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万見
- PDB-3ro3: crystal structure of LGN/mInscuteable complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ro3
タイトルcrystal structure of LGN/mInscuteable complex
要素
  • G-protein-signaling modulator 2
  • peptide of Protein inscuteable homolog
キーワードPROTEIN BINDING (タンパク質) / asymmetric cell division
機能・相同性
機能・相同性情報


lateral cell cortex / cell cortex region / maintenance of centrosome location / asymmetric cell division / positive regulation of spindle assembly / G alpha (i) signalling events / GDP-dissociation inhibitor activity / dynein complex binding / mitotic spindle pole / establishment of mitotic spindle orientation ...lateral cell cortex / cell cortex region / maintenance of centrosome location / asymmetric cell division / positive regulation of spindle assembly / G alpha (i) signalling events / GDP-dissociation inhibitor activity / dynein complex binding / mitotic spindle pole / establishment of mitotic spindle orientation / lateral plasma membrane / G-protein alpha-subunit binding / positive regulation of protein localization to cell cortex / regulation of mitotic spindle organization / mitotic spindle organization / regulation of protein stability / : / protein-macromolecule adaptor activity / nervous system development / 細胞皮質 / 細胞分化 / protein domain specific binding / 細胞分裂 / nucleotide binding / 中心体 / protein-containing complex / identical protein binding / 細胞膜 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Protein inscuteable homologue, LGN-binding domain / Protein inscuteable homologue, LGN-binding domain superfamily / Inscuteable LGN-binding domain / Inscuteable / GoLoco motif / GoLoco motif / GoLoco/GPR motif profile. / LGN motif, putative GEFs specific for G-alpha GTPases / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat ...Protein inscuteable homologue, LGN-binding domain / Protein inscuteable homologue, LGN-binding domain superfamily / Inscuteable LGN-binding domain / Inscuteable / GoLoco motif / GoLoco motif / GoLoco/GPR motif profile. / LGN motif, putative GEFs specific for G-alpha GTPases / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat domain / Tetratricopeptide repeat / Armadillo/beta-catenin-like repeats / Armadillo / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Armadillo-like helical / Αソレノイド / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Armadillo-type fold / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
エタノール / Protein inscuteable homolog / G-protein-signaling modulator 2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.1 Å
データ登録者Zhu, J. / Wen, W. / Shang, Y. / Wei, Z. / Pan, Z. / Wang, W. / Zhang, M.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2011
タイトル: LGN/mInsc and LGN/NuMA complex structures suggest distinct functions in asymmetric cell division for the Par3/mInsc/LGN and G[alpha]i/LGN/NuMA pathways
著者: Zhu, J. / Wen, W. / Zheng, Z. / Shang, Y. / Wei, Z. / Xiao, Z. / Pan, Z. / Du, Q. / Wang, W. / Zhang, M.
履歴
登録2011年4月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年3月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: G-protein-signaling modulator 2
B: peptide of Protein inscuteable homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,4789
ポリマ－21,1632
非ポリマー3157
水5,693316
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1730 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area8910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.196, 75.606, 35.346
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.99, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-384-

HOH

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 G-protein-signaling modulator 2 / Pins homolog


分子量: 18365.561 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 198-357 / 変異: R236I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Gpsm2, Lgn, Pins / プラスミド: pET32a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q8VDU0
#2: タンパク質・ペプチド peptide of Protein inscuteable homolog / Minsc


分子量: 2797.278 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 66-87 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: THE SEQUENCE NATURALLY OCCURS IN MOUSE / 由来: (合成) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q3HNM7

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非ポリマー , 4種, 323分子

#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-EOH / ETHANOL / エタノ-ル / エタノール


分子量: 46.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O
#5: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 316 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.04 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 1.5M NaCl, 10% Ethanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.1→50 Å / Num. obs: 84934 / Observed criterion σ(I): 2

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
MLPHARE位相決定
SHELXL-97精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.1→20 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.15 4259
all0.12 -
obs-84907
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.1→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1405 0 14 316 1735

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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