.E. / Paetzel, M.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: Crystal Structure of Bacillus subtilis Signal Peptide Peptidase A.
著者: Nam, S.E. / Kim, A.C. / Paetzel, M.

履歴

登録	2011年5月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年3月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年4月11日	Group: Database references / Other
改定 1.2	2012年4月25日	Group: Database references
改定 1.3	2012年6月6日	Group: Database references
改定 1.4	2017年11月8日	Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software / Item: _software.name
改定 1.5	2023年9月13日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3rst.cif.gz	690.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3rst.ent.gz	578 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3rst.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rs/3rst ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rs/3rst	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3bfoS 3bez 3bf0 S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4kwb-d 3bf0-d 3bez-d 5nb3-2 2i1o-1 5nkm-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Signal peptide peptidase sppA

B: Signal peptide peptidase sppA

C: Signal peptide peptidase sppA

D: Signal peptide peptidase sppA

E: Signal peptide peptidase sppA

F: Signal peptide peptidase sppA

G: Signal peptide peptidase sppA

H: Signal peptide peptidase sppA

209 kDa, 8 ポリマー
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1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	87.779, 131.066, 207.263
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Signal peptide peptidase sppA 分子量: 26161.713 Da / 分子数: 8 断片: Protease domain lacking the N-terminal transmembrane segment, residues 56-295 変異: K199A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: BSU29530 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TUNER(DE3) 参照: UniProt: O34525, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ
#2: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 257 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	AUTHOR STATES THE EXPRESSED PROTEIN(36000DA) IS COMPOSED OF AN N-TERMINAL HISTINE AFFINITY TAG WITH ...AUTHOR STATES THE EXPRESSED PROTEIN(36000DA) IS COMPOSED OF AN N-TERMINAL HISTINE AFFINITY TAG WITH LINKER REGION (MGSSHHHHHHSSGLVPAGSH-) PLUS RESIDUES 26-335 OF THE SPPA. THE PURIFIED PROTEIN WAS SUBJECTED TO LIMITED PROTEOLYSIS BEFORE CRYSTALLIZATION WHICH RESULTED IN A FINAL SIZE PROTEIN ABOUT 28000DA. SEQRES RECORD REPRESENTS SEQUENCE EXTRACTED FROM COORDINATES (RESIDUES FROM 56 TO 295).

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.67 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.04 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 100mM Tris pH 8.5 23% Tert-butanol 5% MPD, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291.15K

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月25日 / 詳細: vertical collimating mirror
放射	モノクロメーター: double crystal monochromator (DCM) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.37→50 Å / Num. all: 96535 / Num. obs: 96535 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.4 % / R_merge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 52.7
反射シェル	解像度: 2.37→2.49 Å / 冗長度: 6.9 % / R_merge(I) obs: 0.294 / Mean I/σ(I) obs: 7.8 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MxDC		データ収集
PHASER	for MR 2.1	位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3BFO , Chain A, C-terminal Domain (residues 326-549)

3bfo

解像度: 2.37→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.943 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.926 / SU B: 14.691 / SU ML: 0.159 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.311 / ESU R Free: 0.227 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24052	4806	5 %	RANDOM
R_work	0.20571	-	-	-
obs	0.20748	91450	98.16 %	-
all	-	95998	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 48.998 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.34 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.1 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.76 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.37→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13685	0	0	257	13942

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	13855
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.135	1.977	18582
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.31	5	1787
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.545	25.395	532
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.322	15	2658
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.573	15	46
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.074	0.2	2110
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	9989
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.443	1.5	8884
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.888	2	14224
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.648	3	4971
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.736	4.5	4357
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.37→2.428 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.293	263	-
R_work	0.238	5440	-
obs	-	-	79.43 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.5257	1.6764	0.9739	16.6362	3.688	5.5837	-0.2303	0.1847	-0.1157	-0.9839	0.3173	-0.3592	-0.1812	0.124	-0.0871	0.0687	-0.013	0.0472	0.2037	0.0018	0.1324	-46.8791	-39.213	19.9048
2	2.3796	1.4354	0.3698	1.3174	-0.2147	0.9875	-0.0191	-0.0125	-0.1952	-0.1196	-0.0012	-0.2719	-0.0521	0.0758	0.0204	0.0922	-0.0106	0.0431	0.0992	-0.0382	0.1211	-45.8092	-40.6488	25.3521
3	2.4807	1.767	0.724	3.3633	0.1325	3.1806	0.0316	-0.0704	0.0046	0.1564	-0.034	-0.0765	-0.0275	-0.0337	0.0024	0.0317	0.0107	0.0126	0.1044	-0.0426	0.0424	-56.6728	-40.5466	27.0193
4	0.1993	0.0706	0.8991	0.0595	0.2192	7.4897	0.0373	0.1074	0.0327	-0.0429	0.0464	0.1098	-0.2445	-0.4225	-0.0837	0.3091	0.0817	-0.0734	0.374	-0.0441	0.3465	-55.7888	-76.5766	14.7323
5	1.4773	0.1448	0.042	2.7715	-0.283	1.2992	0.0146	-0.1112	0.1346	0.2196	-0.0383	0.0859	-0.136	-0.1302	0.0237	0.0583	0.0239	0.0029	0.229	-0.0511	0.0346	-61.6626	-42.0232	27.7686
6	2.8717	4.6609	-0.5063	12.8468	-0.2979	4.7381	-0.0441	-0.0311	0.2663	0.6377	-0.0794	-0.7288	-0.5659	0.8354	0.1235	0.2904	-0.046	-0.0795	0.4889	0.0768	0.459	-52.8861	-22.5957	3.9386
7	2.355	0.7408	-0.195	3.0061	-1.7558	4.6521	-0.0232	-0.2125	0.2452	0.2454	-0.1485	-0.2575	-0.5547	0.3178	0.1718	0.1494	0.0352	-0.0277	0.206	-0.0176	0.1518	-64.4528	-24.9927	0.9918
8	0.2822	-0.724	-1.3762	2.1084	3.8983	7.2757	-0.0359	0.0604	0.033	-0.1089	0.0677	0.0167	-0.0273	0.0997	-0.0318	0.5086	0.0435	-0.0943	0.398	-0.0008	0.2831	-67.8926	-60.6348	10.8394
9	1.2967	0.5005	-0.0147	2.6612	-1.7621	3.5794	-0.0044	-0.0007	0.2365	0.0053	0.078	0.1545	-0.4555	-0.2928	-0.0735	0.1466	0.0916	-0.0077	0.2435	-0.0642	0.1535	-73.7413	-28.2493	-0.5306
10	9.9422	-1.1648	-0.8632	8.2722	1.1343	3.9591	-0.3305	-0.1032	1.0556	0.3162	0.158	-0.9805	-0.6528	-0.0794	0.1725	0.842	-0.1157	-0.0692	0.5632	0.1115	0.6762	-55.4717	-9.2315	-3.771
11	4.2213	1.6016	-0.6501	3.2001	-0.1385	4.9927	0.0133	-0.2613	0.0662	0.4283	-0.0606	-0.341	-0.0784	0.2996	0.0473	0.1038	0.047	-0.0523	0.2947	0.0271	0.1994	-47.9472	-24.3396	-24.7772
12	3.7269	0.766	-0.5835	2.5947	0.2089	3.1928	-0.0191	-0.2877	0.0491	0.0691	-0.1795	-0.0478	0.0135	0.148	0.1986	0.0702	0.062	-0.0089	0.1099	0.0266	0.0581	-58.4912	-28.3112	-29.1661
13	1.974	-5.0561	-0.229	13.0909	0.4422	0.1871	0.0166	0.0367	-0.0482	-0.2775	-0.0351	0.0676	0.2853	-0.0411	0.0185	0.5293	-0.0218	-0.038	0.3493	-0.0236	0.235	-74.0797	-50.3608	-5.9266
14	3.3776	1.1658	-0.9324	1.7143	-0.4734	2.2666	-0.0772	0.2524	0.0475	-0.1971	0.0001	-0.0385	-0.0533	-0.1572	0.0771	0.1315	0.0897	-0.0224	0.0954	0.003	0.0894	-64.8217	-30.6456	-35.2493
15	4.5295	-0.73	7.3452	0.1338	-1.2132	12.0731	-0.2382	-0.1864	0.1491	0.0879	0.1291	-0.0095	-0.6434	-0.358	0.1091	0.4201	0.0413	0.0524	0.5669	0.103	0.4148	-41.6882	-18.8333	-32.9987
16	5.7546	1.8386	-2.7016	4.1067	-2.032	2.9311	0.2539	-0.5804	0.65	0.3921	-0.2828	-0.5869	-0.8731	0.5748	0.0289	0.5677	-0.0301	-0.0002	0.6131	-0.1249	0.7119	-33.3276	-39.914	-40.5785
17	3.3459	0.1623	-0.8378	1.8011	-0.1311	2.8422	0.2959	-0.2716	1.1204	-0.0349	-0.0554	-0.3866	-0.8045	0.3339	-0.2404	0.418	0.0386	0.1396	0.2701	-0.0114	0.5771	-38.1984	-40.4171	-46.6594
18	4.1887	-0.0516	1.6934	3.8876	-0.2143	1.2278	0.2171	-0.2873	0.4246	-0.3529	-0.1388	-0.2536	-0.0614	0.2033	-0.0783	0.2738	0.0121	0.1908	0.3005	-0.0936	0.2785	-40.1513	-50.6198	-49.0847
19	0.1704	-1.066	0.6463	8.4072	-5.3486	3.4614	-0.035	-0.0362	-0.1127	-0.2783	-0.003	0.0528	0.3405	0.0209	0.038	0.4906	0.0621	0.1125	0.2917	0.0223	0.3785	-68.8012	-52.545	-26.1443
20	4.3121	-0.8163	-1.5183	2.1873	0.4359	2.5108	0.2223	0.3122	0.3601	-0.3391	-0.162	-0.4972	-0.2831	0.2101	-0.0603	0.3285	0.0831	0.0525	0.201	0.0778	0.2259	-41.152	-50.9274	-53.7795
21	7.5368	3.6872	0.2866	3.6219	0.345	2.6446	0.0875	-0.1674	0.8753	0.0764	-0.2097	-0.3573	-0.5464	0.445	0.1222	0.4112	-0.0323	-0.0779	0.3444	0.0597	0.6175	-16.8838	-60.7137	-37.5533
22	2.9933	0.1113	1.5369	2.8637	-0.3108	2.102	-0.0764	0.0685	0.7006	-0.0896	-0.2116	-0.6031	-0.198	0.4102	0.288	0.1634	0.055	0.0676	0.1911	0.0591	0.3392	-19.7573	-70.7283	-42.118
23	0.4156	0.3551	-1.4514	0.5469	-1.6676	6.0459	-0.0312	-0.0973	-0.1125	0.0364	0.1445	0.1674	0.3244	0.0139	-0.1132	0.4565	0.0984	0.0703	0.3524	0.1171	0.4678	-56.0681	-66.0048	-37.1101
24	3.4719	-0.424	0.7388	2.6957	-0.7474	2.4255	0.025	0.3084	-0.0416	-0.3502	-0.2071	-0.4108	0.1184	0.383	0.1821	0.2143	0.0386	0.0911	0.1189	0.044	0.0829	-24.1324	-79.8257	-44.8326
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27	3.6282	1.1738	1.3491	2.1198	0.0997	3.5177	-0.1123	0.1022	0.3756	-0.1219	-0.0445	-0.051	-0.1826	-0.023	0.1568	0.0986	0.0412	0.0068	0.0257	0.019	0.0679	-13.7445	-87.8627	-16.2924
28	7.5908	-2.3549	-5.9954	0.7502	1.822	4.8971	-0.1217	-0.2794	-0.1722	0.0728	0.1283	0.1332	0.0797	-0.0169	-0.0067	0.3074	0.0367	0.0793	0.3914	0.136	0.3535	-44.6632	-81.9409	-32.2517
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36	4.4802	1.8949	4.3826	5.2284	2.6823	6.2015	-0.1526	0.3229	0.2695	-0.2127	0.1808	-0.6212	-0.4786	0.4566	-0.0282	0.3289	-0.076	-0.03	0.2309	0.0112	0.3337	-26.9793	-61.1488	26.6853
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39	0.266	-0.5046	-0.0838	1.9829	1.4649	1.7728	-0.0106	-0.0653	-0.0135	0.0472	0.0928	0.0052	-0.0279	-0.0351	-0.0822	0.1279	-0.0488	0.0157	0.1037	0.0312	0.0618	-41.3463	-86.8525	19.9146
40	3.6048	0.9535	0.7395	3.7727	0.6703	1.5424	-0.1947	-0.4165	0.4526	0.3397	0.03	-0.2238	-0.2378	-0.009	0.1647	0.3321	0.0925	-0.1014	0.2393	-0.0715	0.1467	-41.5258	-61.6821	38.5539

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	56 - 85
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	86 - 122
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	123 - 174
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	175 - 210
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	211 - 291
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	57 - 103
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	104 - 173
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	174 - 210
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	211 - 277
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	278 - 290
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	57 - 109
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	110 - 175
13	X-RAY DIFFRACTION	13	C	176 - 215
14	X-RAY DIFFRACTION	14	C	216 - 277
15	X-RAY DIFFRACTION	15	C	278 - 295
16	X-RAY DIFFRACTION	16	D	57 - 99
17	X-RAY DIFFRACTION	17	D	100 - 132
18	X-RAY DIFFRACTION	18	D	133 - 175
19	X-RAY DIFFRACTION	19	D	176 - 215
20	X-RAY DIFFRACTION	20	D	216 - 290
21	X-RAY DIFFRACTION	21	E	57 - 99
22	X-RAY DIFFRACTION	22	E	100 - 173
23	X-RAY DIFFRACTION	23	E	174 - 215
24	X-RAY DIFFRACTION	24	E	216 - 277
25	X-RAY DIFFRACTION	25	E	278 - 290
26	X-RAY DIFFRACTION	26	F	57 - 109
27	X-RAY DIFFRACTION	27	F	110 - 175
28	X-RAY DIFFRACTION	28	F	176 - 215
29	X-RAY DIFFRACTION	29	F	216 - 277
30	X-RAY DIFFRACTION	30	F	278 - 291
31	X-RAY DIFFRACTION	31	G	57 - 108
32	X-RAY DIFFRACTION	32	G	109 - 174
33	X-RAY DIFFRACTION	33	G	175 - 209
34	X-RAY DIFFRACTION	34	G	210 - 276
35	X-RAY DIFFRACTION	35	G	277 - 291
36	X-RAY DIFFRACTION	36	H	56 - 99
37	X-RAY DIFFRACTION	37	H	100 - 173
38	X-RAY DIFFRACTION	38	H	174 - 191
39	X-RAY DIFFRACTION	39	H	192 - 236
40	X-RAY DIFFRACTION	40	H	237 - 291

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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