[日本語] English
万見
- PDB-3rqc: Crystal structure of the catalytic core of the 2-oxoacid dehydrog... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3rqc
タイトルCrystal structure of the catalytic core of the 2-oxoacid dehydrogenase multienzyme complex from Thermoplasma acidophilum
要素Probable lipoamide acyltransferase
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / Alpha Beta fold / acyl-transferase
機能・相同性
機能・相同性情報


acyltransferase activity / identical protein binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Peripheral subunit-binding domain / e3 binding domain / Peripheral subunit-binding (PSBD) domain profile. / E3-binding domain superfamily / 2-oxo acid dehydrogenase, lipoyl-binding site / 2-oxo acid dehydrogenases acyltransferase component lipoyl binding site. / 2-oxoacid dehydrogenase acyltransferase, catalytic domain / 2-oxoacid dehydrogenases acyltransferase (catalytic domain) / Biotin-requiring enzyme / Biotinyl/lipoyl domain profile. ...Peripheral subunit-binding domain / e3 binding domain / Peripheral subunit-binding (PSBD) domain profile. / E3-binding domain superfamily / 2-oxo acid dehydrogenase, lipoyl-binding site / 2-oxo acid dehydrogenases acyltransferase component lipoyl binding site. / 2-oxoacid dehydrogenase acyltransferase, catalytic domain / 2-oxoacid dehydrogenases acyltransferase (catalytic domain) / Biotin-requiring enzyme / Biotinyl/lipoyl domain profile. / Biotin/lipoyl attachment / Single hybrid motif / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Probable lipoamide acyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermoplasma acidophilum DSM 1728 (好酸性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.01 Å
データ登録者Marrott, N.L. / Crennell, S.J. / Hough, D.W. / Danson, M.J. / van den Elsen, J.M.H.
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2012
タイトル: The catalytic core of an archaeal 2-oxoacid dehydrogenase multienzyme complex is a 42-mer protein assembly.
著者: Marrott, N.L. / Marshall, J.J. / Svergun, D.I. / Crennell, S.J. / Hough, D.W. / Danson, M.J. / van den Elsen, J.M.
履歴
登録2011年4月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年4月25日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Probable lipoamide acyltransferase
B: Probable lipoamide acyltransferase
C: Probable lipoamide acyltransferase
D: Probable lipoamide acyltransferase
E: Probable lipoamide acyltransferase
F: Probable lipoamide acyltransferase
G: Probable lipoamide acyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)178,4287
ポリマ－178,4287
非ポリマー00
水0
1
A: Probable lipoamide acyltransferase
B: Probable lipoamide acyltransferase
C: Probable lipoamide acyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,4693
ポリマ－76,4693
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9220 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area28090 Å2
手法PISA
2
D: Probable lipoamide acyltransferase
E: Probable lipoamide acyltransferase
F: Probable lipoamide acyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,4693
ポリマ－76,4693
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8880 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area28840 Å2
手法PISA
3
G: Probable lipoamide acyltransferase

G: Probable lipoamide acyltransferase

G: Probable lipoamide acyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,4693
ポリマ－76,4693
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_445-y-1,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_545-x+y,-x-1,z1
Buried area8340 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area28000 Å2
手法PISA
4
A: Probable lipoamide acyltransferase
B: Probable lipoamide acyltransferase
C: Probable lipoamide acyltransferase
D: Probable lipoamide acyltransferase
E: Probable lipoamide acyltransferase
F: Probable lipoamide acyltransferase
G: Probable lipoamide acyltransferase
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,070,56742
ポリマ－1,070,56742
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_445-y-1,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_545-x+y,-x-1,z1
crystal symmetry operation16_544y+1/3,x-1/3,-z-1/31
crystal symmetry operation17_434x-y-2/3,-y-4/3,-z-1/31
crystal symmetry operation18_444-x-2/3,-x+y-1/3,-z-1/31
Buried area157010 Å2
ΔGint-781 kcal/mol
Surface area365880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)204.840, 204.840, 441.940
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21D
31G
41E
12B
22C
32F

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLU / Beg label comp-ID: GLU / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Auth seq-ID: 10 - 210 / Label seq-ID: 10 - 210

Dom-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDLabel asym-ID
115AA
215DD
315GG
415EE
124BB
224CC
324FF

NCSアンサンブル:
ID
1
2
詳細Basic biological unit is a trimer. In some bacterial and eukaryotic complexes multiple E2 polypeptide chains associate into octahedral (24-meric) or icosahedral (60-meric) configurations. The T. acidophilum E2 core structure deposited here has an exceptional configuration of 42 chains.

-
要素

#1: タンパク質
Probable lipoamide acyltransferase


分子量: 25489.695 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermoplasma acidophilum DSM 1728 (好酸性)
株: ATCC 25905 / DSM 1728 / JCM 9062 / NBRC 15155 / AMRC-C165
遺伝子: Ta1436 / プラスミド: pET24a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta DE3
参照: UniProt: Q9HIA5, 3-methyl-2-oxobutanoate dehydrogenase (2-methylpropanoyl-transferring)

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 5 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.4 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 15% MPD, 0.2M NaCl, 0.1M Na Acetate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9702 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月17日
放射モノクロメーター: Double crystal mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9702 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.01→44.95 Å / Num. all: 29696 / Num. obs: 28168 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 4→4.14 Å / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
BALBES位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1EAF

1eaf


解像度: 4.01→44.95 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.869 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.834 / SU B: 126.525 / SU ML: 0.763 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.878 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.32773 1504 5.1 %RANDOM
Rwork0.25291 ---
all0.25672 ---
obs0.25672 28168 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 97.108 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20.01 Å20 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3----0.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.01→44.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12157 0 0 0 12157
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.02212340
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8061.97616659
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.25651515
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.13723.321533
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg25.989152364
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.10615108
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1310.21969
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0218958
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.2631.57582
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.514212399
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.7334758
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.3034.54260
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11A804medium positional0.450.5
11D804medium positional0.460.5
11G804medium positional0.440.5
11E804medium positional0.410.5
22B1601medium positional0.760.5
22C1601medium positional0.740.5
22F1601medium positional0.680.5
11A797loose positional15
11D797loose positional0.965
11G797loose positional0.985
11E797loose positional1.025
11A804medium thermal0.342
11D804medium thermal0.272
11G804medium thermal0.282
11E804medium thermal0.272
22B1601medium thermal0.412
22C1601medium thermal0.412
22F1601medium thermal0.352
11A797loose thermal0.5410
11D797loose thermal0.3910
11G797loose thermal0.4410
11E797loose thermal0.4310
LS精密化 シェル解像度: 4.007→4.11 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.409 114 -
Rwork0.316 2038 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.0209-1.997-2.85446.0080.7215.97060.0777-0.1087-0.46570.0034-0.1460.15570.07090.06420.06840.02940.01280.00480.0623-0.03810.1153-29.078-76.6841-15.3106
25.59360.2609-0.38564.8469-2.03596.16920.094-0.1770.25750.0958-0.0739-0.3718-1.14020.8455-0.02010.4621-0.13570.10760.159-0.05850.2376-18.1664-52.8377-29.1219
34.75360.41761.20935.06881.49377.2925-0.13790.310.5486-0.35820.10320.493-0.6411-0.51270.03470.20910.14620.06590.20460.09850.2193-45.9671-60.5943-33.6904
45.5333-0.01930.68396.38420.3358.6440.08340.2191-0.5023-0.6643-0.00780.56640.9143-1.3526-0.07570.4169-0.1151-0.12140.59950.14290.4982-78.7386-100.6132-78.4905
56.26391.11871.51475.72170.14927.40550.2375-0.88640.180.4913-0.02660.7429-0.0282-0.9579-0.21090.12280.13980.140.7320.08590.3141-72.8745-81.1525-56.6742
66.20390.8339-0.13866.0623-0.53736.8789-0.0482-0.04720.5598-0.5550.22960.5013-1.0416-0.5292-0.18150.35060.2528-0.01280.49580.1140.3679-70.5235-73.2284-85.5722
79.0511-1.06532.11446.4606-0.10597.0097-0.2466-0.43810.7990.71380.1-0.0803-0.5544-0.02980.14670.16690.03710.00930.1096-0.12590.2272-4.3275-101.6379-2.9739
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A6 - 222
2X-RAY DIFFRACTION2B5 - 222
3X-RAY DIFFRACTION3C3 - 222
4X-RAY DIFFRACTION4D5 - 222
5X-RAY DIFFRACTION5E6 - 222
6X-RAY DIFFRACTION6F8 - 222
7X-RAY DIFFRACTION7G6 - 222

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る