PDB-3rrr: Structure of the RSV F protein in the post-fusion conformation

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3rrr

タイトル

Structure of the RSV F protein in the post-fusion conformation

要素

(Fusion glycoprotein F0) x 2

キーワード

VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / six-helix bundle /

membrane fusion

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of syncytium formation by virus / Assembly and release of respiratory syncytial virus (RSV) virions / Translation of respiratory syncytial virus mRNAs / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry / RSV-host interactions / Maturation of hRSV A proteins / host cell Golgi membrane / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Human respiratory syncytial virus (RSウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.821 Å

データ登録者

McLellan, J.S. / Yongping, Y. / Graham, B.S. / Kwong, P.D.

引用

ジャーナル: J.Virol. / 年: 2011
タイトル: Structure of respiratory syncytial virus fusion glycoprotein in the postfusion conformation reveals preservation of neutralizing epitopes.
著者: McLellan, J.S. / Yang, Y. / Graham, B.S. / Kwong, P.D.

履歴

登録	2011年4月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年6月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年8月10日	Group: Database references
改定 1.3	2014年4月2日	Group: Source and taxonomy
改定 1.4	2020年7月29日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / database_PDB_caveat ...chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.5	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3rrr.cif.gz	1.4 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3rrr.ent.gz	1.2 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3rrr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rr/3rrr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rr/3rrr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3rrtC 1g2cS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1ztm-d 3rrt-d 3maw-1 3rki-d 3maw-2 0136 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#170 - 2014年2月広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies) 類似性 (3) #231 - 2019年3月麻疹ウイルスタンパク質 (Measles Virus Proteins) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Fusion glycoprotein F0

B: Fusion glycoprotein F0

C: Fusion glycoprotein F0

D: Fusion glycoprotein F0

E: Fusion glycoprotein F0

F: Fusion glycoprotein F0

G: Fusion glycoprotein F0

H: Fusion glycoprotein F0

I: Fusion glycoprotein F0

L: Fusion glycoprotein F0

M: Fusion glycoprotein F0

N: Fusion glycoprotein F0

ヘテロ分子

308 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Fusion glycoprotein F0

B: Fusion glycoprotein F0

C: Fusion glycoprotein F0

D: Fusion glycoprotein F0

E: Fusion glycoprotein F0

F: Fusion glycoprotein F0

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
154 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

G: Fusion glycoprotein F0

H: Fusion glycoprotein F0

I: Fusion glycoprotein F0

L: Fusion glycoprotein F0

M: Fusion glycoprotein F0

N: Fusion glycoprotein F0

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
154 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	113.170, 131.500, 164.280
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 103.17, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質

Fusion glycoprotein F0

分子量: 9529.798 Da / 分子数: 6 / 断片: unp residues 26-109 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Human respiratory syncytial virus (RSウイルス)
プラスミド: paH / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主:

homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q84850

#2: タンパク質

Fusion glycoprotein F0

分子量: 41323.137 Da / 分子数: 6 / 断片: unp residues 147-513 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Human respiratory syncytial virus (RSウイルス)
プラスミド: paH / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主:

homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q84850, UniProt: P03420*PLUS

#3: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン /

N-アセチルグルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

配列の詳細

1) THE CRYSTALLIZED SEQUENCE CORRESPONDS TO A VIRAL STRAIN NOT PRESENT IN THE DATABASE UNP ENTRY ...

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 68.47 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 20% (w/v) PEG 3000, 0.1 M sodium citrate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 200 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年12月20日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→50 Å / Num. all: 114379 / Num. obs: 76177 / % possible obs: 66.6 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 0.159 / R_sym value: 0.159 / Net I/σ(I): 7.5
反射シェル	解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 1.5 % / R_merge(I) obs: 0.353 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique all: 1902 / % possible all: 16.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SERGUI		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.6.4_486)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 1G2C

1g2c

解像度: 2.821→44.209 Å / SU ML: 0.38 / σ(F): 0 / 位相誤差: 24.56 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2621	3586	4.99 %	random
R_work	0.2213	-	-	-
obs	0.2233	71850	63.71 %	-
all	-	112776	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.17 Å / VDWプローブ半径: 0.4 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 23.091 Å² / k_sol: 0.395 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.4863 Å²	0 Å²	3.0705 Å²
2-	-	-1.9715 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.4578 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.821→44.209 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	19947	0	168	0	20115

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	20445
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.856	27638
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.454	7618
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.049	3361
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	3448

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.8213-2.8585	0.321	3	0.3552	76	X-RAY DIFFRACTION	2
2.8585-2.8976	0.5517	11	0.3987	219	X-RAY DIFFRACTION	5
2.8976-2.939	0.4509	16	0.3487	407	X-RAY DIFFRACTION	10
2.939-2.9829	0.3872	42	0.3319	552	X-RAY DIFFRACTION	14
2.9829-3.0295	0.4132	30	0.3492	711	X-RAY DIFFRACTION	18
3.0295-3.0791	0.326	47	0.3585	896	X-RAY DIFFRACTION	22
3.0791-3.1322	0.3873	58	0.3314	1111	X-RAY DIFFRACTION	27
3.1322-3.1891	0.3651	73	0.3231	1305	X-RAY DIFFRACTION	32
3.1891-3.2505	0.3481	71	0.3036	1588	X-RAY DIFFRACTION	38
3.2505-3.3168	0.32	88	0.301	1956	X-RAY DIFFRACTION	48
3.3168-3.3889	0.3429	134	0.3038	2364	X-RAY DIFFRACTION	58
3.3889-3.4677	0.3576	150	0.2928	2767	X-RAY DIFFRACTION	67
3.4677-3.5544	0.3235	164	0.2755	3016	X-RAY DIFFRACTION	73
3.5544-3.6504	0.3459	162	0.2603	3251	X-RAY DIFFRACTION	79
3.6504-3.7578	0.3183	171	0.2494	3467	X-RAY DIFFRACTION	84
3.7578-3.879	0.2557	190	0.228	3647	X-RAY DIFFRACTION	89
3.879-4.0176	0.2505	221	0.2156	3860	X-RAY DIFFRACTION	94
4.0176-4.1783	0.2515	181	0.1768	4044	X-RAY DIFFRACTION	98
4.1783-4.3683	0.2156	231	0.164	4093	X-RAY DIFFRACTION	99
4.3683-4.5984	0.2038	230	0.1574	4079	X-RAY DIFFRACTION	99
4.5984-4.8861	0.1892	226	0.1657	4107	X-RAY DIFFRACTION	99
4.8861-5.2628	0.2101	200	0.1698	4137	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2628-5.7914	0.2581	206	0.2031	4121	X-RAY DIFFRACTION	100
5.7914-6.627	0.2648	229	0.2216	4133	X-RAY DIFFRACTION	100
6.627-8.3402	0.2232	213	0.2057	4151	X-RAY DIFFRACTION	100
8.3402-44.2146	0.2412	239	0.2366	4206	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3189	-0.1506	-0.1563	0.2667	-0.0753	0.1281	0.0819	0.1962	0.0011	-0.2099	-0.1668	-0.0533	-0.0734	-0.0616	-0.0799	0.1952	-0.0013	0.0532	0.1504	0.0549	0.0925	-41.6536	9.4345	-49.2061
2	0.7238	-0.1373	-0.4319	0.3084	0.1658	0.1747	0.2104	-0.0249	0.3159	-0.1412	-0.0171	-0.2099	-0.1233	0.0239	0.0087	0.1379	0.0348	-0.0181	0.2008	0.1595	-0.039	-34.575	21.0118	-45.3319
3	0.4526	-0.2299	-0.3324	0.3245	-0.046	0.089	0.0627	-0.0827	0.0652	-0.1788	-0.0642	-0.1244	-0.0304	0.0483	-0.0149	0.0842	-0.0117	-0.0731	0.1878	-0.0257	0.0374	-34.9729	9.428	-36.8278
4	0.1594	-0.1315	-0.2319	0.2383	0.264	0.2995	-0.0059	0.2108	-0.216	-0.0331	-0.17	0.1679	0.0425	-0.1885	0.175	0.0963	-0.0744	0.0356	0.1689	-0.0854	0.2938	-57.5284	-33.4009	-38.9492
5	0.5885	-0.1411	-0.6265	0.1156	0.2659	0.5061	-0.0805	0.0391	-0.2932	-0.0101	-0.108	0.1398	-0.0008	-0.0084	0.1144	0.0751	-0.0055	-0.0236	0.1309	0.0198	0.1267	-49.6797	-32.7095	-27.1417
6	0.2998	-0.2436	-0.2453	0.0861	0.0992	0.2478	-0.2319	0.0621	-0.3198	0.0662	-0.0269	0.1026	0.1724	-0.057	0.2012	0.1549	-0.1008	0.1602	0.0632	-0.109	0.3838	-57.1201	-44.4103	-30.135

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A or CHAIN B
2	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A or CHAIN B
3	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN C or CHAIN D
4	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN C or CHAIN D
5	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN E or CHAIN F
6	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN E or CHAIN F
7	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN G or CHAIN H
8	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN G or CHAIN H
9	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN I or CHAIN L
10	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN I or CHAIN L
11	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN M or CHAIN N
12	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN M or CHAIN N

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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